Ingénieur de recherche en bioinformatique

il y a 1 semaine


Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France Université Claude Bernard Lyon 1 Temps plein
Mission

L'Université Claude Bernard Lyon 1 recherche un Ingénieur de recherche en bioinformatique pour renforcer son équipe de développement d'infrastructure cloud. Le candidat idéal sera chargé de développer des chaines de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à partir des métadonnées SRA du NCBI et des données d'assignation taxonomique déjà produites par l'algorithme SRA-STAT.

Le candidat participera également au développement de procédures d'analyse reproductibles de données massives sur le cloud à travers des notebook (Jupyter, R) dans le but de répondre aux questions adressées par le consortium. La mission secondaire concernera la formation des membres du consortium à l'utilisation de l'infrastructure au travers des Notebook et l'organisation d'évènements (Hackathon) ouvert à la communauté.

Compétences requises
  • Maîtrise des environnements Linux et des langages système (shell/bash)
  • Maîtrise des outils de gestion de versions des codes source (git, gitlab)
  • Maitrise des techniques Cloud et virtualisation (OpenStack, Docker, Kubernetes ou OpenShift)
  • Maitrise souhaitable des outils de gestion de pipelines en Bioinformatique (Nextflow, Snakemake)
  • Maitrise souhaitable des outils d'analyse statistiques multivariées sous R ou python
  • Compétence (appréciable) dans l'utilisation des outils de machine learning sous R ou python
  • Compréhension de l'anglais oral et écrit
  • Connaissance générale des procédures de sécurité informatique
Connaissances
  • Connaissance des méthodes bioinformatiques d'assignation taxonomique
  • Connaissance des protocoles et des méthodes de séquençage en métagénomique
  • Connaissance des formats de données de métagénomique
  • Connaissances des bases de données en bioinformatique
  • Connaissance (appréciable) en microbiologie / virologie moléculaire
Caractéristiques du poste
  • Poste à pouvoir dès le 04/11/2024
  • Rémunération mensuelle brute: 2935€
  • 48.5 jours de congés annuels, dès la première année universitaire, aménagement possible du temps de travail sur 4.5 jours, 37h30 / semaine, la possibilité d'avoir des jours de télétravail réguliers et/ou ponctuels, sous conditions


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps plein

    Mission principaleL'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium. Il développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à partir des...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps plein

    Mission principaleL'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium. Il développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à partir des...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps plein

    Mission principaleL'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium. Il développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à partir des...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France Université Claude Bernard Lyon 1 Temps plein

    MissionL'Université Claude Bernard Lyon 1 recherche un ingénieur de recherche en bioinformatique pour rejoindre son équipe pluridisciplinaire. Le candidat sélectionné sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium.Les principales activités de l'agent seront : Le développement...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps plein

    Mission et responsabilitésL'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium. Il développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à partir...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps plein

    Mission principaleL'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium. Il développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à partir des...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps plein

    Missions et responsabilitésL'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de développer et de maintenir l'infrastructure cloud du projet, en collaboration avec l'équipe de développement. Il sera également responsable de l'analyse de données massives pour répondre aux questions du consortium.Activités principalesDéveloppement de...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France Université Claude Bernard Lyon 1 Temps plein

    MissionL'Université Claude Bernard Lyon 1 recherche un Ingénieur de recherche en bioinformatique pour rejoindre son équipe pluridisciplinaire. Le candidat sélectionné sera chargé de développer l'infrastructure cloud du projet, en collaboration étroite avec le consortium.Compétences requisesMaîtrise des environnements Linux et des langages système...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France Université Claude Bernard Lyon 1 Temps plein

    MissionL'Université Claude Bernard Lyon 1 recherche un Ingénieur de recherche en bioinformatique pour renforcer son équipe de développement d'infrastructure cloud. Le candidat idéal sera chargé de développer des procédures de traitement de données massives et de formation des membres du consortium à l'utilisation de l'infrastructure.Compétences...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France Université Claude Bernard Lyon 1 Temps plein

