ingénieur-e en bioinformatique et immuno-oncologie

Mission principale:

Dans le cadre des activités de recherche de l'équipe « Inflammation, Complément et Cancer » (INSERM UMRS1138, Centre de Recherche des Cordeliers), le/la bioinformaticien(ne) participera à un projet visant à analyser et intégrer des données biologiques à haut débit (cytométrie en flux multiparamétrique, protéomique sérique ou tissulaire) avec des données cliniques issues de cohortes de patients. L'objectif est d'identifier de nouveaux biomarqueurs associés à des phénotypes cliniques (réponse thérapeutique, toxicité, progression) et de mieux comprendre les mécanismes biologiques sous-jacents.

Activités principales:

· Analyse de données biologiques : traitement, nettoyage et normalisation de données issues de cytométrie en flux et de plateformes protéomiques

· Intégration multi-omique : mise en œuvre d'approches d'intégration de données hétérogènes (biologiques et cliniques).

· Analyse statistique et modélisation : analyses exploratoires, analyses multivariées, clustering, réduction de dimension, identification de signatures biologiques et découverte de biomarqueurs.

· Développement de pipelines reproductibles : création et maintenance de workflows d'analyse sous R/Python

· Interaction avec l'équipe : échanges réguliers avec biologistes, cliniciens et biostatisticiens ; participation aux réunions de projet.

· Rédaction et communication scientifique : préparation de figures, rapports, documentation, contributions aux publications.

· Gestion des données : organisation, documentation et archivage des données selon les bonnes pratiques (FAIR, traçabilité).

Autres informations:

Le poste s'inscrit dans un environnement hautement pluridisciplinaire, à l'interface entre bioinformatique, immunologie, oncologie et recherche clinique.

Le/la bioinformaticien(ne) travaillera en étroite collaboration avec des équipes produisant des données expérimentales complexes et des cliniciens impliqués dans des cohortes de patients.

Le travail requiert une forte autonomie, un sens aigu de la rigueur scientifique et une capacité à interagir avec des interlocuteurs de profils variés.

Durée : CDD 12 mois

Temps de travail:

• Temps plein

• 38h30 hebdomadaires

• 32 jours Congés Annuels + 12 jours RTT : 44 jours sur 12 mois

• Pas de télétravail

Connaissances:

· Bioinformatique, biostatistiques, analyse de données omiques.

· Connaissances solides en R et/ou Python (ou autre langage de programmation)

· Notions avancées en cytométrie en flux ou en protéomique (au moins l'un des deux ; idéalement les deux).

· Connaissances en méthodes d'intégration de données multi-omics.

· Compréhension générale de la biologie des systèmes, immunologie ou cancérologie (apprécié).

· Connaissance des principes FAIR et des bonnes pratiques de gestion des données.

Savoir-faire:

· Traiter et analyser des données multiparamétriques volumineuses

· Construire et documenter des pipelines d'analyse reproductibles

· Mettre en œuvre des analyses statistiques avancées

· Visualiser et présenter clairement des résultats complexes

· Rédiger des méthodologies, des rapports et des documents techniques

· Travailler en équipe

Aptitudes:

· Rigueur scientifique

· Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire

· Autonomie dans la gestion des projets d'analyse

· Esprit analytique, capacités de synthèse

· Qualités relationnelles

· Organisation et gestion de projets

· Capacité d'adaptation

· Capacité à anticiper et résoudre les problèmes

· Bonnes compétences de communication orale et écrite

Expérience(s) souhaité(s):

· Expérience préalable en analyse de données omiques (cytométrie, protéomique, transcriptomique, etc.).

· Expérience en intégration multi-omique ou data science appliquée au biomédical.

· Pratique du travail en environnement de recherche ou en collaboration avec des équipes biologiques/cliniciennes.

Idéalement : expérience en immunologie, cancérologie ou recherche translationnelle.

Niveau de diplôme:

· Niveau Bac+5 minimum

· Formation solide en bioinformatique, biostatistiques, data science, ou équivalent

Pour valider votre candidature, nous vous demandons de fournir les éléments suivants, vous devrez télécharger les pièces demandées directement lors de votre inscription.

Toute candidature incomplète ne sera pas traitée par nos services.

Document(s) :

• Curriculum Vitæ