Profilage Intégratif de Virus Par Analyse

il y a 2 semaines

Montpellier, France Université de Montpellier Temps plein

**Profilage intégratif de virus par analyse mutationnelle de génome entier // Integrative Profiling of Virus by Genome-Wide Mutational Scanning**:

- Réf **ABG-122707**
**ADUM-56169**
- Sujet de Thèse- 11/04/2024- Contrat doctoral- Université de Montpellier- Lieu de travail- MONTPELLIER Cedex - France- Intitulé du sujet- Profilage intégratif de virus par analyse mutationnelle de génome entier // Integrative Profiling of Virus by Genome-Wide Mutational Scanning- Mots clés- Biologie synthétique, Évolution moléculaire, Biologie des systèmes, Génomique fonctionnelle, Virologie, Haut-débit
- Synthetic biology, Molecular evolution, Systems Biology, Functional genomics, Virology, High-throughput**Description du sujet**:

- La génomique synthétique vise à élucider les organisations génomiques à l'aide de techniques de biologie synthétique (1). Vu la taille des génomes, les modifications introduites sont arbitraires et loin d'être systématiques. La technique de balayage mutagène en profondeur consiste elle à construire des bibliothèques de variants systématiques autour de séquences hors contexte et à utiliser le séquençage en profondeur pour le phénotypage à haut débit (2). Ce projet se concentre sur un petit génome viral en tant que modèle pour combiner et étendre ces deux approches.
- Les densovirus sont de petits virus de la famille des Parvoviridae infectant les invertébrés (3). Le densovirus de Junonia Coenia (JcDV) peut infecter plusieurs espèces de lépidoptères ()4 et est hautement pathogène contre la légionnaire d'automne (Spodoptera frugiperda), un ravageur de cultures multi-résistant envahissant le monde (5). JcDV présente un génome d'ADN simple brin de 6 kb flanqué de deux télomères. Il produit deux transcrits se chevauchants tête-bêche : l'un porte trois protéines non structurales, dont deux se chevauchent entièrement sur des cadres de lecture différents et ne sont exprimées qu'après épissage ; l'autre code pour quatre versions d'une protéine capsidique portant differentes extensions N-terminales, suivant le codon de départ utilisé (6). La capside, dont la structure a été résolue (7), est nue et directement impliquée dans la reconnaissance de l'hôte. Une fois mieux compris et contrôlé, le JcDV pourrait fournir des alternatives durables et programmables aux insecticides chimiques contre les principaux ravageurs d'insectes. Il est également étroitement lié aux vecteurs de thérapie génique AAV et pourrait offrir des opportunités intéressantes dans ce domaine car présentant une moindre antigénicité et plus d'espace de stockage (8).
- Nous avons construit une bibliothèque de 300 000 mutants qui couvrent l'ensemble du génome et sont tous marqué par un code-barre ADN unique. Le séquençage de ces codes-barres permet de mesurer efficacement les variations de fréquences des mutants viraux en réponse à divers cribles, permettant ainsi la quantification de divers phénotypes pour tous les mutants en parallèle sur l'ensemble du cycle de vie viral. Cette approche générique permet de : i) quantifier la réplication ou la pathogénicité en utilisant l'ADN viral cellulaire ; ii) déterminer les abondances, les sites de début, de fin et d'épissage des transcrits viraux ; et iii) mesurer l'assemblage, l'encapsidation et la stabilité de la capside, ainsi que les capacités des mutants à entrer dans les cellules et les noyaux à partir de l'ADN des virions. La bibliothèque comprend toutes les substitutions de nucléotides simples ainsi que toutes les suppressions et insertions de nucléotides/amino-acides simples dans les régions non codantes/codantes. Ces mutations peuvent avoir des effets directs ou en cascade sur de multiples phénotypes.- Synthetic genomics aims at elucidating genome organizations using synthetic biology technics (1). Due to large genome sizes the introduced modifications are arbitrary and far from being systematic. Deep mutational scanning, in contrast, consist in constructing systematic variants libraries around out of context sequences and use deep sequencing for high-throughput phenotyping (2). This project focuses on a small viral genome as a model to merge and expand these approaches.
- Densoviruses are small invertebrate-infecting viruses of the Parvoviridae family (3). The Junonia Coenia densovirus (JcDV) is capable of infecting several species of Lepidoptera (4) and is highly pathogenic for the fall armyworm (Spodoptera frugiperda), a multi-resistant crop pest that is expanding worldwide at alarming rates (5). JcDV features a 6 kb long, single-stranded DNA genome flanked by two highly structured telomeres. It produces 2 tail-to-tail overlapping transcripts: one bears 3 non-structural proteins, two of which overlap fully on different reading frames and are only expressed upon splicing; the other codes for 4 N-terminally extended version of a capsid protein, produced through leaky scanning (6). The ca

  • Assistant-e Microscopie

    il y a 4 semaines

    Montpellier, France INRAE Temps plein

    34000 MONTPELLIER _ **RETOUR À LA LISTE DES POSTES DE LA CAMPAGNE** **Présentation d'INRAE**: L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la...

