Ingénieur·e d'Étude en Bio-Informatique

MétierIngénieur - Etudes - Données en recherche cliniqueType de contratCDD uniquementService d'affectationService de Médecine Intensive-RéanimationPrésentation du service Vous rejoindrez l'unité IAME - Infection, Antimicrobials, Modelling, Evolution, un environnement unique combinant bioinformatique, microbiologie, clinique et modélisation, en lien étroit avec l'Institut Pasteur et plusieurs hôpitaux AP-HP. Ce poste s'inscrit dans un projet de recherche visant à quantifier les déterminants moléculaires qui régissent les interactions phage-bactérie dans un contexte infectieux. Le projet explorera notamment : - les récepteurs bactériens aux bactériophages, - les protéines phagiques de liaison aux récepteurs (RBP), - les systèmes de défense bactériens, - les systèmes d'anti-défense phagiques, - l'influence de la régulation de l'expression génique sur les dynamiques d'interaction. L'objectif final est de développer des modèles prédictifs permettant d'estimer l'efficacité d'un phage lytique donné contre une souche bactérienne, à partir des seules données génomiques. Ce travail contribue directement au développement d'une approche de phagothérapie personnalisée. Vos missions Missions principales 1. Développement de pipelines bio-informatiques - Développer, optimiser et maintenir des workflows analytiques pour l'étude génomique de phages et de bactéries. - Annotation, identification des récepteurs et des systèmes de défense, typage et analyse comparative. 2. Analyse de données et modélisation - Réaliser des analyses statistiques inférentielles sur des jeux de données complexes. - Développer des modèles d'apprentissage automatique (random forest, régression, XGBoost). - Assurer la reproductibilité, la documentation et la traçabilité des analyses. 3. Intégration et gestion des données - Structurer, documenter et contrôler la qualité des jeux de données. - Participer aux rapports scientifiques et à la valorisation des résultats. 4. Interaction avec l'équipe expérimentale - Intégration des données issues de plaques assays et courbes de croissance. - Participation à la conception des méthodes expérimentales. Profil recherché Formation - Master 2 ou diplôme d'ingénieur en bioinformatique, génomique, biostatistiques, microbiologie computationnelle ou domaine associé. Compétences techniques - Excellente maîtrise de Python et/ou R. - Bonne connaissance de Bash / Linux. - Maîtrise des outils bioinformatiques courants (assemblage, annotation, analyse comparative). - Bases solides en statistiques. - Connaissances en machine learning appréciées. Qualités personnelles - Rigueur, autonomie, organisation. - Curiosité scientifique et esprit critique. - Capacité à travailler en équipe dans un environnement pluridisciplinaire. Schéma horaireJourTemps de travailAdministratif - ForfaitTélétravailOui Description de l'hôpitalL'Assistance publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP) est un centre hospitalier universitaire à dimension européenne mondialement reconnu. Ses 38 hôpitaux accueillent chaque année 10 millions de personnes malades : en consultation, en urgence, lors d'hospitalisations programmées ou en hospitalisation à domicile. Elle assure un service public de santé pour tous, 24h/24, et c'est pour elle à la fois un devoir et une fierté. L'AP-HP est le premier employeur d'Ile-de-France : 100 000 personnes - médecins, chercheurs, paramédicaux, personnels administratifs et ouvriers - y travaillent. Au coeur de l'Institution, le Siège de l'AP-HP rassemble sous un même périmètre les directions fonctionnelles et les établissements qui lui sont rattachés : CFDC (Centres de Formation et de Développement des Compétences), ACHAT (Achat Centraux Hôteliers Alimentaires et Techniques), DRCI (Département de la Recherche Clinique et de l'Innovation) et DSN (Direction des Services numériques). Avec ses 4000 collaborateurs, le Siège assure un rôle d'expert, de pilote et de coordinateur pour l'ensemble des hôpitaux. Engagée dans des projets novateurs et stratégiques au service des patients, l'AP-HP recherche aujourd'hui de nouveaux talents pour mener à bien sa mission. Vous êtes l'un d'eux ? Venez nous rejoindre Référence de l'offre2