Biologiste en Analyse de Données

Il y a 2 mois

Écully, France CNRS Temps plein

Date Limite Candidature : mardi 1 octobre 2024 23:59:00 heure de Paris

**Informations générales**:
**Intitulé de l'offre **:Biologiste en analyse de données H/F**
Référence : UMR5005-FLODES-021
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : ECULLY
Date de publication : mardi 10 septembre 2024
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 9 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2025
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : à partir de 2875 euros bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Niveau 7 - (Bac+5 et plus)
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données

**Missions**:
Réaliser le traitement et l'analyse de données de séquençage

**Activités**:

- Réaliser le traitement et l’analyse des données de séquençage en 16S du

microbiote de la peau des souris
- Exploiter et mettre en forme les résultats des données traitées
- Diffuser les résultats lors des réunions de l’équipe projet et/ou auprès de l’ANSES
- Assurer une veille scientifique et technologique
- Valoriser les résultats par la participation à la rédaction d’articles dans des revues

du domaine scientifique
- **Compétences**:

- Connaissances approfondies en bioinformatique avec expérience préalable dans l’analyse de données de séquençage Illumina® -16S (Miseq). Connaissance de DADA2 package, vegan R package appréciée
- Maitrise des analyses statistiques (uni-multivariées) sous R ou logiciels équivalents (Python)
- Maîtrise de langage de programmation (Script Shell linux, bash )
- Connaissances théoriques en génomique microbienne environnementale (bases de données RefSeq, Greengenes )
- Aptitudes à la rédaction d’articles scientifiques
- Maitrise des logiciels du Pack Office
- Niveau avancé en anglais scientifique écrit et oral (Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues : B2-C1).
- Goût et volonté de s’impliquer et d’interagir avec l’équipe et dans le projet
- Rigueur scientifique et aptitudes organisationnelles seront appréciées
- Autonomie et dynamisme dans le travail.

**Contexte de travail**:

- INSA de Lyon, Université Lyon I), comprenant 212 membres dont la moitié de doctorant.es répartis dans 3
départements scientifiques : en Energie Electrique, Automatique des Systèmes et Bioingénierie. Le département Bioingénierie (40 personnes) s’articule suivant deux grands axes de recherche, l’un pour l’exploration des communautés bactériennes en relation avec leur environnement et l’autre utilisant les sciences de l’ingénieur comme l’électrochimie, les microsystèmes et l’électromagnétisme pour
développer de nouveaux outils au service de la santé et de l’environnement. L’équipe de Génomique Microbienne Environnementale (GME) du département Bioingénierie étudie les réponses des communautés microbiennes aux perturbations environnementales par une approche multi-échelles à
l’interface de la microbiologie, de la biochimie, de la génétique, de la biologie moléculaire et surtout de la métagénomique. L’équipe possède une plateforme expérimentale de 200 m2 notamment dédiée à l’activité de séquençage haut débit (Miseq, Illumina® et MinION, Oxford Nanopore).
Le projet « 5G-Sens-Skin », pour lequel le laboratoire recrute un.e IR, fait partie des 12 projets financés par l’Anses (2023-2026) sur le thème « Radiofréquences et Santé » et s’inscrit dans la combinaison de l’interdisciplinarité des expertises du laboratoire Ampère et de l’équipe SKIN (SKin functional INtegrity) du LBTI (UMR CNRS 5305-Université Lyon I) impliqués dans cette étude.
Dans le contexte du déploiement de la 5G, ce projet d’actualité avec un fort impact sociétal et de santé publique, évalue, in vivo et in vitro, les effets de ces radiofréquences sur la fonction barrière et sur les communautés bactériennes de la peau.
Titulaire d’un master, vous serez recruté.e en tant qu’Ingénieur.e de Recherche sur le projet pour vos compétences et votre expérience en bioinformatique. Vous effectuerez l’analyse génomique des communautés bactériennes présentes sur la peau des souris exposées ou non aux radiofréquences de la 5G, à partir des données brutes issues du séquençage, effectué au sein de la plateforme
Bioingénierie du laboratoire Ampère, sur le site de l’Ecole Centrale de Lyon, de ce microbiote encore peu étudié dans la littérature. Vous travaillerez en interaction directe avec l’Ingénieure de Recherche responsable de la coordination de cette tâche du projet « 5G-Sens-Skin », et avec les chercheurs du consortium. Vous bénéficierez du contexte d’excellence scientifique dans le domaine, de l’équipe de
GME du département Bioingénierie du laboratoire Ampère, et des infrastructures du campus de l’Ecole Centrale de Lyon.

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