Stage de Master 2 en Bioinformatique
Il y a 2 mois
78350 Jouy en Josas _
**RETOUR À LA LISTE DES RÉSULTATS**
**Présentation INRAE**:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
**Environnement de travail, missions et activités**:
Vous serez accueilli(e) dans l'équipe Food Microbial Ecology (FME) de l'unité MICALIS, à Jouy-en-Josas (20 km au sud-ouest de Paris et 8 km de Versailles). La thématique que mène notre équipe vise à comprendre les règles qui gouvernent les écosystèmes alimentaires afin d’en améliorer la qualité, la sécurité et la conservation que ce soit à travers des procédés fermentaires ou de bio-préservation. Nous étudions en particulier sur les écosystèmes laitiers, carnés ainsi que les légumes fermentés. Dans le cadre de nos projets, nous développons des consortia synthétiques de micro-organismes afin de comprendre les synergies existantes entre différents micro-organismes de ces écosystèmes et d’élucider notamment leur impact sur la santé, sur la fermentation ou la bio-préservation.
Dans le cadre du « Grand Défi Ferments du Futur » (GDFF), le projet SynthPlex se concentre sur le développement d'aliments fermentés à base de plantes avec des propriétés bénéfiques pour la santé, par le biais d'interactions avec le microbiote intestinal. SynthPlex cherche à identifier l'influence de métabolites spécifiques présents dans les matrices alimentaires végétales sur la croissance et le métabolisme des micro-organismes. Les résultats de cette recherche seront utilisés pour concevoir des consortiums microbiens adaptés pour des aliments fermentés fonctionnels. SynthPlex combine des expérimentations in vitro dans des micro-fermenteurs et des analyses in silico pour identifier les interactions trophiques au sein des consortia synthétiques.
Des bases de données sont en cours de développement pour héberger ces données massives et hétérogènes : en particulier l’entrepôt de données SIDURI développé par l’unité MAIAGE dans le cadre de GDFF. De même, au sein de l’équipe FME, Food2Gut est une plateforme de recherche conçue pour intégrer des données « omiques » variées (génomiques, métagénomiques) et des métadonnées afin d’étudier les interactions microbiennes dans les aliments et l’intestin.
Le but du stage sera de développer, pour les besoins du projet SynthPlex, les modules dédiés aux données métabolomiques, aux données transcriptomiques et à la description des interactions entre micro-organismes au sein de l’entrepôt de données de l’équipe puis de mettre en place les procédures d’intégration de données nécessaires à leur alimentation. La mise en œuvre de l’interopérabilité entre ces données et des données génomiques et métagénomiques déjà intégrées serait également souhaitée.
Enfin, il est également crucial de mettre en place une interopérabilité forte avec l’entrepôt SIDURI de GDFF.
Pour cela voici les principales taches associées:
- Concevoir et développer les modules de la base de données multi-omique
- Intégrer les données métabolomiques caractérisant les consortia synthétiques à la base de données
- Automatiser le traitement régulier des flux de données pour capter les sorties issues des micro-fermenteurs
- Développer des procédures ETL (Extract Transform Load) pour l’intégration de ces données dans l’entrepôt.
- Intégrer les données de méta-omics générées dans le cadre de SynthPlex dans la base de données de l’équipe à l’aide des pipelines bioinformatiques existants. Identifier des données pivots pour garantir l’interopérabilité avec SIDURI.
- Participer au développement d’une base de données conforme aux principes FAIR pour stocker et interroger les résultats des analyses, facilitant ainsi la modélisation des consortia microbiens. En fonction des choix stratégiques et techniques, cette base de données pourrait être une extension de Food2Gut.
**Conditions particulières d’activité : L’unité Micalis est une Zone à Régime Restrictif. Le recrutement est donc soumis à validation du ministère.**
**Formations et compétences recherchées**:
**Licence (Bac+3)**
- Formation recommandée : Etudiant en Master 2 de Bioinformatique ayant un goût prononcé pour l’intégration de données, de bonnes compétences en développement de script.
