assistant-e ingénieur-e en séquençage ngs

Le poste L'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL UMR5242, ) a développé depuis 2012 une plateforme de séquençage d'ADN haut-débit nommée PSI (pour plateforme de séquençage NGS de l'IGFL, ). Aujourd'hui, celle-ci est en plein essor : active dans le développement technologique, maîtrisant de nombreuses applications de séquenage (DNAseq, RNAseq, miRNAseq, DualRNAseq, ChIPseq, Bisulfite-seq, séquençage grands fragments, ….), la plateforme possède un parc machine présentant les technologies clés du marché (Illumina et Oxford Nanopore Technologies). Pour poursuivre son développement et répondre aux besoins croissants de séquençage des utilisateurs académiques et privés, et conduire les projets de collaboration de recherche dans lesquels elle est impliquée, la plateforme recherche un-e Assistant-e ingénieur-e (AI), expert-e du domaine de séquençage NGS.Relation hiérarchiqueCette personne sera placée sous la responsabilité directe des responsables scientifiques et techniques de la plateforme NGS, Sandrine Hughes et Benjamin Gillet, et dépendra administrativement de la direction de l'IGFL.Relations fonctionnellesLa personne recrutée devra interagir avec les membres de la plateforme et les différents utilisateurs, qu'ils soient membres de l'IGFL ou extérieurs (large panel d'interlocuteurs : chercheurs statutaires, post-doctorants, étudiants, personnels techniques).MissionBiologiste moléculaire, l'Assistant-e Ingénieur-e (AI) devra adapter et mettre en œuvre les techniques spécifiques de séquençage NGS, et en particulier sur plateforme Illumina (NextSeq500, MiSeq) et Oxford Nanopore Technologies (PromethION P2) pour réaliser des projets de la plateforme. L'AI réalisera les différentes étapes de projets de séquençage dans le cadre de collaborations de recherche et prestations : de la préparation des échantillons (extraction, purification et qualification des acides nucléiques, PCR, qPCR), à la construction des banques et jusqu'à l'acquisition des données de séquençage à haut débit. En particulier, il/elle devra maîtriser le bon fonctionnement des différents équipements spécifiques au séquençage NGS (des outils de quantification et qualification des acides nucléiques aux séquenceurs). La personne recrutée sera impliquée dans le bon fonctionnement général de la plateforme en étant impliquée dans des actions d'intérêt collectif (gestion des stocks et des équipements, relation avec le magasin central et les fournisseurs). Elle aura des interactions avec les autres membres de l'équipe, les services communs et des interlocuteurs extérieurs, en particulier les collaborateurs des projets dans lesquels la plateforme est impliquée. Elle aura un rôle important pour l'organisation de l'équipe, en tant que soutien technique. L'AI pourra également travailler en milieu confiné dans les salles « propres » de la plateforme PSI dans le cadre de projets spécifiques ou être amené-e à réaliser des expérimentations ponctuelles dans un laboratoire partenaire situé sur le campus universitaire de la DOUA (Villeurbanne).Activités- Participer à la réalisation des projets scientifiques (collaborations de recherche, contrats industriel, ANR, prestation de service, …) et aux développements technologiques de la plateforme;- Gérer et conduire des projets de séquençage de routine;- Rédiger les comptes rendus des expérimentations réalisées et les fichiers de synthèse des résultats obtenus;- Présenter ses résultats expérimentaux ;- Synthétiser les procédures techniques et les protocoles appliqués ;- Participer à la gestion et l'organisation générale de la plateforme (gestion des stocks, suivi du matériel, maintenance des équipements, gestion des échantillons) ;- Assister les utilisateurs dans l'utilisation des équipements spécifiques de la plateforme ;- Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des techniques NGS les utilisateurs (personnel IGFL et extérieurs, chercheurs, Post-doc, ITA, stagiaires, académiques et privés) accueillis au sein de la plateforme ;- Réaliser une veille technologique dans le domaine du séquençage haut-débit. Profil recherché Compétences- Expérience professionnelle et connaissances solides en NGS (expérience > à 3 ans) ;- Maîtriser les techniques de base et spécialisées de biologie moléculaire : préparation et contrôle qualité des acides nucléiques (extraction, quantification et qualification), PCR, RT-PCR, qPCR, construction et qualification des banques NGS, séquençage NGS ;- Maîtriser les bases théoriques et pratiques du séquençage sur plateformes Illumina (MiSeq, NextSeq500) et Oxford Nanopore Technologies (PromethION P2 solo) ;- Maîtriser l'utilisation des séquenceurs et les équipements périphériques ;- Connaissance des règlementations du domaine en hygiène et sécurité et BPL ;- Bonne connaissance des outils bureautiques et informatiques pour l'enregistrement des données, le pilotage d'appareils et pour la gestion des données acquises ;- Savoir-faire pour communiquer les résultats sous forme de rapports et/ou de restitution orale ;- Très bonne aptitude relationnelle permettant de travailler avec un large panel d'interlocuteurs ;- Anglais scientifique niveau B1 (cadre européen commun de référence pour les langues) ;- Autonomie dans les projets de routine. Éléments nécessaires pour postulerPour valider votre candidature, nous vous demandons de fournir les éléments suivants, vous devrez télécharger les pièces demandées directement lors de votre inscription.Toute candidature incomplète ne sera pas traitée par nos services. Document(s) : Curriculum Vitæ Lettre de motivation 69007 Lyon 7e, Métropole de Lyon, Auvergne-Rhône-Alpes