Research Engineer in Ai for Biological Microscopy

Il y a 2 mois


GifsurYvette, France Inria Temps plein

**Type de contrat **:CDD

**Niveau de diplôme exigé **:Bac + 5 ou équivalent

**Fonction **:Ingénieur scientifique contractuel

**Niveau d'expérience souhaité **:Jeune diplômé

**A propos du centre ou de la direction fonctionnelle**:
Le centre de recherche Inria de Saclay a été créé en 2008. Sa dynamique s’inscrit dans le développement du plateau de Saclay, en partenariat étroit d’une part avec le pôle de l’**Université Paris-Saclay** et d’autre part avec le pôle de l’**Institut Polytechnique de Paris**. Afin de construire une politique de site ambitieuse, le centre Inria de Saclay a signé en 2021 des accords stratégiques avec ces deux partenaires territoriaux privilégiés.

Le centre compte **40 équipes-projets**, dont 32 sont communes avec l’Université Paris-Saclay ou l’Institut Polytechnique de Paris. Son action mobilise **plus de 600 personnes**, scientifiques et personnels d’appui à la recherche et à l’innovation, issues de 54 nationalités.

Le centre Inria Saclay - Île-de-France est un acteur essentiel de la recherche en sciences du numérique sur le plateau de Saclay. Il porte les valeurs et les projets qui font l’originalité d’Inria dans le paysage de la recherche : l’excellence scientifique, le transfert technologique, les partenariats pluridisciplinaires avec des établissements aux compétences complémentaires aux nôtres, afin de maximiser l’impact scientifique, économique et sociétal d’Inria.

**Contexte et atouts du poste**:
L'Ingénieur.e sera intégré.e à l’équipe-projet OPIS, sous la responsabilité hiérarchique de la chef d’équipe
Emilie Chouzenoux.

Le projet s'effectuera en collaboration avec E. Chouzenoux et J.C. Pesquet (OPIS), et C. Lefort (XLIM, CNRS, Limoges).

**Mission confiée**:
La microscopie CARS (Coherent Anti-Stokes Raman Scattering) est une technique avancée d'imagerie optique non linéaire qui permet d'obtenir des informations vibrationnelles d’échantillons biomédicaux. L’intérêt de la microscopie CARS est de fournir des informations spectroscopiques sans marquage (label-free). L’usage des sources laser à très large spectre dites « supercontinuum » a été introduit pour explorer toutes les vibrations de l’échantillon. On parle alors de solution M-CARS, pour CARS Multiplexé. De plus, la détection spectrale de l’instrument dédié donne accès à l'imagerie M-CARS hyperspectrale qui permet de collecter et d'analyser un large spectre de lumière pour chaque pixel d'une image. Chaque pixel de l'image contient donc un spectre large (1024 points), fournissant des informations sur la composition des substances présents dans la scène.

Par cette solution technique originale de M-CARS hyperspectrale, nous avons démontré récemment que la « zone muette » d’un spectre M-CARS est en réalité pourvoyeuse d’information discriminante pour l’échantillon, une technique encore inexplorée dans le domaine biomédical. La méthode d’exploitation des données mise en œuvre actuellement est fastidieuse et peut être en proie à un certain nombre de difficultés d’exploitation des données.

Les images hyperspectrales produites par la solution M-CARS génèrent une grande quantité de données en raison du nombre de pixel d’une image (minimum 10 pixels × 10 pixels, 50×50 usuellement, jusqu’à 1024 × 1024) chaque pixel contenant 1024 points spectraux.

La personne recrutée aura pour mission d’investiguer des solutions issues de l'intelligence artificielle (IA) pour exploiter ces données de manière efficace et d’en extraire les informations discriminantes présentes. Une base de données hyperspectrale M-CARS enregistrée sur du muscle, sera exploitée, dans lequel le réseau de myosine est clairement identifié par SHG, un moyen de contraste très connu.

Entre les stries de myosine, se trouvent les stries d’actine, une protéine qui ne présente aucune signature de SHG ni vibrationnelle. Or, une signature discriminante a été observée dans la « zone muette » des spectres M-CARS et une discrimination par niveau d’intensité a été mise en évidence. Il s’agit d’identifier la signature spectroscopique par M-CARS hyperspectrale par des solutions d’IA. La mission consiste en la construction d'une stratégie d’IA permettant de retrouver cette information discriminante.

Dans un second temps, il s’agira de tester d’autres échantillons biomédicaux, comme les neurones, les plantes ou les bactéries afin de discriminer différentes populations par la méthode d’IA mise en œuvre.

**Principales activités**:

- Comprendre la problématique posée de traitement d'images
- Analyser la base de données
- Déploier une approche IA supervisée pour résoudre le problème posé
- Rédiger des rapports scientifiques
- Participer à des réunions scientifiques avec les collaborateurs

**Compétences**:

- La maîtrise du langage de programmation Python et de l'enviro



  • Gif-sur-Yvette, Île-de-France CEA Temps plein

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  • Gif-sur-Yvette, Île-de-France Institut de Recherche Technologique SystemX Temps plein

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  • Gif-sur-Yvette, Île-de-France CEA Temps plein

    Job Opportunity at CEAYou will be part of the LSIS laboratory, a multidisciplinary team of researchers, engineers, and technicians, and will contribute to the following key tasks:Main ResponsibilitiesPerform in-depth analysis of detector characterization measurements, applying advanced methods and knowledge of low-temperature detection physics, including...


