Post-doctoral Research Visit F/m Combinatorial

il y a 3 semaines

Strasbourg, France Inria Temps plein

Le descriptif de l’offre ci-dessous est en Anglais_

**Type de contrat **:CDD

**Niveau de diplôme exigé **:Thèse ou équivalent

**Fonction **:Post-Doctorant

**Contexte et atouts du poste**:
[1] “Fragment-based modelling of single stranded RNA bound to RNA recognition motif containing proteins” Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd De Vries, Martin Zacharias. _Nucleic Acids Research_, _2016_
- “_A hybrid combinatorial method for docking ssRNA on proteins at the thermodynamic equilibrium”, Chinmay Singhal, Yann Pony, Isaure Chauvot de Beauchene. _RECOMB 2018_

**Mission confiée**:
This post-doc aims at expanding the approach, with 3 main possible directions.

First, our method still generates too many decoys. We want to improve the sampling of models by a new docking approach, relying on stacking interactions between nucleotides and aromatic amino-acids. RNA/DNA fragments can be pre-oriented in stacking-compatible orientations, then an ultra-fast translation-based docking can be applied, for all possible stacking combinations. Very encouraging preliminary results have been obtained on the example of the hSSB1 ssDNA-binding protein implicated in cancers. We will compare the computational results with _in vivo_ protein-ssDNA binding essays from our collaborators at the Queensland University of Technology (Brisbane, Australia).

Second, the current approach neglects the flexibility ofthe the protein. We will implement a multi-scale combinatorial way to represent protein conformational variability, to be integrated in the docking process.

Third, the applicability could be extended to D/RNA made of both double-stranded and single-stranded regions We could use our home-made ProtNAff tool [2] to generate all 3D conformations of each sequence and structure type, and the new color-docking approach [3] (in collaboration with the AMIB team at the LIX lab) to assemble them.

[2] “ProtNAff: protein-bound Nucleic Acid filters and fragment libraries”. Moniot A, Guermeur Y, de Vries SJ, Chauvot de Beauchene I.. _Bioinformatics_ _2022_

[3] “Color Coding for the Fragment-Based Docking, Design and Equilibrium Statistics of Protein-Binding ssRNAs” Taher Yacoub, Roy Gonzalez-Aleman, Fabrice Leclerc, Isaure Chauvot de Beauchene, Yann Ponty. _Recomb 2024_

**Principales activités**:

- Literature review of the relevant studies
- Implementation of new docking paradygms (Python)
- Design and execution of docking experiment on benchmarks
- Validation of the method and analyse of the results
- Writing dissertation, scientific articles and presenting the work in international conferences

**Compétences**:
Technical skills and level required:

- proficient in molecular modeling, especially molecular docking
- experience with DNA or RNA modeling
- experience in programming with Python

Languages:

- english C1

Relational skills:

- a biological background and/or experience in collaborating with biologists is a plus

Other valued appreciated:

- experience in working specifically on ssRNA/ssDNA-protein complexes

**Avantages**:

- Subsidized meals
- Partial reimbursement of public transport costs
- Leave: 7 weeks of annual leave + 10 extra days off due to RTT (statutory reduction in working hours) + possibility of exceptional leave (sick children, moving home, etc.)
- Possibility of teleworking (after 6 months of employment) and flexible organization of working hours
- Professional equipment available (videoconferencing, loan of computer equipment, etc.)
- Social, cultural and sports events and activities
- Access to vocational training
- Social security coverage

**Rémunération**:
2788€ gross/month

**Informations générales**:

- **Thème/Domaine**: Biologie numérique
Biologie et santé, Sciences de la vie et de la terre (BAP A)
- **Ville**: Villers lès Nancy
- **Centre Inria**: Centre Inria de l'Université de Lorraine
- **Date de prise de fonction souhaitée**: 2024-09-01
- **Durée de contrat**: 12 mois
- **Date limite pour postuler**: 2024-05-03

**Consignes pour postuler**:
**Sécurité défense**:
Ce poste est susceptible d’être affecté dans une zone à régime restrictif (ZRR), telle que définie dans le décret n°2011-1425 relatif à la protection du potentiel scientifique et technique de la nation (PPST). L’autorisation d’accès à une zone est délivrée par le chef d’établissement, après avis ministériel favorable, tel que défini dans l’arrêté du 03 juillet 2012, relatif à la PPST. Un avis ministériel défavorable pour un poste affecté dans une ZRR aurait pour conséquence l’annulation du recrutement.

**Politique de recrutement**:
Dans le cadre de sa politique diversité, tous les postes Inria sont accessibles aux personnes en situation de handicap.

