ingénieur de recherche en bioinformatique

CDD

12 mois

Montpellier

Une université d'excellence

Université de recherche intensive, leader mondial en écologie, l'Université de Montpellier est un établissement public expérimental qui figure dans le top 200 du classement de Shanghai. Elle couvre plusieurs champs disciplinaires sciences et techniques, droit, économie, environnement, administration, gestion, médecine, pharmacie, activités physiques et sportives, biologie, informatique, sciences de l'éducation, science politique. Elle a obtenu en 2022 la labellisation I-SITE (Initiative Science Innovation Territoires Economie) qui associe 15 partenaires de recherche et d'innovation du territoire. Ce Programme d'Excellence (PEI) porté par l'Université de Montpellier s'articule autour des enjeux "Nourrir, Soigner, Protéger" et s'appuie sur tous les domaines scientifiques de l'Université et de ses partenaires. Elle coordonne le Pôle Universitaire d'Innovation (PUI).

Une université engagée

Vigilante envers toutes formes de discriminations, l'Université de Montpellier est engagée pour la promotion de la diversité, l'égalité entre femmes et hommes et pour l'inclusion des personnes en situation de handicap. Elle est attachée aux fondements du service public, à la laïcité, à l'égalité des chances et à l'accès de tous aux savoirs. Elle promeut les valeurs académiques telles que l'éthique, l'intégrité scientifique et la liberté universitaire. L'UM place enfin le développement durable au cœur de sa politique et de son savoir-vivre. Une démarche saluée par le palmarès du Times Higher Education qui la place en tête des universités françaises les plus performantes en terme de développement durable.

Dans le cadre de ses engagements, l'université promeut le CV sans photographie.

Structure de rattachement : Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM)

Intitulé du projet : Caractérisation de l'hétérogénéité de cellules thérapeutiques

Acronyme du projet : IHU WP2

Durée globale du projet : 24 mois

Description sommaire du projet : L'immunothérapie, et en particulier l'immunothérapie cellulaire, a révolutionné le traitement des cancers dans les dernières décennies et son application s'entend maintenant à d'autres pathologies comme l'auto-immunité. Cependant, de nombreuses limitations persistent soulignant la nécessité de poursuivre nos efforts en caractérisant mieux les cellules thérapeutiques actuellement utilisées, en développant de nouveaux outils thérapeutiques et enfin en identifiant les facteurs associés aux échecs thérapeutiques. L'IHU Immun4Cure aborde notamment ces différents aspects dans le contexte du développement de nouveaux traitements de l'autoimmunité avec notamment des caractérisations multi-omiques.

Mission principale : Le candidat ou la candidate sera impliqué principalement dans l'analyse de données de transcriptomique (RNAseq, scRNAseq, …), protéomique et métabolomique. Il ou elle devra développer un pipeline d'analyses et des outils pour l'intégration des données. Il ou elle sera également amené(e) à réaliser des méta-analyses sur les données de la littérature.

Une expérience en codage bash, R et python et dans l'utilisation d'outils d'analyses bioinformatiques est demandée. De même, une expérience d'outils de type snakemake ou nextflow, de l'utilisation de serveurs de calculs ou d'analyses de données sur cellules uniques sera un élément pris en compte dans l'examen de la candidature. Un bagage en modélisation mathématique serait également appréciable.

Définition des tâches à accomplir :

• Effectuer le traitement et la visualisation des données
• Organiser la mise en forme, le stockage des données
• Assurer la maintenance des bases de données créées
• Adapter les applications informatiques aux besoins du projet
• Gérer et maintenir des outils informatiques partagés

– Réaliser des analyses statistiques (traitement des données, choix des tests, modélisation).

– Contribuer à l'interprétation des résultats et à la préparation de tables et figures pour publication

• Conseiller et former aux techniques et outils développés

Diffuser et promouvoir les résultats et les réalisations technologiques sous la forme de rapports, de publications et de présentations orales à l'intention des biologistes

• Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité

Assurer la traçabilité et la reproductibilité des analyses

Description précise de l'évènement ou du résultat objectif déterminant la fin de la relation contractuelle ainsi que les modalités d'évaluation et de contrôle de ce résultat : Les objectifs attendus consistent en le développement d'outils d'analyse intégrant différentes données d'omique, la présentation sous forme synthétique de l'analyse de ces données afin d'identifier des biomarqueurs d'efficacité ou de nouvelles pistes thérapeutiques et enfin par la publication des résultats d'intérêt.

Contraintes / Spécificités du poste : Risque lié aux écrans – Variabilité possible des horaires de travai

Qualifications / Domaine de formation demandé :

Compétences scientifiques et Techniques :

– Maîtrise de la programmation en Python, R et Shell / Bash.

– Savoir rechercher et utiliser les différentes informations et outils logiciels publics

– Collecter, analyser, traiter et visualiser des données

– Utiliser des bibliothèques communes d'analyse de données et de bio-informatique (Seurat, scanpy, monocle, pandas, etc.)

– Expertise dans l'analyse statistique et la construction de workflows.

– Capacité avérée à gérer et analyser, intégrer et interpréter des données issues des diverses techniques d'analyse -omique

– Mise au point de protocoles informatiques originaux pour l'analyse des données

– Bonne connaissance de la biologie

Compétences opérationnelles :

– Titulaire d'un Master en bioinformatique, biostatistique ou biomathématique.

– Suivi et communication des résultats sous forme de rapport, publication et présentation orales

– Bonne communication avec les chercheurs en biologie, ouverture d'esprit et intérêt pour les questions biologiques

– Capacité de transmission des connaissances

– Aptitude au travail en équipe, capacités d'écoute et de proposition, autonomie.

– Capacité à communiquer en anglais à l'oral et à l'écrit

Rejoindre l'université de Montpellier, c'est bénéficier de nombreux avantages dans une région qui offre un cadre de vie qualitatif.

Nos avantages :

Dispositifs de développement des compétences : accès à une grande offre de formation, préparation aux concours internes

Jusqu'à 46 jours de congés / an (pour un temps plein à 38h30)

Temps de travail aménageable

Jusqu'à 2 jours de télétravail / semaine (selon les modalités de la charte de TT applicable à l'UM)

Restauration collective

Aide et prestations sociales

Prise en charge partielle des abonnements au transport de la ville

Accès aux activités sportives, culturelles et de loisirs de l'université

Soutien à la parentalité : club de loisirs pour enfant, partenariat de crèches, jours enfant-malade

Avantages dépendant de la nature et la durée du contrat, des nécessités de services et des conditions d'éligibilité

Informations complémentaires :

Rémunération : de 2405€ à 3265€ bruts mensuels, dont 200€ d'indemnité mensuelle des agents contractuels (prime)

Prise de poste : Janvier

Type de contrat : CDD de catégorie A

Durée du contrat : 12 mois

Clôture des candidatures : 28/11/2025