Bio-informatique / Bioanalyse (Post-doctorat) (F/H)

Descriptif du poste

L’Anses recrute un Post-doctorat en Bio-informatique / Bioanalyse (H/F)
Poste basé à Maisons-Alfort (94700)
Contrat à durée déterminée de droit public de 18 mois

Sous l autorité hiérarchique du chef d unité adjoint, la responsabilité scientifique du responsable de projet, et en interaction à la mission SPAAD (Service Partagé d Appui à l Analyse de Données), vous analyserez les données NGS d une collection d isolats de Bacillus cereus sensu lato (Bc s.l) associées à des épisodes d intoxications alimentaires survenus en France, en lien avec le projet ANR « BaDAss : Virulence assessment and innate immune response monitoring of Bacillus cereus spores during infection ».

L objectif du projet est d analyser la diversité génomique des Bc s.l associés aux TIAC et de confronter les résultats obtenus aux métadonnées associées (nombre de malades, symptômes, matrices alimentaires associées etc ). Une attention particulière sera donnée à l optimisation et au déploiement d outils pour l identification fine de souches de Bacillus thuringiensis (espèce appartenant au groupe Bc s.l) utilisées en agriculture comme biopesticides.

Pour cela, vous devrez développer et mettre à disposition de nouveaux outils pour la classification taxonomique du groupe Bc s.l en genomospecies (en harmonisation avec les travaux de la littérature), la recherche des facteurs de virulence et l identification des souches de Bt utilisées en agriculture.

En complément, vous pourrez participer aux travaux conduits par la mission SPAAD visant à développer un schéma cgMLST dédié au groupe Bc s.l.

Votre quotidien
- Classification taxonomique d une collection d isolats Bc s.l associés à des épisodes de TIAC, analyse de la diversité obtenue et des métadonnées associées
- Optimisation / mise à disposition de nouveaux outils d identification dédiés à l espèce Bacillus thuringiensis
- Activité secondaire : participation au développement d un schéma cgMLST (en interaction avec la mission SPAAD)
- Restitution des données/ valorisation- Votre équipe- Rattaché à l unité « Staphylococcus, Bacillus, et CLostridium» (SBCL) au sein du Laboratoire de sécurité des aliments. Cette unité, composée de 25 personnes réparties en 2 équipes, exerce ses compétences pour couvrir les champs du « germe à la toxine » au travers notamment de la détection/dénombrement des bactéries et de la caractérisation moléculaire (typage bactérien) et protéique de leur pouvoir pathogène (détection/quantification des toxines). Son expertise permet de nourrir l évaluation des risques, de contribuer à l évolution du système de surveillance des bactéries productrices de toxines dans les denrées alimentaires et d aider les tutelles dans leurs prises de décision. L unité mène des activités de référence, de recherche et de surveillance. Différents projets de recherche s inscrivent dans le renforcement et l extension de l expertise de l unité dans ses différents domaines d activités, dont le projet ANR « BaDAss ».

Profil recherché

Votre profil

Formation et expérience requises:

- Doctorat en science (Bac+8, Bio-Informatique) minimum bac +3
- Expérience dans le domaine de la Bio-Informatique et de la Génomique Bactérienne
- Une expérience en taxonomie bactérienne est un plus

Compétences:

- Maitrise des outils bio-informatiques permettant l’analyse et la comparaison de génomes bactériens
- Connaissances en taxonomie bactérienne
- Maitrise de l’environnement LINUX/UNIX et utilisation d’un cluster de calcul
- Bonne connaissance des langages Python et R et maitrise des méthodes et outils statistiques
- Aptitudes organisationnelles, rigueur et dynamisme
- Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe
- Maîtrise de l’anglais scientifique

Compétences attendues
- LANGUESAnglais

SAVOIR-ÊTRE
Capacité à prendre des décisions
Dynamisme

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SAVOIR-FAIRE
Bio-informatique
Génomique

**Voir plus**

Entreprise

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