Stage de Master de Recherches

Niveau :
Master 1 / 2

Discipline :
Bioinformatique en oncologie

Mot clé :
Analyse de données RNAseq, Nextflow, Pipeline, Microbiote, Oncologie.

Mise en Contexte :

Le cancer du pancréas demeure l'une des maladies les plus redoutables, avec un taux de survie faible. L'hétérogénéité complexe du tissu tumoral pancréatique, avec ses sous-populations cellulaires diverses, représente l'un des obstacles majeurs à la conception de stratégies thérapeutiques efficaces. L'étude de son
microenvironnement tumoral
, incluant le
microbiote associé
, est essentielle pour mieux comprendre les mécanismes favorisant sa progression et identifier des cibles cliniques.

L'utilisation du séquençage RNA-seq sur tissu humain microdissecté permet d'obtenir une caractérisation moléculaire précise des tumeurs, en préservant la spécificité des compartiments cellulaires et des zones de dysplasie. Cette approche offre une résolution suffisante pour identifier les profils d'expression associés aux différents phénotypes tumoraux et mieux comprendre les mécanismes impliqués dans la progression des tumeurs pancréatiques.

Compétences Requises :

Nous recherchons un(e) étudiant(e) en Master de bioinformatique qui a un intérêt pour la biologie du cancer afin de rejoindre notre équipe dirigée par le Dr R. Nicolle (Chef d'équipe en bioinformatique, expert en génomique du cancer du pancréas).

Maîtrise de la Bioinformatique :

Le candidat devra maîtriser les langages de programmation
R
et/ou
Python
, ainsi que les principales bibliothèques dédiées à l'analyse bioinformatique. Il devra être capable de concevoir et d'exécuter des
pipelines d'analyse reproductibles
à l'aide de gestionnaires de flux tels que
Nextflow
, en intégrant les étapes de prétraitement, d'analyse différentielle et d'intégration multi-omique. Une expérience préalable avec des
données de séquençage RNA-seq
(bulk ou single-cell) serait particulièrement appréciée. Le projet inclura également l'
étude du microbiote associé aux tumeurs
, nécessitant la mise en place de workflows spécifiques pour l'analyse métagénomique et l'exploration des interactions hôte-microbiote dans le contexte tumoral.

Connaissances en Biologie Moléculaire : Compréhension des mécanismes biologiques impliqués dans les voies des cancers et la biologie des cellules tumorales.

Esprit de Recherche : Capacité à analyser des données, et à interpréter les résultats de manière critique. Capacité à présenter ses travaux à l'écrit et à l'oral.

Description du Stage :

Au cours de ce stage de Master de recherche, vous travaillerez en étroite collaboration avec notre équipe bioinformatique pour développer un
pipeline d'analyse Nextflow
adapté à nos échantillons
RNA-seq
de tumeurs pancréatiques.

L'objectif principal sera de concevoir un workflow reproductible intégrant des modules dédiés à l'
analyse du microbiote tumoral
et à l'
étude des métabolites
associés, afin d'explorer les interactions entre cellules tumorales, microenvironnement et composantes microbiennes. Ce travail contribuera à une meilleure compréhension des mécanismes biologiques impliqués dans la progression du cancer du pancréas.

Ce stage vous permettra d'approfondir vos compétences en
bioinformatique et développement de pipelines
, tout en vous familiarisant avec les approches
multi-omiques
et les enjeux biologiques liés à l'étude du
microenvironnement tumoral
.

Date de Début :
janvier - mars 2026

Durée du Stage
: 4 à 6 mois

Gratification selon les grilles publiques (environ 4.35€ par heure)

Lieu :
INSERM, Centre de Recherche sur l'Inflammation (CRI), Équipe Nicolle : Génomique translationnelle de l'hétérogénéité des néoplasies pancréatiques, Hôpital Beaujon, porte 15,
100 Bd du Général Leclerc, 92110 Clichy.

Si vous êtes motivé(e) à relever ce défi et à contribuer à la recherche sur le cancer du pancréas à travers la bio-informatique, veuillez nous faire parvenir votre candidature, comprenant votre CV et les coordonnées de deux références académiques ou professionnelles, à Lucie GOMES et Camille PIGNOLET

Note : Les candidatures seront acceptées jusqu'au 20 décembre 2025.