Post-doctorat : L'hétérogénéité Cellulaire

33140 VILLENAVE D'ORNON _ **RETOUR À LA LISTE DES RÉSULTATS** **Présentation INRAE**: L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes. **Environnement de travail, missions et activités**: Vous serez accueilli(e) dans l'équipe FDFE "Développement du fruit, floraison et contraintes environnementales", au sein du Laboratoire de Biologie et Pathologie du Fruit (BFP) situé sur le campus INRAE de Villenave d'Ornon, dans la banlieue sud de Bordeaux. L'objectif de ce post-doctorat est d'explorer le transcriptome des cellules endorédupliquées en utilisant des approches « omiques » sur cellule unique. Dans les organismes multicellulaires, le développement d'organes fonctionnels, tels que les fruits chez les plantes, implique une phase de division cellulaire suivie d'une phase de croissance et de différenciation des cellules. Chez les fruits charnus, la taille finale dépend de la régulation spatio-temporelle précise, au cours du développement du fruit, du nombre et/ou de la taille des cellules formées. Très tôt au cours du développement du fruit de tomate, les cellules subissent un cycle cellulaire modifié, l'endocycle, au cours duquel la réplication de l'ADN se produit indépendamment de la mitose. Ce processus, appelé endoréduplication, conduit à une augmentation du niveau de ploïdie et de la taille des cellules. Nous avons obtenu des données transcriptomiques et des profils épigénomiques dans des populations de noyaux triés de différents niveaux de ploïdie et à différents stades de développement. Ces données montrent que les changements dans les niveaux de ploïdie sont associés à des changements spécifiques dans l'expression des gènes. Cependant, les cellules d'un niveau de ploïdie donné peuvent encore représenter une population hétérogène en raison de leur localisation spécifique dans le tissu et de leur trajectoire de différenciation. Dans ce projet, nous cherchons à explorer cette hétérogénéité en analysant les signatures transcriptomiques de cellules uniques et les données spatiales d'expression génique dans le péricarpe de la tomate afin de comprendre la trajectoire des cellules endorédupliquées dans le contexte du développement de l'ensemble du tissu. Vous bénéficierez d'un environnement stimulant sur un campus regroupant plusieurs laboratoires de recherche de premier plan travaillant sur les sciences végétales, la pathologie végétale et les sciences de l'environnement, ainsi que des infrastructures de pointe pour la croissance des plantes, la métabolomique et l'imagerie. Des plateformes de cytométrie et de génomique sont situées sur les sites de l'Université de Bordeaux et d'INRAE Pierroton, à moins de 15 minutes du laboratoire. Vous bénéficierez de l'expertise scientifique de votre encadrante directe, Nathalie Gonzalez, et des membres de son équipe en croissance végétale, endoréduplication, biologie cellulaire, génomique fonctionnelle, imagerie et bio-informatique. Nichée dans une région viticole de renommée mondiale, Bordeaux offre un environnement sans pareil, combinant une histoire riche, un enseignement de niveau international et une scène culturelle florissante. Vous serez plus particulièrement en charge de: - Collecte d'échantillons pour l'analyse transcriptionnelle en cellule unique - Analyse en cytométrie et tri des noyaux - Acquisition des données RNA-seq en cellule unique - Analyse bioinformatique et intégration des données **Déplacements fréquents vers les plateformes locales.** **Permis de conduire obligatoire.** *** **Formations et compétences recherchées**: **Doctorat** Formation recommandée : Doctorat dans les domaines de la biologie moléculaire, de la biochimie, de la génomique et/ou de la bioinformatique. Connaissances souhaitées : Une solide formation en biologie moléculaire et en génomique, avec de préférence une solide expérience dans les approches omiques à cellule unique/noyau unique. Bonne connaissance et expérience de la bioinformatique et de l'analyse statistique. Expérience appréciée : Intérêt marqué pour la biologie du développement, expérience en microscopie. Aptitudes recherchées : Excellentes aptitudes à la communication orale et écrite en anglais, organisation et capacité à travailler de manière autonome. Soucieux(se) de collaborer avec des collègues d'horizons s