Ingénieur-e en bio-informatique

il y a 4 jours


Strasbourg, Grand Est, France INRAE Occitanie-Toulouse Temps plein

Retour à la liste des résultatsPrésentation INRAEL'Institut français de la vigne et du vin (IFV) est un institut technique qui rassemble 170 collaboratrices et collaborateurs dans les principales régions viticoles françaises. Sa mission est d'apporter par son activité de recherche appliquée des solutions et des références techniques à la filière vitivinicole française.Rejoindre l'IFV, c'est prendre part à la transformation de la filière et aux enjeux du futur, agir activement dans la diffusion des résultats de recherche et d'expérimentation et partager son engagement RSE.A Colmar, l'équipe rassemble des compétences en œnologie, technologies de séquençage à haut débit et dépérissements.Environnement de travail, missions et activitésDans le cadre de ses activités liées au séquençage haut-débit (HTS), l'IFV pôle Alsace au travers du LPA Vitivirobiome, recrute un(e) ingénieur(e) bio-informatique, basé(e) à Colmar dans les locaux de l'INRAE. La personne recrutée aura la responsabilité d'analyser des données de transcriptomiques, amplicon Seq, principalement pour obtenir des informations sur le virome de la vigne. La personne travaillera en étroite interaction avec l'équipe de virologie et de génomique de la vigne de l'IFV/INRAE.MissionsMaintenance et évolution d'un pipeline Nextflow existant pour l'assemblage de génomes viraux à partir de données RNA-seqDéveloppement d'analyses en R et Python (traitement, statistiques, visualisation, rapports).Conception, développement/versioning, documentation et maintenance de pipelines bio-informatiques dans un environnement LinuxLancement et supervision des analyses sur cluster de calcul sous SLURMMise en place et application d'un plan de gestion de donnéesValidation de la qualité des données et de l'intégrité des fichiers, traçabilité et sauvegarde des fichiers, au travers de la création de bases de donnéesFormations et compétences recherchéesMaster/Ingénieur (Bac+5)Bac +5 (ou expérience équivalente) en bio-informatiqueExpérience sur des traitements de données de séquençage haut-débit. Une expérience en assemblage de génome viraux est un atout. Expérience préalable à naviguer sur les bases de données publiques majeurs SRA, ENA souhaitéeExpérience avec des systèmes de workflows reproductibles (Nextflow, Snakemake ou équivalent).Aisance pour travailler sur cluster de calcul Linux (scripting Bash, Slurm, gestions des jobs et ressources, logs, …) avec une expérience sur l'utilisation de conteneurs (Singularity/Apptainer, Docker).Expérience en bonnes pratiques de développement informatique (Git, versioning)Maitrise d'au moins un langage de programmation de haut niveau Python ou R (Python est un plus).Connaissances de base de l'anglais scientifique pour une recherche bibliographique et documentation officielle efficienteVotre qualité de vie à INRAERestauration collective.Tickets restaurant et avantages CEModalités pour postulerJ'envoie mon CV et ma lettre de motivationLes personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l'obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l'exercice de leurs fonctions, qu'elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu'elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : sitefonction



  • Strasbourg, Grand Est, France TechnoRH Temps plein

    Le Groupe INOSTRALE, acteur majeur de la santé et du bien-être en France (Les Trois Chênes, Color et soin, Eric Favre...), recherche pour sa filiale bio en plein développement (marques telles que Dermaclay, Beliflor...), un(e) Commercial(e).Vous avez une bonne connaissance et/ou une forte sensibilité aux produits bio, sains et naturels ?Vous souhaitez...


  • Strasbourg, Grand Est, France MCA Temps plein

    MCA est un Groupe de Conseil en Ingénierie et Hautes Technologies qui compte 1450 collaborateurs en France et à l'International.Fort de nos 30 ans d'expérience, nous accompagnons nos clients dans la réalisation de leurs projets.Nous rejoindre, c'est intégrer une entreprise dynamique qui a à cœur d'accompagner ses collaborateurs.Vous bénéficiez d'un...

  • Assistant comptable H/F

    il y a 6 jours


    Strasbourg, Grand Est, France Bio67 - Bio Sphère Temps plein

    Assistant(e) comptable H/FBIO 67 – OUILAB est un laboratoire de biologie médicale multi-sites composé à ce jour de plus de 40 laboratoires implantés dans le Bas-Rhin. Nous nous sommes développés au fil des ans de par la volonté des biologistes de mettre en commun tous les moyens possibles pour offrir à nos patients la meilleure qualité de service...


  • Strasbourg, Grand Est, France Kénora Temps plein

    Nous sommes Kénora : un éditeur de logiciels qui permet de prendre en charge efficacement les différentes facettes de la santé au travail et de la prévention des risques. Depuis sa création en 2010, notre société est devenue leader dans son domaine.Fort de son succès, notre société est dynamique, innovante et en pleine expansion et rechercheun(e)...


  • Strasbourg, Grand Est, France Euro Information Developpements EID Temps plein

    Qui sommes nousEuro-Information, filiale technologique de Crédit Mutuel Alliance Fédérale, conçoit, réalise, maintient et exploite un système d'information commun utilisé par le Groupe.Les activités de développement et de production informatique au niveau national et international sont assurées par environ 4000 salariés répartis sur plusieurs...

  • Ingénieur d'Affaires

    il y a 2 jours


    Strasbourg, Grand Est, France agap2 Temps plein

    Agap2est un acteur majeur du conseil en ingénierie et en informatique, fort de plus de5 000 collaborateursrépartis dans toute l'Europe. Nous accompagnons nos clients – grands groupes, PME ou start-ups – dans la réalisation de leurs projets industriels et technologiques, aussi bien dans le secteur public que privé.Nos domaines d'intervention couvrent...


  • Strasbourg, Grand Est, France Free-Work Temps plein

    Nous recrutons pour notre client, acteur majeur du secteurpharmaceutique / biotechnologie, unConsultant Validationafin de renforcer ses équipes dans le cadre d'un projet stratégique.Vos missions :Qualifier les équipements et valider les procédés/produits en respectant les règles qualité (BPF) et les objectifs projet (Qualité, délais,...


  • Strasbourg, Grand Est, France Quest for change Temps plein

    Lien pour une candidature en ligne : À PROPOS DE FUTURAILFuturail est une startup deeptech qui développe les briques technologiques d'autonomie pour les trains autonomes. Notre mission est de faire du rail le mode de transport le plus attractif, en permettant des services fréquents, fiables et bas-carbone grâce à la technologie de conduite autonome.Avec...

  • ingenieur sre

    il y a 2 jours


    Strasbourg, Grand Est, France Tekteo Temps plein

    Ingénieur SRE (Site Reliability Engineer) ? H/FDans le cadre du renforcement de notre équipe Infrastructure, nous recherchons un Ingénieur SRE pour assurer la fiabilité, la performance et la disponibilité de nos systèmes.Vos missions/En tant qu?Ingénieur SRE, vous interviendrez sur l?ensemble du cycle de vie des infrastructures et aurez notamment pour...


  • Strasbourg, Grand Est, France Choisir le Service Public Temps plein

    Informations générales Organisme de rattachement CNRS   Référence UAR2042-MOBINT-P52036   Date de début de diffusion /11/2025 Date de parution /01/2026 Date de fin de diffusion /01/2026 VersantFonction Publique de l'Etat CatégorieCatégorie A (cadre) Nature de l'emploiEmploi ouvert aux titulaires et aux contractuels Domaine /...