Doctorat en écologie Des Milieux Aquatiques

33610 CESTAS GAZINET _

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**Présentation INRAE**:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

**Environnement de travail, missions et activités**:
Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité de recherche INRAE « Ecosystèmes aquatiques et changements globaux » (EABX). Les recherches menées au sein de cette unité visent à acquérir les connaissances, à construire les méthodes et à mettre au point les outils pour caractériser et comprendre l’état et la dynamique des écosystèmes aquatiques continentaux (estuaires, lacs, rivières), en évaluant les réponses de ces écosystèmes ou de ces espèces (poissons migrateurs amphihalins et végétaux aquatiques) aux pressions anthropiques (pêche, fragmentation des milieux, contamination, changement climatique). Vous intègrerez en particulier l’équipe ECOVEA (Ecologie des communautés végétales aquatiques et impacts des pressions multiples) qui focalise ses recherches sur les végétaux aquatiques.

L’équipe ECOVEA propose un sujet de thèse, soumis au concours de l’Ecole Doctorale Sciences et Environnements de l’Université de Bordeaux. Cette thèse vise à caractériser les relations allélopathiques entre macrophytes et cyanobactéries d’eau douce.

Les lacs du littoral aquitain partagent un patrimoine naturel et culturel exceptionnel, dont de nombreuses espèces endémiques de plantes et d'animaux, tous de grande valeur écologique. Mais ces dernières décennies, la colonisation de ces lacs par des macrophytes aquatiques exotiques, en particulier _Lagarosiphon major_ (Ridl.) Moss (_L. major_), tend à affecter leur fonctionnement écologique. Afin d’assurer leur succès compétitif ces plantes seraient capables de synthétiser des biomolécules à même d’influencer de façon allélopathique les communautés épiphytiques (bactéries, microalgues et microfaune), le phytoplancton et les autres plantes aquatiques (Shao et al., 2005, Mohamed et al. 2017), impactant ainsi la biodiversité autochtone des lacs et les équilibres écologiques en place. En particulier, les substances allochimiques produites par les macrophytes pourraient jouer un rôle important au niveau de la régulation de la croissance du phytoplancton, rôle plus important encore que la compétition pour la lumière ou les nutriments (Donk et van de Bund, 2002). Selon Hilt et Gross (2008), les cyanobactéries sont les organismes le plus sensibles à ce type de composés

Dans ce contexte, le projet de recherche proposé ici vise à approfondir la connaissance des biomolécules présentes chez _L. major_, ainsi que le rôle écologique de cette plante invasive dans la régulation des blooms de _M. aeruginosa_, de plus en plus fréquents dans nos lacs littoraux néo-aquitains.

Vous serez plus particulièrement en charge de:
1 - La détermination des fractions actives de l’extrait brut de _L._ _major_

Afin d’identifier les potentiels métabolites présents dans l’extrait brut de _L._ _major_, une stratégie de fractionnement bio-dirigée de l’extrait brut sera mise en œuvre en collaboration avec les chimistes de l’équipe ECOVEA. Chaque fraction sera ensuite testée à différentes concentrations sur une souche de _M. aeruginosa_, et l’impact sur ses capacités photosynthétiques de cette cyanobactérie ainsi que sur son métabolisme général sera mesuré. A l’issue de cette phase, les fractions actives de l’extrait brut seront donc identifiées.

2 - L’élucidation structurale des biomolécules composant les fractions actives

3 - La mise en évidence _in situ_ du rôle de _L. major_ quant à la régulation de la population de _M. aeruginosa_

Dans un premier temps, il s’agira de rechercher la présence des principales molécules identifiées dans des mésocosmes, ceci afin de vérifier leur libération dans le milieu par les plantes.

Dans un second temps, nous tenterons d’adapter in situ la méthodologie proposée par Hilt et al. (2006). Il s’agira de placer au cœur d’herbiers de _L. major_ un dispositif contenant une culture de M. aeruginosa, et de comparer la croissance mesurée des cyanobactéries à un tube témoin placé dans une zone du lac exempte d’herbier.

**Conditions particulières d’activité : Sorties terrain en lac, travail en laboratoire**

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**Formations et compétences recherchées**: