Phd : Dynamics of Oshv-1: Phylogeographic &

Il y a 6 mois


La Tremblade, France Ifremer Temps plein

**Presentation of the research unit or laboratory**

The Marine Invertebrate Health Adaptation Unit (ASIM) conducts projects related to i) the study of diseases affecting marine mollusks; ii) the detection and study of disease outbreaks; iii) host adaptation to these diseases (resistance development and associated determinism).

The ASIM unit serves as a strong integration point between research activities and surveillance/reference functions, thanks to its internationally recognized expertise. It is both a National Reference Laboratory (NRL) and a European Union Reference Laboratory (EURL) for marine mollusk diseases. The main objectives of the ASIM unit are to enhance knowledge and data on the genomes of marine invertebrates and their pathogenic microorganisms, to better understand the evolutionary and adaptive mechanisms of marine invertebrates and associated pathogenic microorganisms in their ecosystem, and to develop risk analysis approaches within a broader "One Health" framework.

**Summary**

The PhD position is funded by the French Research Agency through a project named IDEAL. The successful applicant will work on disentangling the relative effects of environmental, climatic and anthropogenic factors on the distribution and spread of the Ostreid Herpesvirus Type 1 (OsHV-1).

He/she will use phylogeographic approaches to _i_) reconstruct OsHV-1 dispersal history over the last decades along the French coast, _ii_) estimate pathogen transition rates between production areas and _iii_) identify influencing factors of OsHV-1 lineages dispersal.

Then, he/she will use both reconstructed transmission histories and mathematical dynamic models reflecting transmission dynamics of OsHV-1, to evaluate the expected impact of several potential interventions and provide a decision support tool to stakeholders. To reach this goal, the PhD student will need _i_) to obtain a spatialised mechanistic model of OsHV-1, _ii_) to investigate the impact of potential mitigation measures and _iii_) to use this to develop and disseminate a decision support tool, which will be made available on a web platform.

**Key words**

Molecular epidemiology, phylodynamics, evolution, infectious diseases, landscape phylogeography, mathematical modeling, spatial epidemiology, bio-informatics, programming

**Knowledge, skills and abilities**
- Knowledge of spatial and molecular epidemiology
- Proficiency in bio-statistical tools and programming languages (R, Python, Linux shell)
- Proficiency in concepts and tools for characterizing genomic diversity and spatiotemporal evolution of pathogenic organisms
- Familiarity with pathogenic organisms in invertebrates appreciated
- English language proficiency
- Strong writing abilities

**Human qualities**
- Autonomy and rigor
- Curiosity
- Ability to work in a team
- Synthesis skills

**Specific working conditions**

The successful applicant will be supervised by the coordinator of the project Maude Jacquot, researcher in molecular epidemiology, and Isabelle Arzul, the head of head of the lab (IFREMER, ASIM), and will be working closely with project collaborators at IFREMER (units ASIM, PHYTNESS, SeBiMER).

He/she will receive a transdisciplinary training by acquiring a wide range of technical skills in a broad range of disciplines (_i.e._, molecular epidemiology, landscape phylogeography, mathematical modelling, spatial epidemiology, programming) and by interacting with the different partners, leading experts in their field of research. He/she will actively participate to the different dissemination activities and will be encouraged to attend international conferences.

PhD is a real opportunity to work on Ifremer's scientific and technological priority themes. It entitles the holder to a gross monthly salary of 2300 euros gross for a period of 3 years, which cannot be combined with other scholarships.
- a curriculum vitae
- a cover letter
- a reference letter
- an academic transcript (Bachelor + Master 1 and first semester Master 2)

Qui sommes nous ?

**The Institute and the recruiting departement**

A pioneer in ocean science, IFREMER’s cutting-edge research is grounded in sustainable development and open science. Our vision is to advance science, expertise and innovation to:

- Protect and restore the ocean
- Sustainably use marine resources to benefit society
- Create and share ocean data, information & knowledge.

With more than 1,500 personnel spread along the French coastline in more than 20 sites, the Institute explores the 3 great oceans: the Indian, Atlantic and Pacific oceans. A leader in ocean science, IFREMER is managing the French Oceanographic Fleet and its dedicated scientists create ground-breaking technology to push the boundaries of ocean exploration and knowledge, from the abyss to the atmosphere-ocean interface.

