Emplois actuels liés à Ingénieur•e en bioinformatique pour le développement de bases de données et méthodes pangénomiques pour l'étude de l'antibiorésistance - Évry - CNRS

  • Administrateur Progiciels Et Bases de Données

    il y a 5 jours

    Évry (91), France Service départemental d’incendie et de secours de l’Essonne Temps plein

    Référence- SEC-GSIC-040- Famille métiers- Informatique et transmissions- Filières- Technique - Cadre d'emplois / Grade- Ingénieur - MissionsAdministration et exploitation du parc Applicatif: - Contribution à l’élaboration du cahier des charges pour les nouvelles acquisitions de progiciels, - Réalisation des installations des solutions...

  • Ingénieur d'exploitation

    il y a 3 semaines

    Évry, Île-de-France Département de l'Essonne Temps plein

    Vous rejoignez le Département de l'Essonne en tant qu'Ingénieur d'exploitation, rattaché au Service Production et Infrastructure (SPI).Vos missions :Déployer les applications et les montées de version sur les infrastructures centrales.Administer les bases de données niveau 2.Administer l'orchestrateur VTOM.Mettre en œuvre les...

  • Ingénieur de maintenance système

    il y a 3 semaines

    Évry, Île-de-France Département de l'Essonne Temps plein

    Vos missions : L'objectif principal de l'ingénieur d'exploitation est de veiller à l'optimisation de l'utilisation des systèmes et technologies au sein du département. Ses missions incluent l'innovation, la performance des systèmes, la qualité des méthodes projets, de maintenance ou la qualité des solutions déployées. Au...

  • Spécialiste en Analyse de Données

    il y a 3 semaines

    Évry, Île-de-France CPAM DE L'ESSONNE Temps plein

    Poste d'Analyste de DonnéesLe service Contrôle de Gestion et Budget de la CPAM de l'Essonne recherche un analyste de données pour renforcer son équipe. Vous serez chargé de la gestion centralisée des budgets de fonctionnement de l'organisme, de la mesure de l'efficience par processus et du suivi de la performance à travers les...

  • Ingénieur Chercheur bioanalyste H/F

    il y a 4 semaines

    Évry, Île-de-France CEA Temps plein

    Description du poste Nous recherchons un spécialiste en biologie et bioinformatique pour rejoindre notre équipe de recherche à l'Institut de biologie François Jacob. Compétences requises Pour ce poste, nous recherchons un candidat ayant une formation en génétique/génomique humaine complétée par une formation en informatique ou bioinformatique....

  • Spécialiste en Analyse de Données Statistiques

    il y a 2 semaines

    Évry, Île-de-France CPAM DE L'ESSONNE Temps plein

    FonctionL'analyste de données statistiques de CPAM DE L'ESSONNE est chargé de prendre en charge la gestion centralisée des budgets de fonctionnement de l'organisme, notamment le suivi de la masse salariale et des effectifs, ainsi que la mesure de l'efficience par processus en s'appuyant sur la comptabilité analytique.Compétences...

  • Administrateur Bases de Données Oracle F-H

    il y a 4 semaines

    Évry, Île-de-France Safran Aircraft Engines Temps plein

    Présentation du posteVous rejoignez l'équipe de Safran Aircraft Engines en tant qu'administrateur de bases de données Oracle. Vous serez en charge de la gestion et de l'exploitation des bases de données Oracle, ainsi que de l'accompagnement technique à l'intégration des projets.Compétences requisesVous devez avoir une expérience...

  • Chargé(e) d'études RH

    il y a 3 semaines

    Évry, Île-de-France CPAM DE L'ESSONNE Temps plein

    Description du poste Le service gestion administrative du personnel (GAP) de la CPAM de l'Essonne recherche un.e chargé d'études pour renforcer son équipe. Sous la responsabilité du responsable et du responsable adjoint de ce service, vous intégrerez une équipe déjà composée d'un chargé d'études, cinq référents techniques et...

  • Ingénieur d'exploitation

    il y a 3 semaines

    Évry, Île-de-France Département de l'Essonne Temps plein

    Missions clésL'ingénieur d'exploitation assure le maintien en conditions opérationnelles des environnements applicatifs et le support technique de niveau 2 des différents composants techniques.Les activités de l'ingénieur d'exploitation incluent le déploiement des applications et des montées de version sur les infrastructures centrales,...

  • Ingénieur logiciel et infrastructure

    il y a 1 semaine

    Évry, Île-de-France Département de l'Essonne Temps plein

    Mission et objectifsL'ingénieur exploitation œuvre au sein du Service Production et Infrastructure (SPI) dans le but de maintenir en conditions opérationnelles les environnements applicatifs et de fournir un support technique de niveau 2 sur les différents composants techniques.De plus, il est chargé du déploiement des applications et des montées...