  • Gif-sur-Yvette, Île-de-France Institut de Recherche Technologique SystemX Temps plein

    Job Title: Research Engineer in Multi-Agent Simulation of Mobility and Energy SystemsWe are seeking a highly skilled Research Engineer to join our team at Institut de Recherche Technologique SystemX. As a Research Engineer, you will be responsible for strengthening our Scientific Computation and Optimization research team and contributing to collaborative...


  • Gif-sur-Yvette, Île-de-France INRIA Temps plein

    Postdoctoral Research Visit in Formal Methods for Quantum ComputationThis postdoctoral research visit is part of the Plan Quantique project, funded by the ANR. The selected candidate will join the QuaCS team at the LMF laboratory on the Plateau de Saclay.Research ObjectivesThe main objective of this research visit is to develop formal methods and static...


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    Join Our Team as a Postdoctoral Researcher in Mass Spectrometry ImagingWe are seeking a highly motivated and experienced postdoctoral researcher to join our team at Servier, a leading pharmaceutical company dedicated to improving patient outcomes through innovative research and development. As a postdoctoral researcher in Mass Spectrometry Imaging (MSI), you...


  • Gif-sur-Yvette, Île-de-France CEA Temps plein

    Description of the OfferYou will be part of the LSIS laboratory, which employs around twenty people (researchers, engineers, technicians, students), and will carry out the following tasks:Main Responsibilities In-depth analysis of detector characterization measurements, applying advanced methods and knowledge of low-temperature detection physics...


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    Join Our Team as a Postdoctoral Researcher in Mass Spectrometry ImagingWe are seeking a highly motivated and skilled Postdoctoral Researcher to join our team at Servier, a leading pharmaceutical company dedicated to improving patient outcomes through innovative research and development. As a Postdoctoral Researcher in Mass Spectrometry Imaging, you will be...


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    Join Our Team as a Postdoctoral Researcher in Immuno-oncologyServier, a global pharmaceutical company, is seeking a highly motivated and talented postdoctoral researcher to join our team in immuno-oncology. As a postdoctoral researcher, you will work on the discovery and validation of new immuno-oncology targets in indications of strategic interest for...


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    Join Our Team as a Postdoctoral Research Fellow in Gut-Liver On-ChipWe are a human-sized, international, and independent pharmaceutical company governed by a Foundation. Our unique model is our pride, but above all, it allows us to fully serve our vocation: "Committed to therapeutic progress for the benefit of patients." Today, we are a global leader in...

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    il y a 22 heures


    Soisy-sur-Seine, Île-de-France AB Science Temps plein

    AB Science is a pharmaceutical company dedicated to the development of innovative treatments in human and veterinary medicine. We are looking for an experienced professional to join our team as an In Vivo Research Technician.Mission Objectives:Collaborate with the study engineer to plan and implement in vivo studies.Monitor animals, performing measurements...


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    AB Science, a pharmaceutical company specializing in innovative new drugs for human and veterinary medicine, is seeking a highly skilled Bioanalyst Researcher to join its Early ADME/DMPK department.The LC-MS/MS Bioanalysis Engineer will be responsible for the technical execution of Early-ADME/DMPK studies, ensuring compliance with the quality system in...


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    Postdoctoral Researcher in Formal Methods for Quantum ComputationThis postdoctoral research position is part of the QuaCS team at INRIA, focusing on the development of formal methods and static analysis tools for quantum programming languages.Key ResponsibilitiesPerform bibliographic analysis and state theoretical resultsContribute to the development of...


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    Postdoctoral Researcher in Formal Methods for Quantum ComputationThis postdoctoral research position is part of the QuaCS team at the LMF laboratory on the Plateau de Saclay. The selected candidate will work on the development of formal methods and static analysis tools to study quantum programming languages.Key ResponsibilitiesPerform bibliographic analysis...


  • Gif-sur-Yvette, Île-de-France Institut de Recherche Technologique SystemX Temps plein

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  • Research Technician

    il y a 1 mois


    Soisy-sur-Seine, Île-de-France AB Science Temps plein

    AB Science is a pharmaceutical company dedicated to the development of innovative treatments for various diseases. We are seeking a highly skilled In Vivo Research Technician to join our team.MissionsCollaborate with the study engineer to design and implement in vivo studiesConduct daily monitoring of animals, including measurements and...


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    Job Title: Research Technician/Engineer in Bioanalyses by LC-MS/MSAB Science is a pharmaceutical company dedicated to the development of innovative new drugs for human and veterinary medicine.We are seeking a highly skilled Research Technician or Engineer in bioanalyses by LC-MS/MS to join our Early ADME/DMPK department.Key Responsibilities:Develop and...


  • Gif-sur-Yvette, Île-de-France INRIA Temps plein

    Postdoctoral Research Visit in Formal Methods for Quantum ComputationThis postdoctoral research visit is part of the Plan Quantique project, funded by the ANR. The selected candidate will join the QuaCS team at the LMF laboratory on the Plateau de Saclay.Research ObjectivesThe candidate will work on the development of formal methods and static analysis tools...