Doctorant en Bioinformatique Structurale

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Date Limite Candidature : jeudi 10 août 2023

**Informations générales**:
**Intitulé de l'offre **:Doctorant en bioinformatique structurale (H/F)**
Référence : UMR9198-ANNLOP-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : jeudi 20 juillet 2023
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel
Section(s) CN : Biologie moléculaire et structurale, biochimie

**Description du sujet de thèse**:
Caractériser comment les pressions environnementales ont façonné la diversité des repliements et des fonctions protéiques est essentiel pour comprendre les bases structurales de l'innovation moléculaire et finalement de la biodiversité. Jusqu'à récemment, il était suggéré que la plupart des repliements avaient déjà été répertoriés dans les bases de données publiques. Néanmoins, les analyses basées sur la métagénomique et le séquençage du génome d'espèces vivant dans des environnements extrêmes suggèrent qu'il existe encore de nouveaux espaces structuraux à découvrir. Ces études rapportent des quantités importantes de gènes orphelins (gènes sans homologues dans d'autres espèces) ou de gènes restreints taxonomiquement (TRGs) qui ne peuvent être rattachés à aucun repliement protéique connu. Notamment, les génomes d'archées contiennent généralement environ 30 % de TRGs, dont beaucoup d'orphelins. Est-ce que ces TRGs se replient-ils dans de nouveaux repliements protéiques ? Comment les contraintes environnementales ont elles façonné l'espace structural des protéines ? Ces questions sont fondamentales pour comprendre les bases structurales de l'innovation moléculaire et finalement de l'adaptation des espèces et constituent le coeur de ce projet de recherche.

Dans ce projet financé par l'ANR, on se propose d'étudier la diversité protéique des archées provenant d'une grande variété d'habitats. Jusqu'à récemment, caractériser la diversité des repliements dans ces protéomes était impensable en raison du temps et des ressources nécessaires pour résoudre une seule structure protéique. Cependant, le programme AlphaFold2 de DeepMind a révolutionné la biologie structurale avec un réseau d'intelligence artificielle capable de prédire les structures protéiques tridimensionnelles à partir de séquences d'acides aminés avec une précision atomique inégalée. Cela offre donc une opportunité sans précédent d'étudier la relation entre les contraintes environnementales, le répertoire tridimensionnel des repliements protéiques et les fonctions qui en découlent. Nous aborderons ces questions en explorant un grand ensemble de données comprenant 900 d'archées provenant d'environnements très différents dont un grand nombre de protéomes inédits fournis par nos collaborateurs.

**Contexte de travail**:
Le contrat doctoral se déroulera dans les nouveaux bâtiments de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) situé dans le sud de Paris, sur le campus verdoyant et historique du CNRS. L'I2BC est un institut récent et très dynamique qui rassemble environ 600 personnes, dont environ 150 doctorants et post-doctorants. Le projet bénéficiera de la grande variété d'expertises et de technologies déjà disponibles à l'I2BC, ainsi que du solide réseau de collaborations que nous avons développé avec des expérimentateurs externes à l'I2BC. Notamment, nous tirerons parti d'une récente expédition au Chili de notre partenaire de l'ANR qui a séquencé de nouveaux métagénomes provenant d'environnements dominés par les archées, notamment des environnements salins (avec différentes compositions chimiques), à haute température, et une combinaison des deux, avec l'attente de découvrir de nombreuses nouvelles lignées archéennes.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.