**Contacts**:

- **Équipe Inria**: CAPSID
- **Recruteur**:
**A propos d'Inria**:
Inria est l’institut national de recherche dédié aux sciences et technologies du numérique. Il emploie 2600 personnes. Ses 215 équip

  • Post-doctoral Research Visit F/m Deep Generative

    il y a 1 mois

    Strasbourg, France Inria Temps plein

    Le descriptif de l’offre ci-dessous est en Anglais_ **Type de contrat **:CDD **Niveau de diplôme exigé **:Thèse ou équivalent **Fonction **:Post-Doctorant **Contexte et atouts du poste**: This postdoctoral research is part of the **REAVISE** project: “Robust and Efficient Deep Learning based Audiovisual Speech Enhancement” (2023-2026) funded by...

  • Post-doctoral research position in the team “Transcriptional regulation of neural and immune development” of the IGBMC

    il y a 1 mois

    Strasbourg, France IGBMC Temps plein

    The team Transcriptional regulation of neural and immune development at the IGBMC (Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire) in Strasbourg is recruiting a postdoctoral researcher to study the cross-talk between the macrophages and the intestine epithelium during enteric infection using the model Drosophila melanogaster. The project...

  • Post-doctoral research position in the team “Transcriptional regulation of neural and immune development” at IGBMC in Strasbourg.

    il y a 1 mois

    Strasbourg, France IGBMC Temps plein

    The team Transcriptional regulation of neural and immune development at IGBMC (Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire) in Strasbourg is recruiting a postdoctoral researcher to study macrophage diversity using the model Drosophila melanogaster. The project is funded by an ANR grant and is carried out in close collaboration with the...

  • Post-doc (H/F)

    il y a 4 semaines

    Strasbourg, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : mardi 5 septembre 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Post-doc (H/F) _ Erosion verticale et latérale des rivières à fond rocheux : quantification des processus à partir de mesures expériementales et en rivières naturelles...

  • Analysis of Functionally Relevant Chromatin

    il y a 1 mois

    Strasbourg, France IGBMC Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire CERBM - GIE Temps plein

    **Analysis of functionally relevant chromatin organizations by artificial intelligence tools applied to cryo-electron tomography data**: - Réf - **ABG-111388** - Sujet de Thèse- 22/02/2023- Contrat doctoral- IGBMC Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire CERBM - GIE- Lieu de travail- Strasbourg - Grand Est - France- Intitulé du...

  • Analysis of Functionally Relevant Chromatin

    il y a 1 mois

    Strasbourg, France IGBMC Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire CERBM - GIE Temps plein

    **Analysis of functionally relevant chromatin organizations by artificial intelligence tools applied to cryo-electron tomography data**: - Réf - **ABG-111338** - Sujet de Thèse- 24/02/2023- Contrat doctoral- IGBMC Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire CERBM - GIE- Lieu de travail- Strasbourg - Grand Est - France- Intitulé du...

  • From Rare Diseases to Common Mechanisms of

    il y a 1 mois

    Strasbourg, France IGBMC Temps plein

    **From rare diseases to common mechanisms of neurodegeneration**: - Réf - **ABG-114542** - Sujet de Thèse- 17/05/2023- Contrat doctoral- IGBMC- Lieu de travail- Strasbourg - Grand Est - France- Intitulé du sujet- From rare diseases to common mechanisms of neurodegeneration- Champs scientifiques- Biologie - Santé, médecine humaine, vétérinaire - Mots...

  • Analysis of Degradation in Proton Exchange Membrane

    il y a 1 mois

    Strasbourg, France Olivier Lottin Temps plein

    **Analysis of degradation in proton exchange membrane fuel cells operating at 95°C**: - Réf - **ABG-113641** - Sujet de Thèse- 21/04/2023- Contrat doctoral- Olivier Lottin- Lieu de travail- Vandoeuvre-lès-Nancy - Grand Est - France- Intitulé du sujet- Analysis of degradation in proton exchange membrane fuel cells operating at 95°C- Champs...

  • Menuisier Poseur

    il y a 1 mois

    Strasbourg, France F&M Temps plein

    **Une entreprise à taille humaine et un fort esprit d'équipe** Depuis 29 ans, **le groupe FMS est spécialisé en fermetures et menuiseries **:Une équipe professionnelle unie**, dédiée et **expérimentée **passant au crible chaque étape de votre projet, conception, fabrication, pose et service après-vente avec** toujours la qualité comme objectif...

  • Positions in immunology available

    il y a 1 mois

    Strasbourg, France IGBMC Temps plein

    New postdoc and doctoral positions available in the laboratory of Romeo Ricci at the IGBMC in Strasbourg, France (; ). Our institute is a leading research institution in Europe currently hosting 46 teams with researchers from all over the world. It is a facility-driven institute with state-of-the-art equipment and core expertise covering all experimental...

