Ingénieur-e en bio-informatique

il y a 8 heures

Colmar, Grand Est, France INRAE Temps plein

68000 ColmarRETOUR À LA LISTE DES RÉSULTATSPrésentation INRAEL'Institut français de la vigne et du vin (IFV) est un institut technique qui rassemble 170 collaboratrices et collaborateurs dans les principales régions viticoles françaises. Sa mission est d'apporter par son activité de recherche appliquée des solutions et des références techniques à la filière vitivinicole française.Rejoindre l'IFV, c'est prendre part à la transformation de la filière et aux enjeux du futur, agir activement dans la diffusion des résultats de recherche et d'expérimentation et partager son engagement RSE.A Colmar, l'équipe rassemble des compétences en œnologie, technologies de séquençage à haut débit et dépérissements.Environnement de travail, missions et activitésDans le cadre de ses activités liées au séquençage haut-débit (HTS), l'IFV pôle Alsace au travers du LPA Vitivirobiome, recrute un(e) ingénieur(e) bio-informatique, basé(e) à Colmar dans les locaux de l'INRAE. La personne recrutée aura la responsabilité d'analyser des données de transcriptomiques, amplicon Seq, principalement pour obtenir des informations sur le virome de la vigne. La personne travaillera en étroite interaction avec l'équipe de virologie et de génomique de la vigne de l'IFV/INRAE.Missions Maintenance et évolution d'un pipeline Nextflow existant pour l'assemblage de génomes viraux à partir de données RNA-seqDéveloppement d'analyses en R et Python (traitement, statistiques, visualisation, rapports).Conception, développement/versioning, documentation et maintenance de pipelines bio-informatiques dans un environnement LinuxLancement et supervision des analyses sur cluster de calcul sous SLURMMise en place et application d'un plan de gestion de donnéesValidation de la qualité des données et de l'intégrité des fichiers, traçabilité et sauvegarde des fichiers, au travers de la création de bases de donnéesFormations et compétences recherchéesMaster/Ingénieur (Bac+5)Bac +5 (ou expérience équivalente) en bio-informatiqueExpérience sur des traitements de données de séquençage haut-débit. Une expérience en assemblage de génome viraux est un atout. Expérience préalable à naviguer sur les bases de données publiques majeurs SRA, ENA souhaitéeExpérience avec des systèmes de workflows reproductibles (Nextflow, Snakemake ou équivalent).Aisance pour travailler sur cluster de calcul Linux (scripting Bash, Slurm, gestions des jobs et ressources, logs, …) avec une expérience sur l'utilisation de conteneurs (Singularity/Apptainer, Docker).Expérience en bonnes pratiques de développement informatique (Git, versioning)Maitrise d'au moins un langage de programmation de haut niveau Python ou R (Python est un plus).Connaissances de base de l'anglais scientifique pour une recherche bibliographique et documentation officielle efficienteVotre qualité de vie à INRAERestauration collective.Tickets restaurant et avantages CEModalités pour postulerJ'ENVOIE MON CV ET MA LETTRE DE MOTIVATIONLes personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l'obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l'exercice de leurs fonctions, qu'elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu'elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. >

  • Ingénieur-e en bio-informatique

    il y a 2 semaines

    Colmar, Grand Est, France Choisir le Service Public Temps plein

    Informations générales Organisme de rattachement Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE)   Référence INRAE-OT Date de début de diffusion /11/2025 Date de parution /12/2025 Date de fin de diffusion /01/2026 VersantFonction Publique de l'Etat CatégorieCatégorie A (cadre) Nature de...

  • Ingénieur-e en bio-informatique

    il y a 6 jours

    Colmar, Grand Est, France Choisir le Service Public Temps plein

    Informations générales Organisme de rattachement Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE)   Référence INRAE-OT Date de début de diffusion /11/2025 Date de parution /01/2026 Date de fin de diffusion /01/2026 VersantFonction Publique de l'Etat CatégorieCatégorie A (cadre) Nature de...