Well-established in the international scientific community, our scientists, engineers and technicians are committed to advance knowledge about our planet’s la



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  • La Garenne-Colombes, France Arkema Temps plein

    Détails de la MissionTitle of the position: Chemical Recycling via Pyrolysis of Thermoplastic Composite Materials: Process Optimization and Valorization of Recycled MaterialsHost organization & PhD awarding (country): Arkema (France) & Politecnico di Milano (Milano / Italy) This thesis aims to explore and optimize pyrolysis as a chemical recycling method...


  • La Tremblade, France Vitéal Oléron Temps plein

    L’ETABLISSEMENT: Au cœur de la “capitale” de l’île d’Oléron et non loin du célèbre port de la Cotinière, l’EHPAD Vitéal Oléron, établissement familial, accueille jusqu’à 57 personnes âgées. Bénéficiant de l’air marin, de jolis espaces verts aménagés et de paysages sauvages tout autour, cette résidence est le lieu idéal pour...


  • La Garenne-Colombes, Île-de-France Arkema Temps plein

    About the OpportunityWe are seeking a highly motivated PhD researcher to join our team at Arkema, focusing on recycling and valorization of thermoplastic composite materials. This exciting project involves exploring pyrolysis as a chemical recycling method for Elium composites, comparing different types of pyrolysis furnaces, and identifying strategies to...


  • La Défense, France MaiaSpace Temps plein

    MaiaSpace is a European space tech company, designing, manufacturing and operating competitive and sustainable solutions for space mobility. We are driven by the belief that access to space is a major enabler for a better and more sustainable life on Earth, addressing the challenges faced by humanity: climate, resources, connectivity, and data. Our aim is to...

  • Infirmier - Infirmière

    il y a 2 semaines


    La Tremblade, France EHPAD Résidence L'Ombrière Temps plein

    La Résidence L'Ombrière située à Saint-Jean d'Angle est un EHPAD accueillant 60 résidents. C'est un établissement à taille humaine, familial, chaleureux et où il fait bon vivre et travailler. Nous recherchons t un/e infirmier/e en CDD  pour un remplacement de 7 mois à temps plein du 23 mars au 31 octobre 2025.Eléments de travail:1 week-end...


  • La Défense (92), France Framatome Temps plein

    **Informations générales**: **Entité légale **:Chez Framatome, filiale d'EDF, nous concevons et fournissons des équipements, des services, du combustible, et des systèmes de contrôle-commande pour les centrales nucléaires du monde entier. Nos 18 000 collaborateurs permettent chaque jour à nos clients de produire un mix énergétique bas-carbone...

  • Cifre Phd

    Il y a 3 mois


    La Défense (92), France Framatome Temps plein

    **Informations générales**: **Entité légale **:Chez Framatome, filiale d'EDF, nous concevons et fournissons des équipements, des services, du combustible, et des systèmes de contrôle-commande pour les centrales nucléaires du monde entier. Nos 18 000 collaborateurs permettent chaque jour à nos clients de produire un mix énergétique bas-carbone...

  • Aes/amp

    il y a 4 jours


    La Couronne, France ADIMC16 Temps plein

    **L’ADIMC 16,**association de parents créée en 2002 recherche à **compter du 01er février 2025** **Un(e) AES - CDI Temps Plein** Pour sa **Section d’Education Motrice** _(IEM)_ Au sein d’une association à taille humaine (3 établissements, 40 salariés), vous participerez dans une approche pluridisciplinaire, éducative-pédagogique et...

  • Field Service Engineer

    Il y a 7 mois


    La Ciotat, France Naiad Dynamics US, Inc. Temps plein

    An exciting opportunity to join a world-leading designer and manufacturer of specialized marine systems for the commercial ship, military ship and luxury yacht market sectors. **Position Description** Immediate opening within Naiad Dynamics France Sarl at our La Ciotat regional office reporting to the Service Coordinator and the Global Service Manager. We...

  • Cdi Amp ou Aes

    Il y a 6 mois


    La Ciotat, France Foyer de Vie Ciotel Le Cap Temps plein

    Notre établissement, le Foyer de Vie Ciotel Le Cap, situé à La Ciotat, héberge 64 adultes en situation d'handicap mental. Horaires d’internat avec travail un week-end / 3. **Le Diplôme d’Etat d’AMP ou d'AES est exigé pour postuler**. Le salaire brut mensuel sera calculé en fonction de la Convention Collective FHP du 18 avril 2002, applicable au...

