Ingénieur de recherche en biologie computationnelle

Une université d'excellence

Université de recherche intensive, leader mondial en écologie, l'Université de Montpellier est un établissement public expérimental qui figure dans le top 200 du classement de Shanghai. Elle couvre plusieurs champs disciplinaires sciences et techniques, droit, économie, environnement, administration, gestion, médecine, pharmacie, activités physiques et sportives, biologie, informatique, sciences de l'éducation, science politique. Elle a obtenu en 2022 la labellisation I-SITE (Initiative Science Innovation Territoires Economie) qui associe 15 partenaires de recherche et d'innovation du territoire. Ce Programme d'Excellence (PEI) porté par l'Université de Montpellier s'articule autour des enjeux "Nourrir, Soigner, Protéger" et s'appuie sur tous les domaines scientifiques de l'Université et de ses partenaires. Elle coordonne le Pôle Universitaire d'Innovation (PUI).

Une université engagée

Vigilante envers toutes formes de discriminations, l'Université de Montpellier est engagée pour la promotion de la diversité, l'égalité entre femmes et hommes et pour l'inclusion des personnes en situation de handicap. Elle est attachée aux fondements du service public, à la laïcité, à l'égalité des chances et à l'accès de tous aux savoirs. Elle promeut les valeurs académiques telles que l'éthique, l'intégrité scientifique et la liberté universitaire. L'UM place enfin le développement durable au cœur de sa politique et de son savoir-vivre. Une démarche saluée par le palmarès du Times Higher Education qui la place en tête des universités françaises les plus performantes en terme de développement durable.

Dans le cadre de ses engagements, l'université promeut le CV sans photographie.

Structure de rattachement : Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM)

Intitulé du projet : Modélisation spatiale et temporelle du microenvironnement par des approches d'apprentissage profond

Acronyme du projet : IHU-WP01

Durée globale du projet : 1 an

Description sommaire du projet : Modélisation de réseaux d'interaction moléculaires et cellulaires caractéristique de l'inflammation chronique dans les maladies auto-immunes. Des données de transcriptomique spatiale serviront de base à la construction de modèles impliquant les populations cellulaires présentes, leur interaction et les réseaux de régulation moléculaires spécifiques qui les caractérisent.

Mission principale : Modélisation de réseaux d'interaction moléculaires et cellulaires sur la base de données de transcriptomique notamment spatiales, apprentissage profond géométrique.

Définition des tâches à accomplir : Développement et implémentation de modèles, programmation, interaction avec des biologistes, communication et écriture de manuscrits.

Description précise de l'évènement ou du résultat objectif déterminant la fin de la relation contractuelle ainsi que les modalités d'évaluation et de contrôle de ce résultat : Obtention d'un modèle de type GCN ou GNN permettant de représenter les données avec la puissance expressive nécessaire pour en extraire des sous-réseaux associés significativement à un phénotype d'intérêt.

La fin de la relation contractuelle correspond au terme du projet « IHU-WP01 » d'une durée d'un an.

Qualifications / Domaine de formation demandé :

Formation de base en bioinformatique, mathématique ou informatique, niveau thèse ou école d'ingénieur. Programmation en Python, machine learning, apprentissage profond, connaissance de la biologie moléculaire.

Rejoindre l'université de Montpellier, c'est bénéficier de nombreux avantages dans une région qui offre un cadre de vie qualitatif.

Nos avantages :

Dispositifs de développement des compétences : accès à une grande offre de formation, préparation aux concours internes

Jusqu'à 46 jours de congés / an (pour un temps plein à 38h30)

Temps de travail aménageable

Jusqu'à 2 jours de télétravail / semaine (selon les modalités de la charte de TT applicable à l'UM)

Restauration collective

Aide et prestations sociales

Prise en charge partielle des abonnements au transport de la ville

Accès aux activités sportives, culturelles et de loisirs de l'université

Soutien à la parentalité : club de loisirs pour enfant, partenariat de crèches, jours enfant-malade

Avantages dépendant de la nature et la durée du contrat, des nécessités de services et des conditions d'éligibilité

Informations complémentaires :

Rémunération : de 2405€ à 2925€ bruts mensuels, dont 220€ d'indemnité mensuelle des agents contractuels (prime)

Prise de poste : Mars

Type de contrat : CDD de catégorie A

Durée du contrat : 12 mois

Clôture des candidatures : 12/02/2026