ingénieur d'études en bioinformatique

CDD de 24 mois renouvelable - Temps plein

Centre de Nantes accessible en transports en commun

Niveau Ingénieur d'études, catégorie A

Télétravail 2 jours par semaine

Congés/RTT : 45 jours par an

Structure d'accueil

L'unité U1235-TENS (The Enteric Nervous System in gut and brain disorders) a été fondée en 2008 par le Dr Michel Neunlist. Son objectif est d'étudier le rôle du système nerveux entérique dans les troubles intestinaux et cérébraux, du niveau moléculaire au niveau cellulaire jusqu'au niveau du patient. TENS fait partie de la Faculté de médecine de l'Université de Nantes et est physiquement situé sur le campus principal de l'université. A cet endroit, il est aussi physiquement proche de l'hôpital, qui abrite plusieurs services cliniques avec lesquels il collabore (Maladies digestives, Neurologie, Biochimie, Réadaptation Physique et Médicale)

Adresse : Faculté de Médecine - 1 rue Gaston Veil 44000 Nantes

Description du poste

Mission principale

La personne recrutée aura pour mission d'analyser les données multi-omiques issues des projets du laboratoire visant à mieux appréhender le rôle des interactions entre le microbiote intestinal et le tube digestif dans le cadre de l'étude de pathologies inflammatoires de l'axe intestin cerveau et dans l'étude de la réponse du tube digestif à des approches thérapeutiques innovantes. L'objectif sera d'analyser à la fois des données de métagénomique et aussi de métranscriptomiques en utilisant et adaptant des programmes d'analyse d'ores et déjà développés au sein de TENS ou en collaboration avec des partenaires académiques.

Activités principales

· Analyse de données omiques (analyses multi-variées, analyses différentielles, intégration de données multi-omiques)

· Analyse de données omiques (analyses multi-variées, analyses différentielles, intégration de données multi-omiques)

· Assurer la gestion des données (sauvegardes, stockage)

· Assurer la gestion de code (Gitlab)

· Veille scientifique

· Participation à la rédaction des articles scientifiques

· Participation aux activités du Hub de Bioinformatique de la plateforme BiRD

Spécificités du poste

· Participation aux différents programmes de recherches portés par l'Unité

· Participation à hauteur de 0.2 ETP aux activités du Hub De Bioinformatique porté par la plateforme BiRD

Connaissances

· Bonne connaissance des approches de bioinformatique et biostatistique pour l'analyse de données omiques à grande échelle

· Maîtrise des environnements Linux

· Connaissance de différents langages de programmation : R et Python

· Maîtrise des outils de gestion de versions des codes source (git, GitLab)

· Expérience avec un système de gestion de workflows (Snakemake en priorité)

· Expérience avec Slurm dans l'utilisation d'un cluster de calcul haute performance (HPC) serait un plus.

· Biologie (connaissances générales)

· Anglais scientifique

Savoir-faire

· Traitement et gestion des données

· Interagir avec les biologistes de l'équipe et être en capacité de comprendre leurs attentes

· Transmettre ses connaissances

Aptitudes

· Organisation, rigueur scientifique

· Communication, bon relationnel

· Curiosité scientifique

Expérience souhaitée : 2 ans

Niveau de diplôme et formation : Master 2 en Bioinformatique ou équivalent

Pour valider votre candidature, nous vous demandons de fournir les éléments suivants, vous devrez télécharger les pièces demandées directement lors de votre inscription.

Toute candidature incomplète ne sera pas traitée par nos services.

Document(s) :

• Curriculum Vitæ
• Lettre de motivation