    MissionL'Université Claude Bernard Lyon 1 recherche un Ingénieur de recherche en bioinformatique pour renforcer son équipe de développement d'infrastructure cloud. Le candidat idéal sera chargé de concevoir et de développer des solutions de données massives pour répondre aux besoins du consortium.Compétences requisesMaîtrise des environnements...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France SFBI Temps plein

    Contexte du PosteNous recherchons un Ingénieur en Bioinformatique pour rejoindre notre équipe dynamique au sein de SFBI. Ce poste est une opportunité unique de travailler sur des technologies de pointe dans le domaine de la bioinformatique.ResponsabilitésParticiper à l'intégration des applications scientifiques en biologie.Contribuer à l'analyse des...

  • Ingénieur Bioinformatique

    il y a 4 semaines


    Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France CNRS Temps plein

    Contexte du poste L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) est une infrastructure nationale regroupant des plateformes et équipes de recherche en bioinformatique. Le projet Mutualized Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences (MUDIS4LS) finance l'équipement du réseau national de ressources computationnelles (NNCR) de l'IFB, ainsi que des...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France CNRS Temps plein

    Informations générales Intitulé de l'offre : Ingénieur en déploiement d'applications HPC et IA H/F Référence : UAR3601-ANILEF-015 Nombre de Postes : 1 Type de contrat : CDD Technique/Administratif Durée du contrat : 24 mois Quotité de travail : Temps complet Rémunération : entre 2932,84 et 3557,58 euros bruts par mois selon expérience...

  • Ingénieur Recherche

    il y a 3 jours


    Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France SuperGrid Institute Temps plein

    MissionSuperGrid Institute, un acteur clé de la transition énergétique en France et en Europe, recherche un Ingénieur Recherche pour rejoindre son équipe « Widespread AC/DC ».L'objectif principal de ce poste est de développer des outils de planification des réseaux électriques hybrides AC/DC, permettant des études technico-économiques statiques...

  • Ingénieur Recherche

    il y a 3 jours


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  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France SuperGrid Institute Temps plein

    MissionL'Institut SuperGrid recherche un Ingénieur en Recherche et Développement pour rejoindre son équipe dynamique. Vous serez chargé de la conception et du développement de nouvelles technologies pour les systèmes électriques innovants en haute et moyenne tension.Vos missions principales seront la conception de prototypes, les essais et la...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France Groupe Cesi Temps plein

    MissionNous recherchons un ingénieur de recherche robotique pour rejoindre notre équipe de recherche et innovation au sein de Groupe Cesi. Vous serez chargé de développer des activités de valorisation et de transfert technologique des résultats de la recherche vers la pédagogie ou vers les acteurs de l'écosystème industriels.Compétences...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France Groupe Cesi Temps plein

    MissionNous recherchons un ingénieur de recherche robotique pour rejoindre notre équipe de recherche et innovation au sein de Groupe Cesi. Vous serez chargé de développer des activités de valorisation et de transfert technologique des résultats de la recherche vers la pédagogie ou vers les acteurs de l'écosystème industriels.Compétences...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France SuperGrid Institute Temps plein

    MissionL'Institut SuperGrid recherche un Ingénieur en Recherche et Développement pour rejoindre son équipe dynamique. Vous serez chargé de la conception et du développement de nouvelles technologies pour les systèmes électriques innovants à courant continu en haute et moyenne tension.Vos missions principales seront la conception de prototypes...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France Université Claude Bernard Lyon 1 Temps plein

    Mission et ObjectifsL'Université Claude Bernard Lyon 1 recherche un Assistant ingénieur pour rejoindre son équipe de recherche. Le candidat idéal sera chargé de recueillir des données auprès de différentes populations, notamment des enfants en maternelle, dans différents contextes.Compétences et QualitésCompétences techniques:Maîtrise de la...