Contrat de projet_post doctorant en biologie moléculaire_UMR CRIOBE H/F

L'UPVD est une université pluridisciplinaire favorisant l'égalité des chances, avec un fort ancrage territorial en Occitanie Pyrénées-Méditerranée : 4 sites à Perpignan et 4 autres dans les Pyrénées-Orientales (Canet, Tautavel et Font-Romeu, Port-Vendres), 3 sites dans l'Aude (2 à Narbonne et 1 à Carcassonne) et deux sites délocalisés à Paris et au Maroc.

Comptant environ 9500 étudiants dont 350 doctorants, l'UPVD emploie près de 450 personnels enseignants-chercheurs et enseignants, 400 personnels administratifs et techniques et plus de 600 vacataires. L'université compte 5 facultés et 3 instituts. Forte de ses 17 laboratoires dont beaucoup sont liés à des instituts nationaux (ex. CNRS), de ses deux fédérations de recherche, de ses écoles doctorales, l'UPVD est en pointe sur les enjeux sociétaux actuels, notamment la transition écologique, la biodiversité et l'adaptation des plantes aux changements climatiques. Ses axes de recherche concernent plus généralement le monde du vivant, les sciences et techniques, les lettres et sciences humaines mais également le droit, les sciences économiques et le management. L'UPVD compte également une Fondation Universitaire.

PROJET : financement ANR JCJC - CECIL

"Comprendre les interactions moléculaires d'Endozoicomonas dans le holobionte cnidarien" .

Les écosystèmes récifaux sont gravement menacés par les effets du changement climatique mondial. Les coraux étant des organismes longévifs, le rythme actuel du changement climatique dépasse probablement rapidement leur capacité d'adaptation génétique. Ces dernières années, les mécanismes d'adaptation non génétiques, tels que les mécanismes épigénétiques, la plasticité phénotypique et les changements dans les communautés et activités microbiennes, ont été de plus en plus étudiés dans le cadre de la conservation adaptative des récifs. Les coraux constructeurs de récifs sont des holobiontes qui s'associent aux algues intracellulaires (Symbiodiniaceae), aux bactéries, aux archées, aux champignons et aux virus. Des décennies de recherche fonctionnelle démontrent l'importance de la symbiose corail-algues, une relation d'échange de nutriments qui constitue la base fonctionnelle de la formation des récifs coralliens. Cependant, notre compréhension des fonctions des autres microbes de l'holobionte reste limitée. Ce n'est qu'au cours des dernières décennies que l'écologie des récifs coralliens s'est élargie pour prendre en compte le rôle potentiel d'autres membres microbiens dans la santé, la résilience et l'acclimatation de l'holobionte corallien. Malgré notre bonne compréhension de la dynamique des communautés bactériennes associées aux coraux et de leurs réponses aux changements environnementaux, les interactions moléculaires et métaboliques des bactéries de l'holobionte corallien restent mal comprises, et les données expérimentales étayant les modes de vie mutualistes des bactéries chez les coraux sont largement insuffisantes. Ces interactions seront ciblées dans le projet « Jeune Chercheur » (JCJC) « Comprendre le dialogue moléculaire entre les Endozoicomonas dans l'holobionte cnidaire » (CECIL), financé par l'ANR.

Un postdoctorant motivé en (micro)biologie, doté de compétences informatiques (OMICS) et de laboratoire, soutiendra notre projet CECIL, financé par l'ANR, visant à comprendre les fonctions bactériennes dans la santé des cnidaires et leurs réponses au stress dans le contexte du changement climatique mondial. Le/La post-doctorant(e) réalisera des expériences de manipulation en laboratoire afin de démêler les interactions moléculaires et chimiques entre l'hôte cnidaire, les algues dinoflagellées et les bactéries associées, en se concentrant spécifiquement sur les approches OMICS de pointe (génomique comparative, transcriptomique, métabolomique, protéomique), et fournira un soutien analytique aux projets en cours.

Ce travail s'inscrit dans le cadre du projet ANR « Jeune chercheur – jeune chercheuse » – JCJC) intitulé « Comprendre les interactions moléculaires d'Endozoicomonas dans le holobionte cnidarien (CECIL) », basé à l'UMR 3278 CRIOBE de l'Université de Perpignan Via Domitia, qui se concentre sur l'écologie chimique des interactions microbiennes dans les anémones de mer photosymbiotiques, avec un accent particulier sur les rôles de la bactérie Endozoicomonas.

DOCTEUR pour un CONTRAT POST DOCTORAL (LOI LPR)

Les dossiers composés d'une lettre de motivation, du cv sont à envoyer jusqu'au 26 décembre 2025

• Prise de poste : 01 février 2026
• rémunération brute d'un post-doctorant = 2 380 €

Pour plus d'informations merci de contacter :

• Mme Claudia Pogoreutz – responsable scientifique du projet : claudia.-
• Mr Pierre Sasal – directeur du laboratoire : -

ACTIVITES

Principales responsabilités :

• Développer des expériences fondées sur des hypothèses afin de comprendre les réponses moléculaires des organismes et de reconstituer leurs interactions métaboliques.
• Analyse de données complexes (NGS et autres) dans OMICS (génomique comparative, analyse de l'expression génétique, protéomique, métabolomique).
• Travail en laboratoire (travail axénique, cultures microbiennes, manipulations du microbiome, élevage d'anémones de mer).

Responsabilités ponctuelles :

Traitement d'échantillons pour la biologie moléculaire (métabolomique, protéomique, expression génique)

ENVIRONNEMENT ET CONTEXTE DE TRAVAIL

Les travaux seront réalisés sous la supervision scientifique de Claudia Pogoreutz (CRIOBE - UPVD). L'équipe scientifique sera renforcée par des étudiants et des collaborations internationales.

Le/La postdoctorant(e) disposera d'un poste de travail sur le campus du Moulin à Vent de l'Université de Perpignan Via Domitia.

Pour les travaux microbiens, le/la postdoc utilisera les laboratoires du CRIOBE et de la plateforme BioEnvironnement de l'UPVD. Pour l'acquisition de données OMICS, le/la postdoc travaillera au laboratoire de biologie moléculaire du CRIOBE et en collaboration avec la plateforme de métabolomique

Frais de mission financés sur le projet.

compétences

Maîtrise avérée d'au moins un langage de programmation (par exemple, Python ou R).

Compétences génomique comparative, analyse de l'expression génétique.

Solide expérience dans la génération, le traitement et l'analyse intégrative de données transcriptomiques à haute dimension.

Idéalement, expérience préalable dans l'analyse de données métabolomiques et protéomiques, ou volonté d'acquérir les compétences nécessaires.

Expérience démontrée dans le développement et l'application de pipelines bioinformatiques adaptés.

Solides compétences organisationnelles.

Compétences linguistiques : anglais (obligatoire) et français.