Gestion Et Intégration de Données Phénotypiques

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**Présentation INRAE**:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

**Environnement de travail, missions et activités**:
Vous serez accueilli-e au sein de l’équipe Génétique quantitative et méthodologie de la sélection (GQMS) de l'unité mixte de recherche Génétique Quantitative et Evolution. Celle-ci comprend 70 agents : et développe des programmes de génétique pour la valorisation de la diversité des plantes cultivées. Elle fait partie de l’Institut Diversité, Ecologie, Evolution du Vivant (IDEEV) situé sur le campus de l’Université Paris-Saclay. Au cours des dernières années, de nombreuses expérimentations de phénotypage au champ et en plateforme ont été réalisées pour caractériser le comportement de panels représentatifs de la diversité du maïs, dans des conditions environnementales contrastées (température, alimentation hydrique, etc). Ces projets ont été conduits par l’équipe et ses partenaires (Cornfed, Drops Amaizing, Cornfed, C4Future ) mais aussi d’autres initiatives internationales (Genome to Field notamment). L’ensemble constitue une riche source d’informations pour mieux comprendre les bases génétiques de l’adaptation aux stress abiotiques et guider la création de nouvelles variétés adaptées au changement climatique et à la transition agroécologique. Pour pouvoir exploiter cette information, il est nécessaire de la rendre accessible auprès de la communauté scientifique. Vous serez en charge de la gestion et l’intégration de nombreuses données phénotypiques acquises au champ et en plateforme sur des panels de plusieurs centaines d’individus chez le maïs, ainsi que de données résumant les conditions environnementales dans lesquelles les observations ont été effectuées. Pour les principaux jeux de données et variables identifiés par les chercheurs concernés, vos missions seront de:

- Pour les jeux de données qui le nécessiteront, prétraitement de données pour estimer les valeurs des individus dans une condition donnée.
- Harmonisation des identifiants des individus entre les différentes expériences de phénotypage et de génotypage. L’évaluation de la cohérence des données de génotypage entre études sera réalisée en collaboration avec une collègue de l’équipe.
- Intégration des données phénotypiques, environnementales et de génotypage dans la base de données Thalia.

Premières analyses des corrélations et des interactions génotype x environnement à l’aide d’approches multivariées. Interaction avec les chercheurs en charge des analyses de génétique d’association et de prédiction génomique. Préparation des données en vue de leur publication dans des répertoires en libre accès (dataverse INRAE). Contribution à l’écriture de publications

Note : Tout au long de l’étude vous participerez avec les chercheurs concernés à l’identification de projets additionnels susceptibles d’enrichir la base de données constituée.

**Formations et compétences recherchées**:
**Master/Ingénieur (Bac+5)**
- Ingénieur ou Master 2 ayant des connaissances en bioinformatique et/ou agronomie et génétique
- Compétences en statistiques (ACP, ANOVA, modèle mixte), connaissance du langage R.
- Des compétences en gestion de données de « grandes dimension » et en développement collaboratif (Usage de GIT pour versionnage, R markdown pour rapports automatisés, etc.) seront un plus
- Sens de l’organisation et rigueur

**Votre qualité de vie à INRAE**:
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée):

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

**Modalités pour postuler**:
**J'ENVOIE MON CV ET MA LETTRE DE MOTIVATION**

**RÉFÉRENCE DE L'OFFRE**:

- **Contrat**: Mission temporaire
- **Durée**: 18
- **Début du contrat **:Dès que possible
- **R