- Connaissances souhaitées :
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Développeur bioinformatique en stage
il y a 4 semaines
Jouy-en-Josas, Île-de-France SFBI Temps pleinOffre de stage en développement bioinformatiqueL'unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement (MaIAGE) de l'INRAE recherche un stagiaire en développement bioinformatique pour participer à un projet de recherche sur l'hétérogénéité phénotypique et l'adaptation à l'hôte pendant la phase stationnaire chez les...
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Développeur bioinformatique stagiaire
il y a 4 semaines
Jouy-en-Josas, Île-de-France SFBI Temps pleinStage de développement bioinformatiqueL'unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement (MaIAGE) recherche un stagiaire en développement bioinformatique pour rejoindre son équipe StatInfOmics.MissionLe ou la stagiaire aura pour mission d'intégrer les données (RNA-Seq, Tn-Seq) du projet PHHASt dans la base de données...
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Développeur bioinformatique stagiaire
il y a 4 semaines
Jouy-en-Josas, Île-de-France SFBI Temps pleinStage de développement bioinformatiqueL'unité MaIAGE du centre INRAE de Jouy-en-Josas recherche un stagiaire en développement bioinformatique pour intégrer les données du projet PHHASt dans l'application Genoscapist.Le stagiaire aura pour mission d'intégrer les données (RNA-Seq, Tn-Seq) du projet PHHASt dans la base de données relationnelle de...
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Bioinformaticien-ne Au Sein Du Projet Ferments Du
Il y a 5 mois
Jouy-en-Josas, France INRAE Temps plein78350 _ **RETOUR À LA LISTE DES RÉSULTATS** **Présentation INRAE**: L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18...
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Gestionnaire de Données Du Projet Ferments Du
Il y a 5 mois
Jouy-en-Josas, France INRAE Temps plein78350 _ **RETOUR À LA LISTE DES RÉSULTATS** **Présentation INRAE**: L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18...
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Bioinformaticien H/F
il y a 4 semaines
Jouy-en-Josas, Île-de-France SFBI Temps pleinDescription du PosteL'unité INRAE MetaGenoPolis recherche un bioinformaticien pour rejoindre l'équipe InfoBioStat et participer à la construction d'un catalogue unifié de gènes et d'espèces identifiés dans le microbiome humain.MissionsIdentifier, télécharger et évaluer la qualité de sources de données hétérogènes (banques de...
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Bioinformaticien H/F
il y a 4 semaines
Jouy-en-Josas, Île-de-France SFBI Temps pleinDétails du posteL'unité INRAE MetaGenoPolis recherche un bioinformaticien pour rejoindre l'équipe InfoBioStat (IBS) et participer à la construction d'un catalogue unifié de gènes et d'espèces identifiés dans le microbiome humain.MissionsIdentifier, télécharger et évaluer la qualité de sources de données hétérogènes (banques de...
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Administrateur-trice Système DevOps
Il y a 5 mois
Jouy-en-Josas, France INRAE Temps plein78350 JOUY EN JOSAS _ **RETOUR À LA LISTE DES POSTES DE LA CAMPAGNE** **Présentation d'INRAE**: L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la...
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Stage M1/m2
il y a 4 semaines
Jouy-en-Josas, France INRAE Temps plein78350 JOUY-EN-JOSAS _ **RETOUR À LA LISTE DES RÉSULTATS** **Présentation INRAE**: L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales,...
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Responsable administratif entreprise junior F/H
il y a 4 semaines
Jouy-en-Josas, Île-de-France VINCI Energies en France Temps pleinMissionAccompagner la performance du bâtiment dans la durée, avec une offre de Facility Management sur mesure.Compétences requisesGestion de la comptabilité analytique et généraleClôtures trimestrielles et annuellesContrôle et vérification des reportings financiersÉlaboration et suivi du process budgétaireParticipation au suivi du budget et des...
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Chef D'équipe Ssiap 2
Il y a 5 mois
Jouy-en-Josas, France En Toute Securité ( ETS) Temps plein**EN TOUTE SÉCURITÉ (ETS)** société de gardiennage et de sécurité propose ses services sur Paris, Ile de France, les régions Hauts-De-France et la région Grand-Est. Nous nous engageons à afficher et offrir des services de qualité afin d’obtenir une réelle satisfaction par le biais de nos prestations. **MISSION** Dans le cadre de notre...
