Chargé D'études

12-06-2025

**Chargé d'études - Surveillance moléculaire de la biodiversité (F/H)**:

- Date limite
- 12-06-2025
- Date de publication
- 13-05-2025
- Contrat
- Contrat de projet
- Catégorie
- A
- Direction / Service
- UMR 7205 INSTITUT DE SYSTÉMATIQUE, ÉVOLUTION, BIODIVERSITÉ (ISYEB)
- Localisation
- 75 - Paris - Tous sites

**Contexte du recrutement et définition de poste**:
**Nom et Définition du projet**: Il s’agit d’initier la phase 2 du projet BIOSCAN (Caractérisation moléculaire et surveillance de la biodiversité terrestre en France : étude pilote et mobilisation des acteurs nationaux) coordonné par le MNHN et l’OFB. Cette phase 2 s’étend sur une période de 2 années (2024-2025).

**Le poste proposé** est un contrat de niveau ingénieur d’étude d’une durée de 12 mois, en appui au développement et à la mise en œuvre d’un dispositif « pilote » de surveillance de la biodiversité terrestre fondé sur la caractérisation moléculaire des espèces par metabarcoding. Celui-ci vise principalement les espèces d’invertébrés collectés par piège dit de « Malaise ».

Dans la continuité de la phase de test opérationnel du dispositif, la personne recrutée contribuera à initier une phase expérimentale contextualisée de production de données de surveillance de la biodiversité, et au test de nouveaux dispositifs. Ces expérimentations seront initiées dès la fin du printemps 2024 et auront vocation à perdurer en 2025 et potentiellement au-delà de cette période de lancement de la phase 2 du projet BIOSCAN. Ce contrat est donc susceptible d’être renouvelé dans la continuité du projet.

**Les missions**:
La personne recrutée aura pour missions principales : (i) le traitement des échantillons issus de la phase opérationnelle du projet initiée en 2022 et du déploiement en cours de la phase 2 du projet. Il s’agira de réaliser des expérimentations allant du tri et de la préparation des échantillons de pièges Malaise collectés, leur conditionnement et stockage, à l’extraction de l’ADN et à leur préparation pour séquençage haut-débit auprès d’un sous-traitant. (ii) Contribuer à l’élaboration et tester de nouvelles méthodes et de nouveaux protocoles visant à optimiser le dispositif de surveillance déployé, répondre aux besoins opérationnels déjà mis en évidence (e.g. alternative à l’éthanol, conditionnement des échantillons, etc.), et participer au traitement moléculaire des échantillons dans une perspective de surveillance nationale à large échelle. Il s’agira de participer à l’adaptation de dispositifs de surveillance complémentaires et des protocoles dédiés, en réalisant des expérimentations incluant la mise en œuvre et le suivi des dispositifs sur le terrain, le recueil des échantillons, leur préparation, leur conditionnement et leur stockage, ainsi que leur traitement en laboratoire depuis l’extraction de l’ADN jusqu’à la construction au laboratoire des librairies métagénomiques et leur séquençage (MinION (en interne) et/ou Illumina (sous-traitance)).

**Les indicateurs d’évaluation et les livrables attendus**:
Il est attendu une gestion efficace des échantillons depuis leur collecte/réception jusqu’à leur stockage, en passant par leur traitement expérimental en laboratoire. La personne recrutée travaillera en étroite collaboration avec ses encadrants afin d’assurer un suivi précis des avancées de l’échantillonnage, du traitement des échantillons et de leur stockage. Il est attendu que ce travail amènera à la production de données métagénomiques pour les échantillons relevant des deux missions exposées plus haut.

Une participation à l’analyse et à l’interprétation des résultats obtenus est également souhaitée et mènera la personne recrutée à participer à la publication des résultats dans des revues scientifiques internationales, en appui à l’équipe encadrante et aux collaborateurs du projet.

La personne recrutée sera sous la responsabilité des deux coordinateurs du projet (maître de Conférence, ISYEB, MNHN et directeur du projet « Surveillance de la biodiversité terrestre » à PATRINAT (OFB-MNHN)) ; elle sera encadrée dans ses activités par un chercheur postdoctorant, ISYEB, MNHN pour le projet « Surveillance de la biodiversité terrestre »).

**Profil recherché**:

- Démontrer une expérience de laboratoire en biologie moléculaire et une maîtrise forte, en autonomie, des protocoles classiques d’extraction et d’amplification des acides nucléiques (ADN, ARN), mais également pour la préparation de librairies NGS, notamment les approches de multiplexage des échantillons.

**Seront également particulièrement appréciées**:

- Une expertise avérée dans l’utilisation des approches moléculaires (barcoding, metabarcoding) pour la caractérisation des espèces et des communautés d’espèces ;
- Des compétences dans l’utilisation des outils d’analyse de séquences ADN issus des séquenceurs haut-débit (nettoyage, démultiplexage, assemblage de contigs, etc.) et de statistiques.
- Une expérience dans le domaine de l’entomologie et un intérêt particuli