  • Complexes Polytopaux étendus: Création Et Analyse

    il y a 1 mois

    Montpellier, France Université de Montpellier Temps plein

    **Complexes polytopaux étendus: création et analyse // Extended discrete polytopal complexes: design and analysis**: - Réf **ABG-121721** **ADUM-55535** - Sujet de Thèse- 23/03/2024- Université de Montpellier- Lieu de travail- MONTPELLIER CEDEX 5 - France- Intitulé du sujet- Complexes polytopaux étendus: création et analyse // Extended discrete...

  • Chercheur (H/F) en Neurobiologie

    il y a 1 mois

    Montpellier, France Inovarion Temps plein

    Inovarion est un centre de Recherche et d’Innovation créé en 2013. A l’interface entre recherche fondamentale et développement industriel, Inovarion apporte son savoir-faire et son expertise aux grands acteurs publics et privés des Sciences du Vivant. Devenu en 9 ans un acteur central de la Recherche et du Développement en France, Inovarion a pour...

  • Postdoctorat - Analyse de Scénarios Particuliers

    il y a 4 semaines

    Montpellier, France Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire Temps plein

    L'IRSN, Etablissement Public à caractère Industriel et Commercial (EPIC) est l'expert public national des risques nucléaires et radiologiques. Ses missions sont désormais définies par la Loi n° 2015-992 du 17 août 2015 relative à la transition énergétique pour la croissance verte (TECV). L'IRSN concourt aux politiques publiques en matière de...

  • Chercheur Post-doctoral

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : vendredi 16 février 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Chercheur post-doctoral (H/F) en Phénotypage des Plantes** Référence : UMR5004-CECABA-052 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication :...

  • Aide Soignant

    il y a 1 mois

    Montpellier, France Pôle de Réadaptation AURORES Méditerranée Temps plein

    **Qui sommes-nous ? **L’établissement de Santé AURORES Méditerranée est un Pôle de Réadaptation nouvelle génération issue d’un partenariat public/privé d’excellence entre le CHU de Montpellier et la Clinique du Dr STER. **Où sommes-nous ? **AURORES Méditerranée est situé dans le Parc verdoyant de Saint Sauveur à...

  • Post Doctorat en génomique des populations

    il y a 1 mois

    Montpellier, France IRD Temps plein

    Génomes complets à faible couverture - Histoire démographique – associations génome/environnement La structure que vous allez rejoindre Vous serez affecté au Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (), à Montpellier. Le CBGP est composé de 86 agents permanents d'INRAE, de l'IRD, du Cirad et de l'Institut Agro Montpellier. Les...

  • Chercheur en Paléobiodiversité

    il y a 4 semaines

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : mercredi 19 avril 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:chercheur en paléobiodiversité (H/F)** Référence : UMR5554-MAEORL-002 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : mercredi 29 mars 2023 Type...

  • Cdd de 5 Mois: Ie en Virologie

    il y a 4 semaines

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Date Limite Candidature : lundi 27 novembre 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:CDD de 5 mois: IE en virologie (3 ans d'expérience ou moins) H/F** Référence : UMR9004-NATARH-006 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : lundi 6 novembre 2023 Type de contrat : CDD Technique/Administratif Durée du...

  • Doctorant (H/F)

    il y a 4 semaines

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : lundi 17 avril 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant (H/F) en chimie des polymères/matériaux** Référence : UMR5635-DAMQUE-003 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : lundi 27 mars...

  • CEO - Thérapie Génique - Maladies

    il y a 4 semaines

    Montpellier, France NERVOSAVE THERAPEUTICS Temps plein

    **Le projet** NERVOSAVE THERAPEUTICS développe une thérapie génique destinée à ralentir, stopper et faire régresser l’évolution d’un large éventail de maladies démyélinisantes des nerfs périphériques. La thérapie vise notamment les personnes souffrant de la maladie de Charcot-Marie-Tooth 1A (CMT1A). NERVOSAVE THERAPEUTICS développe une...

