Doctorant-e en Immunologie Aquacole Et Microbiome Des Crevettes

44300 NANTES _

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**Présentation INRAE**:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

**Environnement de travail, missions et activités**:
**SUJET DE LA THESE** : Interaction entre l'inclusion d'immunostimulants dans l'alimentation et le microbiome (intestinal et environnemental) dans la régulation de l’immunité des crevettes**
- ** Projet**

L’émergence et la propagation de la résistance des bactéries aux antibiotiques représente une menace majeure de santé publique au niveau mondial car les bactéries résistantes diffusent entre l’humain, l’animal et l’environnement. Le milieu aquatique est un réservoir qui concentre les contaminants et les effluents de différentes origines (élevage, agriculture, humain) favorisant l’acquisition de résistance puis la dissémination de bactéries résistantes ou de leurs gènes dans l’environnement aquatique (rivières, lacs, mers, sédiments). Les élevages aquacoles intensifs, participent également à cette dissémination en concentrant des intrants (antibiotiques).

Les pays du Sud sont les principaux producteurs des crevettes d’élevage, mais ce modèle commence à se développer également dans les pays du Nord comme en France et particulièrement en Pays de La Loire avec le développement d’élevages et de structure de recherche novatrice (Nantes, Angers). La station expérimentale aquacole d’Oniris accueille des crevettes d’eau douce dans le cadre de programme de recherche en lien avec le secteur privé.

L’élevage de crevettes marines principalement développé dans les pays tropicaux est important en termes de production mondiale (6 millions de tonnes), d’attrait des consommateurs pour ce produit et le fait qu’il soit au cœur d’écosystème complexe (comme les mangroves dans le Sud, ou des systèmes de type biofloc ou aquaponique dans le Nord). L’élevage de crevette est affecté par le changement climatique, ainsi, dans les pays du Sud, les hausses de température de l’eau sont corrélées à des mortalités plus élevées du fait d’infections (bactéries, virus). Ce risque sanitaire préjudiciable pour le développement de cette filière force à rechercher des stratégies nouvelles pour faire évoluer les pratiques vers des systèmes aquacoles plus résilients et durables. Parmi les alternatives pour renforcer la prévention des maladies, l’immunostimulation via une alimentation enrichie peut améliorer la croissance, l’immunité et la survie des animaux aquatiques. Ainsi dans ce projet, des extraits d’algues marines ayant des propriétés immunostimulantes, comme les polysaccharides sulfatés marins (MSPs) présents dans la paroi cellulaire des macroalgues seront incorporés dans l’alimentation des crevettes. L’effet de cette alimentation sur le microbiote intestinal et la réponse immunitaire de la crevette sera étudié. L’interaction avec le microbiome de l’écosystème d’élevage sera également étudiée pour comprendre les facteurs permettant de développer une réponse immunitaire fonctionnelle et optimale tout au long du cycle de d’élevage et ainsi protéger les animaux et également l’environnement et l’homme en réduisant l’usage d’intrants chimiques.

Ce projet permettra d’apporter des connaissances pour mieux adapter les élevages face aux enjeux du changement climatique en aquaculture afin de renforcer les défenses immunitaires des crevettes, afin de prévenir les maladies et réduire le recours aux antibiotiques.

**Objectifs scientifiques**:

- Comprendre l'interaction de l'inclusion alimentaire de polysaccharide sulfaté marin (PSM) sur le microbiome intestinal et la réponse immunitaire des crevettes contre les pathogènes viraux (virus de la tête jaune) ou bactériens (_Vibrio parahaemolyticus_) grâce à un challenge test dans des conditions d'élevage contrôlées sans interférence environnementale.
- Comprendre l'interaction de l'inclusion alimentaire (PSM) sur le microbiome intestinal et celui de l'écosystème dans la régulation de la réponse immunitaire des crevettes contre les pathogènes testés dans un mésocosme en présence fonctionnelle du microbiome de l'écosystème où l'animal ne sera pas directement exposé au pathogène, mais où le pathogène sera mélangé à l'eau du mésocosme.

**Déplacements : missions au Vietnam auprès de l’Université de Can Tho (durée comprise entre 1 et 3 mois/an)**

**Formations et compétences recherchées**:
**Master/Ingénieur (Bac+5)**

Vous devrez présenter une solide formation en microbio