  • Ingénieur de maintenance des systèmes applicatifs

    il y a 3 semaines

    Évry, Île-de-France Département de l'Essonne Temps plein

    Missions clés L'ingénieur de maintenance des systèmes applicatifs assure le maintien en conditions opérationnelles des environnements applicatifs et le support technique de niveau 2 des différents composants techniques. Ses activités sont : Le déploiement des applications et des montées de version sur les infrastructures centrales ...

  • Ingénieur système de production

    il y a 2 semaines

    Évry, Île-de-France Département de l'Essonne Temps plein

    Missions de l'ingénieur exploitationVotre rôle sera de veiller à l'optimisation de l'utilisation des systèmes et des technologies au sein du Département de l'Essonne. Vous serez rattaché au Service Production et Infrastructure (SPI) et travaillerez en étroite collaboration avec les équipes Infrastructures Systèmes (SIS) et Réseau...

  • Ingénieur méthodes et industrialisation

    il y a 3 semaines

    Évry, Île-de-France TOUTECHNICIENS Temps plein

    Entreprise : TOUTECHNICIENSTOUTECHNICIENS est une équipe de Recherche & Développement et d'industrialisation dans les nouveaux Projets Aéronautiques.Nous intervenons dans de nombreux domaines d'activités : l'Aéronautique & le Spatial, l'Industrie / Production / Mécanique, et l'Ingénierie.Description du poste :Notre client acteur de...

  • Ingénieur d'exploitation système

    il y a 1 mois

    Évry, Île-de-France Département de l'Essonne Temps plein

    Missions et responsabilitésL'ingénieur d'exploitation assure le maintien en conditions opérationnelles des environnements applicatifs et le support technique de niveau 2 des différents composants techniques.Activités clésDéploiement des applications et des montées de version sur les infrastructures centralesAdministration niveau 2 des bases de...

  • Analyste investigation numérique

    il y a 1 mois

    Évry, Île-de-France Armée de l'Air et de l'Espace Temps plein

    Description du posteL'Armée de l'Air et de l'Espace recherche un Analyste investigation numérique pour rejoindre son équipe de sécurité informatique.Ce poste consiste à analyser et à catégoriser des codes malveillants, à développer des méthodes de détection et de protection contre les menaces étudiées, et à rédiger des rapports...

  • Administrateur Base de Données PostgreSQL F-H

    il y a 4 semaines

    Évry, Île-de-France Safran Aircraft Engines Temps plein

    Présentation du posteVous rejoignez l'équipe de Safran Aircraft Engines en tant qu'administrateur de bases de données PostgreSQL. Vous serez chargé de la gestion et de l'exploitation des bases de données, ainsi que de l'accompagnement technique à l'intégration des projets.Compétences requisesVous devez avoir une expérience...

  • Ingénieur routier

    il y a 1 semaine

    Évry, Île-de-France Département de l'Essonne Temps plein

    Missions du posteL'Ingénieur routier - Référent exploitation du Département de l'Essonne est chargé de l'assistance du chef de secteur exploitation dans la gestion des équipements routiers d'exploitation, du trafic et de la supervision administrative du tunnel de Gometz.Le candidat aura également pour mission de participer à la...

  • Administrateur Technique de Base de Données H/F

    il y a 4 semaines

    Évry, Île-de-France Safran companies Temps plein

    FonctionVous rejoindrez le département Hosting / plateformes de la DSI Safran Aircraft Engines en tant qu'Administrateur Technique de Base de Données H/F.ResponsabilitésContribuer au service d'intégration et d'exploitation des bases de données de Safran Aircraft Engines (1200 instances).Assurer la responsabilité et la gestion des bases de...

  • Ingénieur en études mécaniques ferroviaires

    il y a 3 semaines

    Évry, Île-de-France Profila Temps plein

    A propos de l'entreprise : Profila est une société de conseil en ingénierie et en recrutement, spécialisée dans le bâtiment, le génie civil et l'industrie. Notre société créée en 2009, s'illustre aujourd'hui grâce à sa compréhension et son expérience des métiers du BTP et des technologies fondamentales telles qu'Autocad,...

  • Administrateur de bases de données Oracle/SQL

    il y a 4 semaines

    Évry, Île-de-France Safran companies Temps plein

    Offre de poste : Administrateur de bases de données Oracle/SQLDescription du poste :L'entreprise Safran Aircraft Engines recherche un administrateur de bases de données Oracle/SQL pour rejoindre son département Hosting / plateformes de la DSI. Le candidat idéal disposera d'une expérience confirmée en gestion de bases de données Oracle et SQL,...