  • Commercial (H/F)

    il y a 4 semaines

    Montpellier, France Opheleia Instruments, par Solutions Croissance Temps plein

    **Vous êtes un(e) commercial(e) passionné(e) par votre métier ?** **Vous avez obtenu **un **BAC +2 ELECTROTECHNIQUE OU MESURES PHYSIQUES au minimum, ou formation scientifique équivalente ?** **Alors prenez le temps de consulter cette belle offre d'emploi !** **OPHELEIA Instruments,** entreprise à **taille humaine** (5 personnes), est **conviviale**,...

  • Conseiller.ère recrutement des dispositifs jeunesse – Réf

    il y a 7 jours

    Montpellier, France Département de l'Hérault Temps plein

    Description du poste Missions : • Mettre en œuvre les orientations et décisions en matière de gestion et de valorisation des ressources humaines. • Membre de l’unité remplacements, apprentissage, stages, sous l'autorité hiérarchique du responsable d’unité, anime les dispositifs de recrutement en faveur de la jeunesse...

  • 2024-i0079 Chargé de Projets Du Collège Doctoral

    il y a 4 semaines

    Montpellier, France UNIVERSITE DE MONTPELLIER Temps plein

    Descriptif du poste - Mission principale: Chargé(-e) de mettre en œuvre l’offre de formation et de suivre sa bonne exécution, d’organiser les actions visant à la promotion du doctorat et au suivi de l’insertion professionnelle des docteurs en lien avec les directions ressources des établissements et les partenaires du collège doctoral. -...

  • Conseiller.ère recrutement des dispositifs jeunesse – Réf

    il y a 6 jours

    Montpellier, France Département de l'Hérault Temps plein

    Description du poste Missions : • Mettre en œuvre les orientations et décisions en matière de gestion et de valorisation des ressources humaines. • Membre de l’unité remplacements, apprentissage, stages, sous l'autorité hiérarchique du responsable d’unité, anime les dispositifs de recrutement en faveur de la jeunesse...

  • Assistant-e de Service Social en Sts

    il y a 4 heures

    Montpellier, France DÉPARTEMENT DE L'HERAULT Temps plein

    Filière **:Medico-sociale** Métier **:Social** Catégorie **:A** **Assistant Territorial socio-éducatif ASE** Titulaire ou CDD Lieu **:MONTPELLIER** **Titulaire ou contractuel** Expérience **:2 à 3 ans** Rémunération statutaire + régime indemnitaire Date limite **:16/06/2024** **Descriptif et missions**: ASSISTANT-E DE SERVICE SOCIAL EN STS...

  • Secrétaire de Laboratoire

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CONSEIL DEPARTEMENTAL DE L'HERAULT Temps plein

    Filière: **Administrative** Métier: **Environnement** Catégorie: **C** **Adjoint administratif territorial-AAT** CDD ou titulaire **MONTPELLIER** **(Occitanie)** *** **Titulaire ou contractuel** Expérience: **2 à 3 ans** Rémunération statutaire + régime indemnitaire Date limite: **07/02/2023** **Descriptif et missions**: SECRÉTAIRE DE...

  • Régisseur Général Du Spectacle Et de

    il y a 4 semaines

    Montpellier, France Ville de BEZIERS Temps plein

    **PRÉSENTATION DE L'ENTREPRISE **:Seconde ville du Département de l’Hérault, Béziers est une ville de 77 000 habitants a fort potentiel touristique de par son climat, la proximité des plages et la richesse de son patrimoine. Elle bénéficie d’une situation géographique exceptionnelle entre la mer Méditerranée et les montagnes du Haut...

  • Assistant·e de service social en STS

    il y a 1 jour

    Montpellier, France Département de l'Hérault Temps plein

    Description du poste Missions : Contribuer dans le cadre d'une démarche éthique et déontologique à créer les conditions pour que les personnes, les familles, les groupes aient les moyens d'être acteurs de leur développement et de renforcer les liens sociaux et les solidarités dans leur lieu de vie. Sous l'autorité hiérarchique du RTS,...

  • Contrôleur de Gestion

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CONSEIL DEPARTEMENTAL DE L'HERAULT Temps plein

    Fonction RIFSEEP : Conseiller expert Groupe : A2 DGA Administration générale Direction des finances et du conseil de gestion Service du conseil et du pilotage de gestion **Catégorie A** **Filière**: - Administrative - Technique **Type de contrat**: Par voie Statutaire Non Statutaire **Lieu**: Montpellier **Description du poste**: **Cadre d'emploi...