  • Research Assistant Compounds Management del

    il y a 4 semaines

    Strasbourg, France NovAliX Temps plein

    Starting date: Asap Type of contract: Permanent Location: Illkirch (67, near Strasbourg) Job offer: Research Assistant Compounds Management DEL M/F Job description You will be mainly working with the DEL chemistry team, dedicated to the synthesis of DNA encoded libraires and involved in Drug Discovery projects. Your work will consist in: - Managing and...

  • Agent / Agente D'état Des Lieux (H/F)

    il y a 1 mois

    Strasbourg, France Check and Visit Temps plein

    Présentation de l'entreprise: Chez Check and Visit, nous nous sommes donnés une mission : aider les professionnels de l’immobilier du monde entier à réaliser et fiabiliser les états des lieux des logements de leur parc locatif grâce à des solutions innovantes et digitales. D’ailleurs, tous nos états des lieux sont certifiés RGS*. Ce challenge...

  • Gestionnaire de Visites Industrielles

    il y a 1 mois

    Strasbourg, France Saint-Gobain Temps plein

    Interlocuteur privilégié de nos clients, vous aurez pour missions de leur présenter notre Usine Saint-Gobain PAM Canalisation de Pont à Mousson et notre Savoir-Faire Français. Les produits de canalisations en fonte ductile sont commercialisés mondialement, le rayonnement de ce poste est donc international, vous devrez impérativement maitrisez...

  • Visiteur Médical à Temps Partiel

    il y a 1 mois

    Strasbourg, France Cirdd Alsace Temps plein

    Dans le cadre des missions déléguées au CIRDD ALSACE par GRAND EST ADDICTIONS, nous cherchons des professionnels de santé à temps partiel pour promouvoir le Repérage Précoce Intervention Brève (RPIB) tabac, alcool, cannabis auprès des professionnels de santé libéraux (pharmaciens, kiné, sage-femmes, infirmiers...) en Alsace. 4 territoires sont...

  • Segmentable Computing

    il y a 4 semaines

    Strasbourg, France Université de Besançon Temps plein

    **Segmentable computing**: - Réf - **ABG-115355** - Sujet de Thèse- 20/06/2023- Contrat doctoral- Université de Besançon- Lieu de travail- Montbéliard - Bourgogne-Franche-Comté - France- Intitulé du sujet- Segmentable computing- Champs scientifiques- Informatique - Mots clés- distributed algorithms**Description du sujet**: **Context and scientific...

  • Visiteur de Maintenance Industrielle

    il y a 1 mois

    Strasbourg, France Saint-Gobain Temps plein

    Rattaché.e à l'Agent de Maitrise Principal Centrifugation de l’Usine de Pont-à-Mousson (54). Vous participez à l’entretien des installations par des visites techniques permettant de déceler des anomalies sur les équipements au sein du secteur Centrifugation dans le respect des règles de sécurité. A ce titre, vos missions sont les suivantes: -...

  • Visiteur de Maintenance Industrielle

    il y a 4 semaines

    Strasbourg, France Saint-Gobain Temps plein

    Rattaché.e à l'Agent de Maitrise Principal Centrifugation de l’Usine de Pont-à-Mousson (54). Vous participez à l’entretien des installations par des visites techniques permettant de déceler des anomalies sur les équipements au sein du secteur Centrifugation dans le respect des règles de sécurité. A ce titre, vos missions sont les suivantes: -...

  • Visiteur de Maintenance Industrielle

    il y a 4 semaines

    Strasbourg, France Harry Hope Temps plein

    **Pour résumer** Type de contrat : CDI Type : Temps plein Statut : Technicien Salaire : de 30000EUR à 35000EUR par ANNEE + A définir Région : Lorraine Département : Meurthe-et-Moselle Ville : Lesménils **A propos de la société** **Description du poste** Rattaché.e à l'Agent de Maitrise Ordonnancement de l'Usine. Vous participez à...

  • Synthesis of Antibacterial and Thermoresponsive

    il y a 4 semaines

    Strasbourg, France CNRS - Institut Charles Sadron Temps plein

    **Synthesis of antibacterial and thermoresponsive polymers used as coatings for the release of a healing agent on chronic wounds**: - Réf - **ABG-111539** - Sujet de Thèse- 28/02/2023- Autre financement public- CNRS - Institut Charles Sadron- Lieu de travail- Strasbourg - Grand Est - France- Intitulé du sujet- Synthesis of antibacterial and...

  • Offre de Thèse en Géologie/géochimie

    il y a 4 semaines

    Strasbourg, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : vendredi 15 mars 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Offre de thèse en géologie/géochimie (H/F)** Référence : UMR7358-RAPPIK-001 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : VANDOEUVRE LES NANCY Date de publication : mardi 30...