Stagiaire Ingénieur(e) agro/agri génétique et statistiques

Détection de variants monogéniques récessifs influençant les caractères de morphologie chez la vache laitière

Contexte

L'UMR GABI comporte 7 équipes de recherche, une équipe Plateformes et héberge une Unité Mixte Technologique, l'UMT eBIS, qui regroupe des agents INRAE, Idele et Eliance. Les orientations scientifiques de GABI visent à étudier la structure et le fonctionnement des génomes animaux, comprendre le déterminisme de caractères complexes (immunité et santé, qualité des produits, différenciation et croissance, adaptation) et proposer des stratégies de gestion, d'évaluation, d'amélioration et de valorisation des ressources génétiques animales contribuant au développement de systèmes de production innovants, compétitifs et durables. Le stage proposé sera co-encadré par deux ingénieures affiliées à l'équipe « Genetics for Bovine Sustainability (GBoS) » et à l'UMT eBIS

Sujet du stage

Chez les mammifères domestiques, la morphologie constitue un élément clé de la performance, influençant la locomotion, la reproduction et la production.

Chez la vache laitière, une dizaine de caractères relatifs au format de l'animal et à la conformation de sa mamelle, sont systématiquement pris en compte dans les évaluations génomiques nationales. Jusqu'à présent le Ces caractères ont déjà été largement étudiés mais avec des approches considérant un déterminisme génétique additif, et certains variants génétiques à effet fort à l'état homozygote restent encore peu caractérisés.

Identifier de tels variants récessifs à effet majeur représente une étape essentielle pour mieux comprendre la relation entre génotype et phénotype, et affiner la sélection génomique dans les populations laitières.

Objectifs du stage

Dans une étude récente, nous avons développé une approche innovante, la méthode HHED (Homozygous Haplotype Enrichment Depletion analysis), qui repose sur la comparaison entre les nombres observés et attendus d'homozygotes dans des groupes de cas et de témoins génotypés pour les évaluations génomiques, à partir des génotypes de leurs ancêtre. Appliquée à des données d'historiques de vie cette approche a permis de détecter des anomalies génétiques récessives jusque-là passées inaperçues (Besnard et al., Dans le cadre de ce stage nous proposons d'appliquer cette méthode à des groupes d'animaux extrêmes versus dans la moyenne pour des caractères morphologiques.

Le stage s'articulera en trois étapes :

1. Analyse des tendances phénotypiques des caractères de morphologie dans huit races laitières françaises.

2. Cartographie HHED pour identifier des loci récessifs à effet fort à l'état homozygote, potentiellement non détectés par les modèles additifs traditionnels.

3. Etude des effets de ces loci sur 40 caractères mesurés en routine afin de mettre en évidence des effets pléiotropes

Recherche de variants candidats en étudiant les génomes complets des principaux taureaux fondateurs des races étudiées. La détection de ces variants contribuera à une meilleure compréhension des phénotypes extrêmes de morphologie et ouvrira la voie à leur intégration dans les schémas de sélection.

Données et moyens disponibles

L'étudiant·e disposera des ressources suivantes :

• Données de morphologie et de génotypage issues de la base nationale d'évaluation génétique.

• Chaîne d'analyse complète pour la mise en œuvre de l' ap-proche HHED.

• Encadrement par une équipe spécialisée en génétique bovine et en analyse génomique à grande échelle.

Informations complémentaires

Université Paris-Saclay,

INRAE, AgroParisTech, GABI,

78350 Jouy-en-Josas, France

Equipe GBoS

Profil souhaité

• Master 2 ou ingénieur.e agro/agri
• Intérêt pour la génétique et les statistiques
• Bon niveau en anglais (lu)

Durée / Localisation

• 6 mois à partir de-mars 2026
• INRAE, Jouy-en-Josas (78)

Contacts

• Florian Besnard
• Anne Barbat
• Aurélien Capitan
• Stéphanie Minéry