Ingénieur.e

Informations générales

Organisme de rattachement

Inserm Délégation Régionale Paris IDF Centre Nord  

Référence

Date de début de diffusion

/01/2026

Date de parution

/01/2026

Localisation

Paris

Versant

Fonction Publique de l'Etat

Catégorie

Catégorie A (cadre)

Nature de l'emploi

Emploi réservé aux fonctionnaires et lauréats d'un concours territorial

Domaine / Métier

Recherche - Experte / Expert en calcul scientifique

Statut du poste

Vacant

Intitulé du poste

Ingénieur.e bio-

Description du poste

· Réaliser la gestion et le traitement de données de génomiques, transcriptomiques ou multi-omiques (humaines et issues de modèles animaux).
· Animer et organiser la gestion technique et la formation des utilisateurs des équipements locaux de calcul haute performance et de stockage de données de l'unité NeuroDiderot.
· Construire les liens avec le nouvel entrepôt de données de santé IHU-Hub et les infrastructures de calcul haute performance dédiées à l'Institut Robert Debré du Cerveau de l'Enfant pour supporter et faciliter les projets de traitement de données génomiques de l'unité NeuroDiderot.
·    Développer et conduire des pipelines d'analyses et des plans de gestion de données génomiques, transcriptomiques, multi-omiques et phénotypiques associées. Participer à la valorisation des résultats et à la diffusion ou transfert de pipelines pré-existants
·    Organiser l'utilisation collective et dimensionner les besoins du plateau technique local de l'unité NeuroDiderot et préfigurer les liens et l'utilisation du nouveau plateau de calculs et stockage haute performance dédié à l'Institut Robert Debré du Cerveau de l'Enfant pour la Recherche Méthodologique et l'Intelligence Artificielle en Biomédecine.
·    Gérer, cartographier les connexions sécurisées pour les transferts de données avec les collaborateurs
·    Guider les utilisateurs pour le traitement et l'interprétation des données génomiques, transcriptomique ou multiomique. Former et conseiller les utilisateurs sur les possibilités et contraintes du plateau technique local de l'unité NeuroDiderot et celles du nouveau plateau dédié de l'Institut Robert Debré du Cerveau de l'Enfant. Faciliter si besoin les accès aux infrastructures mutualisées internes ou externes à l'INSERM.
·    Gérer les accès et droits des utilisateurs et la sécurité du système en coordination avec la DSI et les administrateurs réseau INSERM et les partenaires de l'Institut Robert-Debré du Cerveau de l'Enfant.
·    Intégrer des réseaux professionnels de bioinformatique et assurer une veille scientifique et technique, comparer des outils pour les pipelines.
·    Apporter un renfort aux correspondants informatiques de l'unité NeuroDiderot. Assurer en coordination avec la DSI la répartition des tâches pour répondre aux demandes de support informatique de l'unité NeuroDiderot, entre les correspondants informatiques locaux, la DSI et la ou les sociétés prestataires de service.
·    Participer à la gestion du budget, au renouvellement et à la maintenance des équipements du plateau technique local de l'unité NeuroDiderot pour les calculs à haute performance et le stockage des données
·    Veiller au respect des règlementations sur la protection des données personnelles et pour des données issues de protocoles de recherche clinique, ou du soin.
·   Veiller à la présence de déclaration à la CNIL et des autorisations adéquates pour l'hébergement des données génomiques traitées sur l'unité NeuroDidero

Informations complémentaires
Informations complémentaires

Spécificité(s) et environnement du poste
· Travail fréquent sur poste informatique

· Restauration collective sur l'hôpital Robert Débré

Connaissances
·Connaissances et expertise en statistique génomique, biologie computationnelle et bioinformatique

· Programmation : Maîtrise approfondie d'au moins un langage de programmation scientifique (Python, R) et des outils associés (NumPy, Pandas, Scikit-learn, etc.).

· Sécurité informatique : Connaissance des bonnes pratiques en matière de sécurité informatique, notamment la gestion des vulnérabilités, la protection des données sensibles et la mise en place de firewalls.

· Systèmes d'exploitation : Connaissance approfondie de Linux (administration système, scripting).

· Outils d'analyse bioinformatique : Familiarité avec les outils de traitement et d'analyse de données génomiques (SAMtools, BWA, GATK, etc.).

· Conteneurs : Connaissance de Docker et autres conteneurs pour la gestion d'environnements de développement et de déploiement.

· Connaissances des réglementations sur les données personnelles, les données avec caractéristique génétique (rédaction ajustements et application d'analyse d'impact relative à la protection des données)

Expérience(s) souhaité(s)
· Expérience en biologie computationnelle : Expérience préalable en biostatistique et/ en génomique notamment dans l'analyse de données transcriptomiques.
· Expérience de travail en étroite collaboration avec des biologistes en matière d'analyse de données.

Localisation du poste

Europe, France, Île-de-France, Paris (75)

Géolocalisation du poste

Hôpital Robert Debré

Lieu d'affectation (sans géolocalisation)

Hôpital Robert Debré - 48 Bd Serurier, 75019 PARIS

Critères candidat
Niveau d'études / Diplôme

Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents

Niveau d'expérience min. requis

Confirmé

Langues

Anglais (Maîtrise)

Compétences attendues

Savoir-faire

•Analyse de données : Capacité à concevoir et mettre en œuvre des pipelines d'analyse de données génomiques, transcriptomiques ou multiomiques adaptés aux questions biologiques testées.

•Environnements de calcul haute performance (HPC) : Expérience significative avec les clusters, les grilles de calcul, les systèmes de gestion de tâches (Slurm, SGE) et les outils de parallélisation.

•Outils de versioning : Utilisation quotidienne de Git pour la gestion de code et la collaboration.

•Outils de gestion de pipeline : Maîtrise de Nextflow et/ou Snakemake pour la création et l'exécution de pipelines d'analyse de données reproductibles et scalables.

•Gestion des données (rédaction ajustements et application de plan de gestion de données jusqu'à la clôture du projet).

Aptitudes

•Résolution de problèmes : Aptitude à identifier, analyser et résoudre des problèmes techniques complexes.

•Excellentes compétences en communication écrite et orale pour interagir avec des équipes multidisciplinaires (biologistes, informaticiens, etc.) et expliquer des concepts techniques à un public non spécialisé.

•Capacité à travailler de manière autonome et en équipe dans un environnement dynamique.

•Rigoureux(se), organisé(e), avec capacité d'adaptation, de réactivité, flexibilité pour passer de tâches d'organisation/coordination à des taches plus analytiques et scientifiques

•Maîtrise de l'anglais technique pour la lecture et l'écriture de publications scientifiques

Documents à transmettre

L'envoi du CV et d'une lettre de motivation est obligatoire

Date de vacance de l'emploi

01/06/2026

---