  • Amp/aes (H/F) en Cdi

    Il y a 7 mois


    La Rochelle, France EHPAD Résidence de Beaulieu Temps plein

    La Résidence de Beaulieu est un EHPAD privé **autonome** situé sur la commune de Puilboreau qui accueille jusqu'à 105 résidents dont une unité de 8 personnes handicapées vieillissantes. Nous recrutons une/un aide-soignant(e) ou AES/AMP pour une prise de fonction courant juin à 76%. Vous participez aux soins de nursing, ainsi qu'au bien être et au...

  • Aes / Amp (H/F)

    Il y a 7 mois


    La Chapelle-des-Pots, France GROUPE HOSPITALIER SAINTES-SAINT-JEAN-D’ANGÉLY Temps plein

    AES / AMP H/F - maison d’accueil (FO/FAM/EHPAD spé.) (2024/46) 2024/46 AES-BRU **LE POSTE**: **Le service**: La Maison d’Accueil « Les Résidences de Brumenard » est un établissement d’hébergement pour adultes handicapés comprenant un Foyer Occupationnel (FO), un Foyer d’Accueil Médicalisé (FAM) et un EHPAD spécialisé, située à La...


  • La Tremblade, France Vitéal Oléron Temps plein

    L’ETABLISSEMENT: Au cœur de la “capitale” de l’île d’Oléron et non loin du célèbre port de la Cotinière, l’EHPAD Vitéal Oléron, établissement familial, accueille jusqu’à 44 personnes âgées. Bénéficiant de l’air marin, de jolis espaces verts aménagés et de paysages sauvages tout autour, cette résidence Medicharme est le lieu...

  • Aes/amp Maison D'accueil

    il y a 2 semaines


    La Chapelle-des-Pots, France GROUPE HOSPITALIER SAINTES-SAINT-JEAN-D’ANGÉLY Temps plein

    AES/AMP Maison d'accueil — H/F (2024/46) 2024/46 AES/BRU **Le service**: La Maison d’Accueil « Les Résidences de Brumenard » est un établissement d’hébergement pour adultes handicapés comprenant un Foyer Occupationnel (FO), un Foyer d’Accueil Médicalisé (FAM) et un EHPAD spécialisé, située à La Chapelle des Pots (17100). **Les...

  • Amp / Aes (H/F)

    Il y a 6 mois


    Villeneuve-la-Garenne, France Hôpital Nord 92 Temps plein

    **L’Association de l’Hôpital Nord 92**, **Association Privée à But Non Lucratif, assure la gestion de**: - Un établissement Sanitaire **:Hôpital Nord 92 de type SMR **(Soins Médicaux et de Réadaptation) - Deux établissements Médico-Sociaux : la **Maison d’Accueil Spécialisée Nord 92** (MAS), et **le Centre de Soins d’Accompagnement et de...

  • Aes/amp

    Il y a 6 mois


    Tassin-la-Demi-Lune, France ACOLEA AMPH-MEDICO-SOCIAL Temps plein

    Notre association agit sur la Métropole de Lyon et le Rhône pour accompagner les enfants et personnes en situation de vulnérabilité dans le développement de leur parcours de vie. Nos 1 500 salariés sont mobilisés sur différents dispositifs et services d’accompagnement qui agissent pour l’inclusion et l’épanouissement à travers un...

  • Un-e Aes/amp

    il y a 1 mois


    La Chapelle-des-Pots, France Maison d'Accueil "Les Résidences de Brumenard" Temps plein

    **Détails de l’offre**: **POSTE PROPOSÉ** Un-e AES/AMP H/F MAISON D’ACCUEIL - à LA CHAPELLE DES POTS (2024/46 AES-BRU) **CONTRAT** CDD **DESCRIPTIF** STATUTS POSSIBLES Contractuel LES ETABLISSEMENTS ET LEURS ENVIRONNEMENT Situés au coeur de la Charente-Maritime en région Nouvelle-Aquitaine, le Groupe Hospitalier Saintes - Saint-Jean-d'Angély,...


  • Crepieux-la-Pape,, France Novasep Temps plein

    We are seeking a Chief Research and Development Director to join our team in Chasse sur Rhône, France. As a member of the site CODIR, you will be responsible for managing the R&D department and collaborating with senior management to formulate a comprehensive R&D strategy aligned with business unit and global requirements.Job DescriptionThe successful...


  • La Celle-sous-Gouzon,, France Ansys Temps plein

    Empowering Innovation Through Cutting-Edge TechnologyAt Ansys, we are dedicated to harnessing the power of simulation to drive human advancement. Our team is passionate about pushing the limits of world-class simulation technology, empowering our customers to turn their design concepts into successful, innovative products faster and at a lower cost.The role...