Ingénieur de développement informatique spécialisé en protéomique

il y a 4 semaines


BagnolssurCèze, Occitanie, France CEA Temps plein

Description de l'offre

L'offre consiste à développer de nouvelles fonctionnalités pour un pipeline de typage par le séquençage de peptides, utilisé dans la protéomique microbienne et métaprotéomique. Le projet vise à tester de nouveaux concepts, les intégrer et valider les performances.

Sous l'encadrement d'un ingénieur de recherche senior en informatique-bioinformatique, le candidat aura à développer de nouvelles fonctionnalités, évaluer les performances comparées des processus existants et des nouvelles options possibles (DIA, denovo, IA...) avant intégration, et tester les performances finales.

Les missions principales du poste incluront de:

  1. tester et intégrer divers outils récents de mises en correspondance spectres MS/MS – séquence de peptides (DDA, DIA, de novo...) dans le process global de protéotypage, dans une démarche de simplification et optimisation,
  2. sélectionner et appliquer des méthodes de classification ou de régression par IA (PyTorch, sélection de features, modèles...),
  3. optimiser les bases de données d'organismes utilisées pour un compromis couverture / rapidité / empreinte mémoire, en intégrant les nouveaux séquençages d'organismes (isolats, MAGs, SAGs...),
  4. définir, mettre en œuvre et valider un estimateur de confiance global (Python, R).

Profil du candidat

Votre profil :

Formation : niveau Master 2 débutant

Compétences : Compétences en développement/rationalisation de code Python, compétences ou intérêt pour les méthodes de classification/régression IA, connaissances SQL.

Pour postuler :

Contacter Olivier Pible avec CV détaillé, notes obtenues lors de votre formation, lettre de motivation, référents et si possible lettre de recommandation.

Lieu de travail :

Li2D (CEA), zone Revvity/Cisbio, RD765, 30200 Codolet



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    Description de l'offreL'offre est axée sur l'amélioration du pipeline de typage par le séquençage de peptides pour des applications en protéomique microbienne et métaprotéomique. La plateforme ProGénoMix est reconnue mondialement pour ses capacités en ce domaine. Le projet vise à tester de nouveaux concepts, les intégrer et valider les...


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    Description de l'offreL'offre est axée sur le développement d'applications innovantes dans le domaine de la détection d'organismes et de marqueurs par spectrométrie de masse au Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic (Li2D). Le projet consiste à améliorer le pipeline existant de typage par séquençage de peptides,...


  • Bagnols-sur-Cèze, Occitanie, France CEA Temps plein

    Description du ProjetL'offre est liée à la plateforme ProGénoMix, une solution mondiale reconnue en protéomique microbienne et métaprotéomique. Le projet vise à améliorer le pipeline existant, écrit en Python, permettant la caractérisation taxonomique et fonctionnelle d'échantillons inconnus.Vous travaillerez sous l'encadrement...


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  • Bagnols-sur-Cèze, Occitanie, France CEA Temps plein

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    il y a 4 semaines


    Bagnols-sur-Cèze, Occitanie, France ASSYSTEM Temps plein

    Présentation du posteNous recherchons un Ingénieur en Automatisme / Informatique Industrielle pour rejoindre notre équipe de développement de systèmes de contrôle-commande. Vous serez chargé de prendre en charge les prestations d'études, de s'occuper des consultations et d'assurer le suivi des études d'exécution et de réalisation.MissionsPrendre...


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    il y a 4 semaines


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    il y a 4 semaines


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    Capgemini Engineering :Leader mondial des services d'ingénierie, Capgemini Engineering rassemble des équipes d'ingénieurs, de scientifiques et d'architectes pour aider les entreprises les plus innovantes dans le monde à libérer leur potentiel. Des voitures autonomes aux robots qui sauvent des vies, nos experts en technologies digitales et logicielles...


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