Bioinformaticien-ne en Analyse de Données Omiques

78350 JOUY EN JOSAS _

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**Présentation d'INRAE**:
INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit **12 000 collaborateurs** au sein de **272 unités** réparties sur **18 centres en France**. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture - alimentation - environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

**Environnement de travail, missions et activités**: Vous serez recruté-e dans l'unité de recherche MaIAGE («Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement ») d'INRAE qui développe des méthodes mathématiques et informatiques originales de portée générique ou motivées par des problèmes biologiques précis. MaIAGE héberge la plateforme de bioinformatique Migale, une des Infrastructures Scientifiques Collectives membre de l'Infrastructure de Recherche INRAE BioinfOmics. Certifiée ISO9001, elle fait aussi partie de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) et compte près de 800 utilisateurs identifiés.
Migale a pour vocation de fournir des services à la communauté des sciences de la vie à travers 4 niveaux de service:

- La mise à disposition d'une infrastructure informatique dédiée au traitement des données des sciences de la vie ;
- La diffusion d'un savoir-faire en (bio)informatique et biostatistique ;
- L'analyse de données (méta)génomiques.

L'équipe en charge de ces missions est composée de 10 permanents.
La démocratisation rapide des technologies de séquençage a permis de générer à grande échelle des données omiques sur les écosystèmes microbiens. À travers son service d'analyse de données omiques, Migale travaille sur des écosystèmes variés (alimentaires, environnementaux, holobiontes,...) par des approches nombreuses et complémentaires (génomique, génomique comparée, transcriptomique, métabarcoding, métagénomique, métatranscriptomique, métaviromique, etc...). D'autres types de données (métabolomique, protéomique...) deviennent de plus en plus courant, élargissant ainsi le spectre des données à analyser.
Les projets sont menés sous forme de collaboration (la plateforme mène les analyses et les restitue à l'équipe demandeuse) ou d'accompagnement (la plateforme conseille, oriente et encadre les analyses faites par un membre de l'équipe demandeuse). La plateforme développe ou contribue au développement de workflows ou outils d'analyse dans ses thématiques d'intérêt. Migale a également une forte activité de formation en bioinformatique et biostatistique.
Au sein de la plateforme Migale, vous viendrez renforcer l'équipe en charge des projets d'analyse.
Vos missions seront:

- D'aider les demandeurs à formaliser leur demande d'analyse ;
- De choisir, adapter ou développer, et appliquer les méthodes, outils et workflows d'analyses bio-informatiques afin de répondre à la question posée ;
- D'assurer la traçabilité et la reproductibilité des analyses ;
- De mettre à disposition les résultats à travers des interfaces adaptées au demandeur ;
- D'accompagner et former à la compréhension et l'utilisation des workflows.

Vous travaillerez en étroite collaboration avec les membres de l'équipe en charge des projets d'analyses (5 agents).
Une activité de veille scientifique sera également nécessaire afin de maintenir une expertise indispensable dans le domaine de l'analyse bio-informatique et l'intégration de données omiques hétérogènes dans un contexte de rapide évolution des technologies de production de données.
Comme tous les scientifiques de la plateforme, vous participerez aux réunions de l'équipe de recherche StatInfOmics de l'unité MaIAGE. Vous serez de plus intégré-e à différents réseaux métiers de bio-informatique (PEPI IBIS, CATI BOOM).
- La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste.

**Formations et compétences recherchées**:
**Licence, Maîtrise, Master 1, BUT**

Vous avez un master en bioinformatique ou en biologie avec une forte expérience en analyse bioinformatique de données omiques. Des compétences en programmation (Python, R,...), en gestion de projets d'analyses, dans l'utilisation d'outils de gestion de pipelines (Snakemake, Nextflow) sont fortement souhaitées car indispensables à la gestion efficace de multiples projets d'analyse.
Une bonne connaissance des données (méta-)omiques sera fortement appréciée. Vous aimez collaborer, expliquer, former, accompagner des utilisateurs dans leurs demandes.
Vous êtes sensible aux questions d'ouverture et de mise à disposition des