Ingénieur·e en analyse et traitement d'images France-BioImaging

Missions:
Concevoir, développer et diffuser des outils et méthodes d’analyse d’images au service de la communauté France-BioImaging, tout en apportant un soutien méthodologique et technologique aux projets scientifiques portés par leslaboratoires etplateformes partenaires.
Activités:
Identifier et analyser les besoins en analyse d’images de la communauté France-BioImaging (via enquêtes, échanges avec les plateformes, participation aux groupes de travail F-BIAS) .
Développer, implémenter et tester des plugins, codes ou macros dans des logiciels d’analyse généralistes (ImageJ/Fiji, Python, ilastik, Napari, CellProfiler…) .
Créer et documenter des workflows complets pour répondre à des problématiques biologiques spécifiques.
Rédiger des notes techniques, tutoriels et documentations pour favoriser l’autonomie des utilisateurs et la diffusion des méthodes.
Assurer un rôle d’expertise et de conseil auprès des utilisateurs sur le choix des outils, les possibilités et les limites des approches d’analyse.
Former et transférer les compétences auprès des étudiants, ingénieurs et chercheurs de la communauté FBI (cours, workshops, open desks, challenges) .
Participer aux activités nationales FBI, notamment les réunions F-BIAS, les open desks, les challenges d’analyse et les actions de formation.
Concevoir et développer des outils innovants d’automatisation ou de “smart microscopy” à moyen et long terme.
Assurer une veille technologique et scientifique sur les logiciels, méthodes d’intelligence artificielle, outils open-source et standards de données.
Soutenir les activités locales de la plateforme en participant à des projets collaboratifs d’analyse d’images et en accompagnant les utilisateurs dans leurs travaux.
Contexte de travail:
France-BioImaging (FBI) est une infrastructure nationale de recherche en imagerie biologique regroupant plusieurs plateformes en microscopie photonique, électronique et traitement d’images (https://france-bioimaging.org/) .
L’ingénieur·e participera activement au développement et à la structuration des activités d’analyse d’images au sein de la communauté FBI, en lien étroit avec les plateformes locales et le réseau F-BIAS (France-BioImaging Analysis Service) .

Conditions particulières d'exercice

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde: 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers) , en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progrès les recherches. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux.

Profil recherché

Competences:
Savoirs:
Analyse et traitement d’images 2D/3D/4D, microscopie photonique et/ou électronique.
Outils open-source ou commerciaux (ImageJ/Fiji, Icy, Napari, Python, CellProfiler, ilastik, Imaris, NIS…) .
Langages de programmation et scripts: Python, Java, Matlab, ou équivalents.
Connaissances de base en biologie cellulaire ou structurale serait un plus
Bonne compréhension des flux de données, formats d’images, et bases de données (OMERO) .
Savoir-faire:
Développer et valider des workflows d’analyse reproductibles.
Rédiger des notes techniques et supports de formation.
Concevoir des formations courtes adaptées aux utilisateurs non experts.
Interagir efficacement avec des chercheurs, ingénieurs et étudiants de disciplines variées.
Savoir-être:
Esprit de service et de collaboration.
Autonomie, rigueur, curiosité scientifique.
Goût pour le travail en réseau et l’innovation.
Contraintes et risques:

Présentation de Cnrs

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.