Ingénieur bioinformatique, traitement données biologiques/environnementales

L'IRD est une organisme de recherche public français pluridisciplinaire qui, depuis près de 80 ans, s'engage dans des partenariats équitables avec les pays du Sud et dans les Outre-mer français.

Acteur de l'agenda international pour le développement, ses priorités s'inscrivent dans la mise en oeuvre des Objectifs de développement durable (ODD).

Ensemble, scientifiques et partenaires de l'Institut proposent des solutions concrètes pour répondre aux défis globaux auxquels les sociétés et la planète font face. Cette relation gagnante-gagnante fait de la science et de l'innovation des leviers majeurs du développement.

L'Institut est placé sous la double tutelle du ministère chargé de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et de celui chargé des Affaires Étrangères.

Le projet Marine Microswimmers (2026-2028), financé par la Fondation BNP Paribas, vise à étudier les phénomènes de chimio-attraction entre les microorganismes marins et les organismes benthiques (coraux, gorgones, éponges, herbiers) afin de développer des stratégies innovantes de restauration écologique face au changement climatique et à l'érosion de la biodiversité.

Votre mission consistera à conduire les analyses bioinformatiques du projet et à intégrer les résultats avec des jeux de données métabolomiques, microscopiques et environnementales. Sous la responsabilité de Nicolas Garcia Seyda (post-doctorant, IRD) et de Magali Lescot (IRHC, CNRS), les principales activités seront les suivantes :

1. Concevoir et développer des méthodes et des pipelines bioinformatiques pour l'intégration et l'analyse de données multi-omiques, d'imagerie et de paramètres environnementaux.
2. Structurer, harmoniser et assurer l'interopérabilité de grands jeux de données, conformément aux principes FAIR et aux standards internationaux.
3. Valoriser les développements méthodologiques et les résultats scientifiques par la rédaction de publications, la diffusion des outils développés (logiciels, pipelines, documentation) et la participation à des projets collaboratifs nationaux et internationaux.
4. Assurer une veille scientifique et technologique.
5. Participer à l'animation scientifique du projet ainsi qu'à la communication auprès du grand public.

Titulaire d'un diplôme de niveau Bac +5 (Master ou diplôme d'ingénieur) en bioinformatique, sciences des données, écologie numérique, génomique environnementale ou discipline connexe, le ou la candidate devra posséder une solide expertise dans le développement de méthodes d'analyse et de traitement de données biologiques et environnementales à grande échelle.

Vous maîtrisez les approches de bioinformatique appliquées aux données multi-omiques (métabarcoding 16S/18S, métagénomique, métatranscriptomique), l'intégration de données multimodales et hétérogènes (imagerie, données omiques, paramètres physico-chimiques) ainsi que les méthodes statistiques multivariées, de réduction de dimension et d'apprentissage automatique (machine learning, deep learning et intelligence artificielle).

Vous possédez de solides compétences en programmation scientifique (Python, R, C/C++, MATLAB, Java, JavaScript, PHP), en scripting Linux (Bash), ainsi qu'en développement de pipelines reproductibles (Snakemake, Nextflow).

Vous maîtrisez les outils de gestion de versions (Git, CI/CD), les technologies de conteneurisation (Docker, Singularity), les environnements de calcul intensif (HPC) et les langages basés sur SQL ainsi que les bases de données relationnelles (PostgreSQL, MariaDB, MySQL). Une expertise en développement d'API et d'interfaces web (HTML/CSS, PHP, JavaScript) est attendue.

Vous êtes capable de concevoir des solutions méthodologiques innovantes, de documenter et diffuser les développements réalisés, d'accompagner des équipes de recherche pluridisciplinaires et de contribuer à la valorisation scientifique des travaux par des publications et des présentations dans des contextes nationaux et internationaux.

Vous faites preuve d'autonomie, de rigueur, de esprit d'initiative et d'excellentes capacités de communication. Une expérience du travail en équipe multidisciplinaire et une aptitude à collaborer avec des chercheurs de différentes disciplines sont indispensables. Vous manifestez un intérêt marqué pour les sciences de l'environnement et les enjeux liés au changement climatique.

La maîtrise du français et de l'anglais scientifique, à l'écrit comme à l'oral, est indispensable.