  • Ingénieur Bio-informatique

    il y a 4 jours

    Colmar, Grand Est, France IFVV Temps plein

    CDD 12 moisColmar (68)Publiée le 24/11/2025Description du posteViticultureRecherche / R & DIT / Web / DataDans le cadre de ses activités liées au séquençage haut-débit (HTS), l'IFV pôle Alsace au travers du LPA Vitivirobiome, recrute un(e) ingénieur(e) bio-informatique, basé(e) à Colmar dans les locaux de l'INRAE. La personne recrutée aura la...

  • Ingénieur Automatisme ou Informatique Industrielle

    il y a 7 jours

    Colmar, Grand Est, France Lonza Temps plein

    Lonza est un des partenaires mondiaux privilégiés des marchés pharmaceutiques, de la biotechnologie et de la nutrition. Nous œuvrons pour un monde plus sain en permettant à nos clients de développer des médicaments contribuant au traitement d'un large éventail de maladies. Nous combinons des avancées technologiques, des processus de fabrication de...

  • Ingénieur(e) contrôle-commande et robotique

    il y a 4 jours

    Colmar, Grand Est, France Liebherr Mining Temps plein

    Le groupe « Contrôle Systèmes Pelle » du Bureau d'études recherche un ingénieur pour développer et maintenir les lois de contrôle des pelles minières hydrauliques et concevoir les solutions d'automatisation de demain.*Les missions*sont les suivantes :Comprendre et synthétiser les besoins et contraintes exprimés par les Product Managers et les...

  • Responsable Systèmes et Réseaux

    il y a 12 heures

    Colmar, Grand Est, France E. LECLERC Temps plein

    Mieux nous connaîtreLa centrale d'achats SCAPALSACE, située à Colmar approvisionne plus d'une centaine de points de vente (hypermarchés, drives, etc.) de l'enseigne E.LECLERC répartis sur le grand est de la France et emploie 580 salariés.Nous avons actuellement 5 plateformes logistiques en activité, basées à Colmar etNiederhergheim (à 15km de...

  • Ingénieur d'Études et Développement .Net

    il y a 4 jours

    Colmar, Grand Est, France ENCHANTE Recrutement Temps plein

    Nous recherchons un Ingénieur d'étude et développement .NET (H/F) qui aime travailler avec soin, tout en gardant le goût du défi technique.Nous vous proposons de contribuer à des projets stratégiques pour un client final de renommée mondiale, reconnu pour la précision et la qualité de ses solutions. Vous évoluerez dans un environnement technique...

  • Ingénieur(e) CSV

    il y a 2 semaines

    Colmar, Grand Est, France B-Hive Engineering Temps plein

    B-HIVE est une entreprise spécialisée dans le domaine de l'ingénierie. Nous sommes une équipe passionnée et dynamique qui travaille ensemble pour offrir des solutions innovantes et efficaces à nos clients.Notre entreprise est fondée sur des valeurs telles que l'entraide, l'esprit d'équipe et la bienveillance. Nous croyons que ces valeurs sont...

  • Technicien support informatique H/F

    il y a 2 jours

    Colmar, Grand Est, France PROMETHEE-RH Temps plein

    Notre client, un acteur incontournable du monde agricole alsacien, recherche un :Technicien Support Informatique H/FChargé de veiller au bon fonctionnement de l'infrastructure informatique et à son développement, vous rejoindrez le service Informatique du Groupe. C'est un poste qui, en fonction du profil, est susceptible d'évoluer vers la fonction...

  • Ingenieur Electrique – Electronique De Puissance

    il y a 13 heures

    Colmar, Grand Est, France KHEA CONCEPT Temps plein

    Vue d'ensembleÀ propos de nousKHEA Concept est un cabinet d'ingénierie-conseil qui intervient en assistance technique auprès de ses clients. Cette activité BtoB repose sur la prise en charge, pour le compte de nos clients, de développement R&D de produits et/ou process.Nous pouvons intervenir en prenant en charge des workpackages ou en mettant à...