Thèse Cifre Génétique: Séparation Des Groupes

**Famille de métier**:
RECHERCHE ET INNOVATION - TRAIT ET SUPPORT SCIENTIFIQUE

**Type de contrat**:
Thèse

**Durée du contrat**:
3 ans

**Temps de travail**:
Temps complet

**Finalité du poste**:
Nous recherchons un(e) étudiant(e) pour un projet de thèse CIFRE sur la génétique du maïs en collaboration avec l'INRAE du Moulon. Vous aurez la responsabilité d'un projet de recherche innovant s'appuyant sur l'expertise d'équipes scientifiques publiques et privées et utilisant des données générées par les activités de sélection de Limagrain en maïs tempéré denté-denté européen depuis les années 1970.

Limagrain Field Seeds Research (LFSR) est l'organisation globale de recherche pour les Grandes Cultures du groupe coopératif international agricole Limagrain. LFSR est centrée sur le progrès génétique des plantes et sur l'excellence des technologies et techniques de sélection afin de produire les meilleures semences de grandes cultures pour répondre aux besoins des agriculteurs du monde et de l'ensemble de la chaîne agroalimentaire.

L’UMR Génétique Quantitative et Évolution-Le Moulon accueille des chercheurs de plusieurs établissements de recherche et de l’enseignement supérieur : INRAE, Université Paris-Saclay, CNRS et AgroParisTech. GQE-Le Moulon travaille sur l’évolution et la génétique quantitative chez les plantes, et constitue un pôle de formation important dans ces domaines. L’équipe d’accueil (GQMS) conduit des travaux novateurs en Génétique Quantitative pour développer de nouvelles méthodes de sélection chez les végétaux, en intégrant les avancées technologiques (phénotypage et génotypage haut débit).

**Missions**:
LE CONTEXTE:
La sélection maïs moderne s’est organisée en créant des hybrides entre lignées sélectionnées dans des groupes génétiques complémentaires (groupes hétérotiques), créés à partir d’un matériel initial très divers et peu différencié. Cette séparation en groupes complémentaires permet la production d’hybrides inter-groupes qui valorisent le phénomène d’hétérosis (avantage de l’hybride par rapport à ses parents), important chez le maïs. Les deux principaux groupes au niveau mondial et en France sont les « stiff-stalk » et « non stiff-stalk » (Cooper et al. 2014, Coffman et al. 2019, Reif et al. 2005). Le groupe Iodent s’est individualisé plus tard au sein des non « Stiff Stalk ». Néanmoins, du fait de l’historique de sélection, des transferts de fragments génétiques entre ces groupes hétérotiques ont pu se produire.

Les données disponibles aujourd’hui, issues de la recherche publique et des données de sélection interne Limagrain permettent de mieux comprendre le niveau exact de séparation des groupes génétiques et d’évaluer quels en sont les enjeux au niveau de l’hétérosis.

LES MISSIONS:
Le projet est organisé avec une année au sein du Centre de Recherche de Limagrain puis 2 années à Saclay en région parisienne dans une équipe INRAE avec le plan de travail suivant:
1) Etude de l'évolution de la diversité au sein des pools Stiff Stalk et Non Stiff Stalk de Limagrain, à partir de données interne Limagrain et de méthodes déjà disponibles

2) Etude de l'effet de la consanguinité résiduelle des hybrides intergroupes sur la performance et l'ASC.
Exploitation des résultats du 1) avec des données expérimentales générées par les programmes de sélection de Limagrain.

3) Déterminants de l'hétérosis
Localisation de régions significativement associés à l'hétérosis

En d’autres termes, il s’agit de:

- identifier des indicateurs de séparation / « pureté » des groupes génétiques, en fonction de la proportion du génome ou de fragments spécifiques propres à chaque groupe hétérotique
- évaluer l’impact d’un « manque » de séparation des groupes génétiques sur la performance des hybrides. Il s’agira d’évaluer l’impact des fragments communs entre groupes hétérotiques, pour le prendre en compte dans le processus de sélection des lignées et des hybrides
- comprendre les composantes de l’hétérosis mises en jeu et proposer une stratégie de validation et de valorisation des résultats dans un programme de sélection

Dans ce contexte vous serez amené à collaborer avec des équipes réparties dans de nombreux pays. Vous participerez pleinement à l'émulation scientifique au sein du groupe Limagrain en général et de la branche grandes cultures en particulier. Vous serez intégré à l’équipe support scientifique sélection maïs et bénéficierez d’un environnement scientifique stimulant et d’accès aux ressources de l’entreprise (expertise, algorithmes, capacité de calcul).

**Profil**:
Vous êtes issu d'une formation de niveau Master ou équivalent en Statistiques, Génétique Quantitative, Sélection Animale ou Végétale.
Vous êtes familier avec le traitement de données de grandes dimensio