Ingénieur-e d'études biologiste en traitement de données

L'Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l'ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l'innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l'Inserm, c'est intégrer un institut engagé pour la parité et l'égalité professionnelle, la diversité et l'accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l'Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

A propos de la Structure :

Au cœur de l'Oncopole de Toulouse, le CRCT, avec tous ses partenaires (institutionnels, universitaires, cliniques, industriels, caritatifs…), stimule l'innovation en termes de recherche et d'enseignement dans la lutte contre le cancer.

Le CRCT conduit une approche intégrée entre la recherche, les soins et l'enseignement, dans une logique transversale et multidisciplinaire.

Les équipes s'appuient sur le Pôle technologique (PT) dirigé par Frédéric Lopez et composé de 8 plateaux techniques (Cytométrie, Imagerie cellulaire, Histologie Expérimentale, Vectorologie, Irradiateur, Génomique et transcriptomique et Bio-informatique).

Le PT a pour mission d'accompagner les chercheurs sur les technologies de pointe, en assurant la veille technologique, la formation et la réalisation des expertises

Mission principale :

La personne recrutée aura pour mission d'organiser la collecte et de réaliser la gestion et le traitement de données issues de la recherche en sciences du vivant, dans le cadre de thématiques de recherche en biologie de l'équipe.

Le/la candidat(e) sera intégrée à une équipe de travail dédiée à la compréhension des étapes précoces de cancérogenèse pancréatique.

Résumé du projet :

Le cancer du pancréas sera probablement la deuxième principale cause de décès liée au cancer d'ici 2030. Son incidence ne cesse de croître et il est essentiel de comprendre comment ce cancer se déclenche pour stopper cette augmentation massive et récente. Nous avons développé de nombreux modèles murins génétiquement modifiés qui miment la cancérogenèse pancréatique. Nous recherchons quels sont les mécanismes moléculaires qui expliquent l'accélération de la maladie métastatique pour proposer de nouvelles thérapies. Pour cela, nous avons généré des données de scRNAseq à différentes étapes de la cancérogenèse et dans différents contextes génétiques/environnementaux qu'il s'agit de continuer à analyser et à intégrer à des données de biologie spatiale. Nous avons accès à des données humaines à comparer ou à des modèles équivalents de cancérogenèse colique. L'ingénieur(e) que nous recruterons travaillera en équipe et participera à l'analyse de ces données en intégration avec les données biologiques obtenues de manière expérimentale.

Activités principales :

• Mettre en place et optimiser les procédures de recueil, traitement et intégration de données multi-omics
• Réaliser le traitement des données
• Gérer, stocker et documenter les bases de données générées
• Assurer la maintenance des bases de données créées et existantes
• Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d'études
• Adapter les applications informatiques aux besoins du projet
• Gérer et maintenir des outils informatiques partagés
• Conseiller et former aux techniques et outils développés
• Collaborer avec les biologistes pour développer des process d'analyses adaptés à leurs projets
• Participer à l'analyse d'images multiplex (Akoya) et d'immunofluorescence
• Définir les procédures d'assurance qualité et veiller à leur mise en œuvre
• Appliquer et faire appliquer les règles en vigueur de la déontologie, l'éthique, les bonnes pratiques cliniques et épidémiologiques
• Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité
• Participer à des réseaux professionnels locaux
• Participer à la gestion des moyens techniques, humains et financiers alloués

Spécificités et environnement du poste :

• Travail sur poste informatique

Connaissances :

• Connaissances approfondies en bioinformatique et gestion de données
• Bonne maîtrise de Python et/ou R
• Connaissances en oncogenèse, cancérologie, microenvironnement souhaitées
• Connaissance des outils d'analyse d'image (QPath, Fiji/ImageJ ou équivalents) est un atout

Savoir-faire :

• Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats
• Coordination et planification des différentes phases d'analyse
• Savoir mettre en forme ses résultats de recherche pour une interprétation
• S'adapter à la gestion de plusieurs projets en parallèle

Aptitudes :

• Rigueur
• Esprit d'équipe
• Sens de l'initiative
• Sens des responsabilités
• Disponibilité

Expérience(s) souhaité(s) :

• Analyse de données transcriptomiques (scRNAseq) et/ou analyse images spatiale / multiplexées

Niveau de diplôme et formation(s) :

• Bac +3 minimum, niveau master souhaité
• Master en bio-informatique, biologie computationnelle ou discipline équivalente souhaité

Informations Générales :

Date de prise de fonction :

• A partir du 1er février 2026

Durée

• 12 mois, renouvelable

Temps de travail

• Temps plein
• 38H30

Rémunération

• A partir de € brut mensuel en fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent.

Avantages

• 32 jours de Congés Annuels et 13 jours de RTT
• Restauration collective subventionnée sur place
• Comité d'action et entraide sociale (prestations sociales, culturelles, sportives)
• Transports publics remboursés à 75%

Type d'emploi : CDD

Statut : Cadre

Durée du contrat : 12 mois

Rémunération : à partir de 2 421,65€ par mois

Avantages :

• Prise en charge du transport quotidien
• Restaurant d'entreprise
• RTT

Lieu du poste : En présentiel