Bio-informaticien(Ne) D'une Plateforme Scientifique

Descriptif du poste

Vous aurez en charge de l'analyse de données issues de séquençage/technologie haut-débit, du déploiement de la bio-informatique (développement de pipelines et de scripts) et de la bonne gestion des données.

Son travail sera supervisé par un enseignant-chercheur spécialisé en bio-informatique et devra être effectué en interaction étroite avec le responsable de la plateforme et avec les biologistes moléculaires de la plateforme.

**Mission 1 : Développer des logiciels d'analyse bio-informatique**
- Développer des pipelines dédiés à l'analyse des données générées au sein de la plateforme, données issues du séquençage à haut débit (Epitranscriptomique, transcriptomique, miRNA, Chip-Seq, prédiction de transcrits, assemblage de novo, etc.)
- Concevoir et optimiser de nouvelles méthodes d’analyse des nucléotides modifiés.
- Adapter et optimiser le fonctionnement des méthodes de travail dans l'analyse épitranscriptomique ou transcriptomique.
- Paramétrer des outils, logiciels, systèmes relevant de son domaine d'activité.
- Contribuer au développement et à la maintenance des pipelines d'analyse.
- Rédiger des protocoles d’utilisation des outils et des méthodes mises en place/utilisées.
- Veiller au respect des principes d'accessibilité, d'interopérabilité et de portabilité des données et des outils.

**Mission 2 : Traiter et analyser des données biologiques**
- Fournir des conseils et un soutien lors des réunions hebdomadaires de la plateforme pour planifier à l'avance l'analyse bio-informatique.
- Effectuer en routine une analyse primaire et secondaire (et éventuellement tertiaire) de données haut débit (NGS) (de la conception expérimentale au rapport final de l'analyse bio-informatique).
- Diffuser et valoriser les résultats et les développements sous forme de rapports, de publications, de présentations orales, et de formations.
- Assurer et organiser une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité et dans un contexte interdisciplinaire.
- Définir les procédures qualité et veiller à leur mise en œuvre et à leur respect.

Profil recherché

Ces compétences sont recherchées pour le poste:
**Connaissances**:
Connaissance pratique approfondie des méthodes d’analyses et de traitement des données issues de séquençage à haut-débit type Illumina.

Développement informatique / analyse et programmation (Unix, R et/ou Python).

Informatique.

Système d'information / Architecture du système d'information.

Gestion de données.

Biologie moléculaire et épitranscriptomique.

**Compétences opérationnelles**:
Conception et modélisation d’une solution informatique, à partir d'un besoin métier.

Programmation dans différents environnements informatiques. Conception, actualisation et optimisation d’une base de données, relatives à la nature de ses activités.

Analyse des propriétés moléculaires et cellulaires de données biologiques.

Utilisation de logiciels spécifiques à l'activité.

Notions générales en biologie moléculaire des ADN, ARN, complexes ADN/Protéines, complexes ARN/protéines.

**Compétences relationnelles**:
Bon relationnel

Rigueur

Sens de l’organisation

Autonomie et gestion des priorités

Prise de responsabilités

Travail en équipe

Diplôme réglementaire requis : Bac +3

Langue étrangère : Maitrise de l’anglais (niveau B1 à B2)
- LANGUESAnglais
- SAVOIR-ÊTRE- Autonomie- Capacité d'adaptation**Voir plus**
- SAVOIR-FAIREAnalyse de données
Architecture de l'information

**Voir plus**

Entreprise

IBSLor (Ingénierie, Biologie, Santé en Lorraine) est une structure d'appui pour la recherche sous tutelle de l'Université de Lorraine, du CNRS et de l'INSERM. Elle associe l’UMR UL-CNRS 7365 IMoPA, l’UMR_S UL-INSERM 1256 NGERE, et l’UMR_S UL-INSERM 1116 DCAC. Elle regroupe six plateformes de haut niveau technologique : Biophysique & biologie structurale, imagerie, cytométrie, protéomique, épitranscriptomique & séquençage, et génomique fonctionnelle. Ce regroupement favorise la mutualisation en mettant en commun et à disposition des structures opérationnelles de recherche, des équipements lourds structurants, et le développement de projets transversaux en apportant un soutien technologique et/ou technique.

La plateforme Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq), fait partie des 6 plateformes technologiques de l’UAR2008/US40 IBSLor. Elle a pour mission d’assurer le soutien technologique aux projets qui nécessitent ces technologies de pointe. La plateforme est équipée d’un ensemble de matériels pour l’analyse et le séquençage à haut-débit des ADN/ ARN pour un investissement total de 800 000€ (HT).

La personne recrutée sera rattachée à la plateforme Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq), spécialisée dans l’identification et la quantification des nucléotides modifiés au sein des ARN (épitranscriptomique)