Ingénieur•e en bioinformatique pour le développement de bases de données et méthodes pangénomiques pour l'étude de l'antibiorésistance

Il y a 2 mois

Évry, France CNRS Temps plein

Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur•e en bioinformatique pour le développement de bases de données et méthodes pangénomiques pour l'étude de l'antibiorésistance (H/F)
Référence : UAR3601-ANILEF-021
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : EVRY COURCOURONNES
Date de publication : lundi 16 septembre 2024
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 décembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2932,84 et 3557,58 euros bruts/mois selon expérience
Niveau d'études souhaité : Niveau 7 - (Bac+5 et plus)
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : Informatique, Statistiques et Calcul scientifique
Emploi type : Chef-fe de projet ou expert-e en Ingéniérie logicielle

Missions

Mettre en place une base de données de pangénomes de référence pour les espèces bactériennes d'intérêt clinique (ESKAPEE) et participation au développement de méthodes associées.

Activités

-Mettre en place le workflow de reconstruction de la collection de pangénomes de référence pour les espèces bactériennes d'intérêt clinique (ESKAPEE)
-Annotation fonctionnelle des pangénomes de référence pour les gènes spécialisés, y compris les ARG, les facteurs de virulence et les éléments génétiques mobiles MGEs (avec le soutien du WP2)
-Importer des informations sur les ARGs et MGEs dans les métadonnées associées aux pangénomes
-Développer une base de données et API Web pour l’interrogation de la collection de pangénomes
-Participer au développement de méthodes associées pour l’analyse de génomes et métagénomes
-Participer à l’intégration de la base de données et des méthodes dans la plateforme ABRomics

Compétences

-Master en bioinformatique avec au moins deux ans d’expérience ou doctorat dans le développement de méthodes et l’analyse de génomes procaryotes souhaitéConnaissances
-En (méta)génomique et dans les analyses bioinformatiques associées
-En microbiologie
-En bases de données
Compétences opérationnelles
-Maîtrise de plusieurs langages de programmation dont Python
-Développement de workflows sur des clusters de calcul sous l’environnement Linux
-Conception de bases de données
-Développement d’API Web
-Gestion de projets logiciels
Compétences comportementales
-Capacité à travailler en équipe en présentiel et à distance
-Bonne capacité de communication orale et écrite
-Autonomie, rigueur, intégrité
-Être force de proposition

Contexte de travail

Le projet ABRomics (financement PPR antibiorésistance) vise à développer une plateforme numérique pour collecter, analyser, organiser et rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées pour la recherche et la surveillance de la résistance aux antibiotiques. Ce projet est porté par l'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; et l’Institut Pasteur (IP ; et repose sur un réseau de chercheurs de 44 équipes comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniciens, des bioinformaticiens, des mathématiciens et la communauté de recherche au sens large. ABRomics fournira une infrastructure unique de stockage et d'analyse des données dont le développement est assuré par une équipe incluant des compétences en DevOps, développement de bases de données et de logiciels, gestion des données et analyse des données.
Le WP3 du projet a pour objectif de développer des workflows combinant un ensemble d’outils pour la prédiction et la surveillance de l’antibiorésistance mais, également, de nouvelles méthodes d’analyse. Ainsi, nous souhaitons développer une nouvelle approche utilisant des pangénomes de référence pour analyser des données génomiques d’isolat mais également métagénomiques issues d’échantillons environnementaux ou cliniques. Cette base de données donnera accès à une collection de graphes de pangénomes reconstruits par le logiciel PPanGGOLiN (/labgem/ppanggolin). Ces graphes seront établis pour les espèces bactériennes d'intérêt clinique (ESKAPEE) et seront associés à un ensemble de métadonnées (. issus des travaux du WP2) concernant l’annotation des gènes d’antibiorésistance (ARG) mais, également, les éléments génétiques mobiles (MGE, . plasmides, éléments intégratifs et conjugatifs) portant ces gènes. Il s’agira ensuite de disposer de méthodes capables de projeter l’information d’un pangénome de référence sur un nouveau génome ou métagénome pour prédire les ARGs associés à leur contexte génomique pouvant correspondre à des MGE déjà référencés ou nouveaux.
Dans cet objectif, l'IFB recrute un ingénieur de recherche chargé de la mise en place de la base de données de pangénomes des espèces d'intérêt médicales et qui participera aussi au développement de méthodes associées. La personne sera recrutée au sein de l’équipe LABGeM et travaillera en étroite collaboration avec un post-doctorant chargé du développement d’une méthode méta-pangénomique utilisant la ressource de pangénomes comme référence (Use Case 3 du projet). Elle interagira également avec les parties prenantes de la plateforme ABRomics impliquées dans les différents WP du projet. Pour davantage d’information voir ce lien : /use-case/meta-pan-genomics-for-tracking-amr/

Contraintes et risques

La personne sera recrutée au sein de l’équipe LABGeM (Genoscope UMR8030, Evry) et sera en interaction avec des chercheurs INRAE (unités MetaGenopolis et MaIAGE, Jouy-en-Josas) spécialisés en métagénomique et pangénomique. Il/elle participera, sur site et en visioconférence, aux groupes de travail de l'IFB et du projet ABRomics pertinents pour sa mission. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et/ou à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements scientifiques.