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Responsable administratif entreprise junior F/H
il y a 1 mois
Jouy-en-Josas, Île-de-France VINCI Energies en France Temps pleinMissionVINCI Facilities recherche un(e) apprenti(e) Responsable Administratif Entreprise Junior F/H à Jouy en Josas (78) pour une durée de 12 ou 24 mois.Compétences requisesGestion de la comptabilité analytique et généraleClôtures trimestrielles et annuellesContrôle et vérification des reportings financiersÉlaboration et suivi du process...
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Responsable administratif entreprise junior F/H
il y a 3 semaines
Jouy-en-Josas, Île-de-France VINCI Energies en France Temps pleinAccompagner la performance du bâtiment dans la durée, c'est l'objectif de VINCI Facilities, la marque de VINCI Energies dédiée au Facility Management (FM).Nos solutions conjuguent maintenance technique, exploitation et services, et s'appuient sur une maîtrise globale des besoins actuels et futurs de nos clients pour les accompagner...
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Responsable administratif entreprise junior F/H
il y a 3 semaines
Jouy-en-Josas, Île-de-France VINCI Energies en France Temps pleinVINCI Facilities est une marque de VINCI Energies dédiée au Facility Management (FM). Nous accompagnons la performance du bâtiment dans la durée, avec une offre de Facility Management sur mesure. Sur un marché en pleine transformation, nos solutions conjuguent maintenance technique, exploitation et services, et s'appuient sur une maîtrise globale des...
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Jouy-en-Josas, France VINCI Energies en France Temps pleinVINCI Facilities est la marque de VINCI Energies dédiée au Facility Management (FM). VINCI Facilities accompagne la performance du bâtiment dans la durée, avec une offre de Facility Management sur mesure. Sur un marché en pleine transformation, nos solutions conjuguent maintenance technique, exploitation et services, et s’appuient sur une maîtrise...
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Gestionnaire RH F/H
il y a 1 mois
Jouy-en-Josas, France Synergie Saint Germain en LayeTertiaire Temps pleinA propos de l'entreprise : Synergie, mettons nos énergies en commun. Fort d'une présence dans 17 pays, avec 800 agences d'emploi et de 5 600 collaborateurs, le Groupe Synergie, 1er groupe français de services en Ressources Humaines, vous accompagne dans votre carrière professionnelle : recrutement CDD-CDI, intérim, formation et conseil RH. Depuis...
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Méthodes Statistiques Innovantes Pour Comprendre
Il y a 5 mois
Jouy-en-Josas, France INRAE Temps plein78350 JOUY-EN-JOSAS _ **RETOUR À LA LISTE DES POSTES DE LA CAMPAGNE** **Présentation d'INRAE**: L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la...
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Stage - R&d - Simulation de Procédés de Captage
il y a 4 jours
Les Loges-en-Josas, France Air Liquide Temps pleinAir Liquide est le leader mondial des gaz, technologies et services pour l’industrie et la santé. Présent dans 80 pays avec environ 65 000 collaborateurs, le Groupe sert plus de 3,5 millions de clients et de patients. Air Liquide place la diversité au cœur de ses activités et s'engage notamment en favorisant l’égalité professionnelle et l’emploi...
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Chargé de Communication événementiel
il y a 1 mois
Jouy-en-Josas, France HEC Paris Temps pleinAu sein de la Direction de la Communication d’HEC Paris, vous accompagnerez le pôle événementiel dans ses missions et ses enjeux: **Cartographier les événements** - Identifier les événements clé de notre écosystème : étudiants, fondation, alumni - Mettre à jour le calendrier événementiel institutionnel - Créer des répertoires photos/vidéos...
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Gestionnaire Administratif
Il y a 5 mois
Jouy-en-Josas, France MAIRIE DE JOUY-EN-JOSAS Temps pleinVéritable courroie de transmission au sein de la Direction des services techniques, vous impulsez une transversalité avec les autres services de la collectivité. Placé(e) sous la responsabilité de la Directrice des services techniques, vous aurez principalement en charge: - Le suivi budgétaire - Préparation du budget - Gestion des engagements et des...
