Doctorant(E) en Microbiologie

**Type de contrat**: Autre

**Lieu**: Lyon

**Formation souhaitée**: Ingénieur/Master

**Date d'embauche souhaitée**: 2024

**Description des missions**: Projet de thèse

Les microorganismes rhizosphériques phytobénéfiques colonisent les racines des plantes, améliorant leur nutrition, leur architecture racinaire, et leur résistance aux stress climatiques. Cependant, leur efficacité en conditions réelles varie en fonction de facteurs environnementaux et pratiques agricoles. Pour maximiser leurs effets, les travaux de thèse se proposent d’apporter des solutions pour maximiser la viabilité, la multiplication, et l’activité métabolique de fonctions phytobénéfiques d’un microorganisme d’intérêt. L'objectif est d'optimiser les bénéfices de cette souche pour une agriculture durable dans un contexte de réduction des intrants minéraux en grandes cultures, et ce avec une reproductibilité maximale.

L’enjeu est une réduction maximale de l'utilisation d'engrais minéraux au champ. L'objectif principal du projet de thèse est d’optimiser les conditions de cultures et formules influençant le microorganisme phytobénéfique pour maximiser ses effets au champ. Trois échelles de travail ont été définies afin d’atteindre cet objectif:

- In vitro, définir l’impact des différents activateurs pré- ou post-fermentation ciblés sur la multiplication d’une part, et activités phytobénéfiques d’autre part (fixation d’azote, production d’hormones, solubilisation d’éléments du sol) du microorganisme d’intérêt
- En conditions semi-contrôlées (serre) et sous apports azotés réduits, étudier l’effet des formules sélectionnées en partie 1) sur les marqueurs agronomiques de plantes d’intérêt (implantation, photosynthèse, indice de chlorophylle, morphologie racinaire, entre autres) et sur des étapes clés du cycle de l’azote dans le sol

En champ, et sous différents itinéraires techniques (rotations culturales, types de sol, fertilisation) et localisations, évaluer l’efficacité agronomique des deux meilleures biosolutions découlant de l’axe 2, leur impact sur les communautés bactériennes et fonctions phytobénéfiques et caractériser leur efficacité dans les services environnementaux, notamment production de NO2.

Profil recherché
- Le profil recherché est un(e) étudiant(e) sortant d’un Master 2 ou Ecole d’Ingénieur en agronomie, biotechnologies, microbiologie ayant des compétences solides en physiologie végétale, microbiologie, conduite d’essais en serre et analyses statistiques de données.

Compétences requises:

- Capacité à travailler de façon autonome et rigoureuse
- Maîtrise des techniques microbiologiques de culture in vitro, identification et méthodes de quantification de la croissance microbienne Connaissance des étapes clés du cycle de l'azote dans le sol et des outils notamment moléculaires (qPCR, RT-qPCR) qui permettront d’étudier l’impact des biosolutions sur les dynamiques de l'azote
- Compréhension des préconisations agronomiques (itinéraires techniques) et des méthodes de mesures en conditions semi-contrôlées et en champ
- Expérience dans l'utilisation de méthodes analytiques telles que la chromatographie, la spectrophotométrie
- Appétence dans l’évaluation des services environnementaux, notamment production de gaz à effet de serre (NO2), et capacité à interpréter les impacts environnementaux des pratiques agricoles
- Compétences en analyse statistique pour interpréter les résultats expérimentaux et en tirer des conclusions sur l'impact des activateurs sur les activités phytobénéfiques
- Bonne capacité à communiquer tant à l’oral qu’à l’écrit, de manière scientifique et adaptée à l’interlocuteur
- Maitrise de l'anglais scientifique.
- La compréhension de la conduite d'expériences en serre et en champ et la collecte de données agronomiques est un plus.

**Compétences demandées**:

- Techniques
- Scientifiques
- Production

**Adhérent VEGEPOLYS VALLEY**: Oui