Thèse (H/F)

Il y a 2 mois


Montpellier, France CNRS Temps plein

Cette offre est disponible dans les langues suivantes:

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Date Limite Candidature : jeudi 26 septembre 2024 23:59:00 heure de Paris

**Informations générales**:
**Intitulé de l'offre **:Thèse (H/F) : Génomique de l'adaptation à l'envrionnement portuaire**
Référence : UMR5554-NICBIE-005
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : jeudi 5 septembre 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 novembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : La rémunération est d'un minimum de 2135,00 € mensuel
Section(s) CN : Biodiversité, évolution et adaptations biologiques : des macromolécules aux communautés

**Description du sujet de thèse**:
Base génétique de la portuarisation biologique, l'évolution des espèces marines dans les écosystèmes portuaires sous l’influence des pressions de sélection anthropiques

Résumé du projet de thèse:
Ce projet de thèse porte sur l’étude de la "portuarisation biologique", c’est à dire l'évolution des espèces marines dans les écosystèmes portuaires sous l’influence des pressions de sélection anthropiques. Sur les côtes du monde entier des ports ont été construits, toujours plus grands et plus nombreux. Ces nouveaux habitats sont comme des mésocosmes géants, souvent isolés de la mer ouverte par des écluses, où les espèces évoluent dans un environnement abiotique nouveau, et au sein d'un assemblage inédit d'espèces exotiques et indigènes qui parfois s'hybrident et se métissent. Les ports représentent des laboratoires darwiniens dans lesquelles des expériences évolutives se répliquent. Ce projet cible trois invertébrés marins présentant un syndrome de portuarisation, dans quatre ports ateliers, en se plaçant dans le cadre de travail des relations génotype-phénotype-environnement. Le séquençage de génomes, le profilage d'expression et du microbiome, et l’environnement biotique inféré par metabarcoding d’ADNe donneront accès aux trois compartiments. L’objectif sera d’identifier l’importance de l’hybridation et des variations structurales dans la portuarisation biologique. Dans un second temps un modèle de paysages de fitness sera ajusté à des cartes génotype-phénotype dans des environnements contrastés (port/mer). Enfin, une étude théorique par simulations permettra de projeter dans le futur l’évolution du système urbain-sauvage. Cette thèse doit nous permettre de mieux comprendre comment l'environnement portuaire façonne les pressions de sélection et modifie la démographie et le mouvement des espèces au sein des paysages marins anthropisés.

Thématique:
Les humains ont considérablement modifié l'environnement depuis un siècle, produisant de nouvelles pressions sélectives qui ont modifié le cours de l'évolution. L'évolution induite par les modifications environnementales d'origine anthropique est à la fois (i) un domaine de recherche passionnant pour les biologistes de l'évolution qui voient l'évolution se dérouler sous leurs yeux à une vitesse sans précédent, et (ii) une menace potentiellement grave pour les populations sauvages mais mal comprise. L'évolution urbaine est récemment devenue un domaine de recherche fertile, utilisant les villes comme répliques pour les études d'adaptation. Bien que les espèces marines évoluent indubitablement en réponse à l'urbanisation marine, la recherche sur les sciences urbaines marines en est encore à ses débuts (Todd et al. 2019). Nous proposons que les ports sont comme des laboratoires de terrain darwiniens fournissant des répliques d'expériences grandeur nature. En tirant parti de ces nouveaux habitats, nous visons à mieux comprendre la réponse des espèces marines aux changements environnementaux de l’Anthropocène (Touchard et al. 2023). Ce projet de thèse ambitionne de jeter les bases de l'étude de la "portuarisation biologique", l'évolution des espèces marines dans les ports sous l'action des pressions de sélection induite par les activités humaines (par analogie à la domestication se déroulant dans les agro-écosystèmes, cf. Touchard et al. 2023).
L'étude de l'évolution dans les écosystèmes portuaires présente plusieurs avantages. Tout d'abord, la taille des ports dépasse de loin celle des infrastructures de laboratoire. Le confinement portuaire est souvent important, avec des bassins fermés par des écluses, ce qui limite les échanges avec l'extérieur. Si les variables environnementales (température, salinité, polluants) ne peuvent pas être contrôlées comme en laboratoire, elles sont tamponnées sur de grands volumes. Deuxièmement, les environnements portuaires sont largement similaires les uns aux autres, et chaque port constitue une réplique de l'expérience, à l'instar des villes qui imposent des pressions de sélection similaires (Santangelo et al. 202



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