Doctorant (H/F) en Phytopathologie Et Imagerie Spectrale

Depuis 1885, **JUNIA, affiliée à l'Université Catholique de Lille**, forme des ingénieurs prêts à relever les grandes transitions et les défis de demain. Grâce à ses programmes emblématiques HEI, ISA et ISEN, JUNIA développe une expertise pluridisciplinaire couvrant **l'industrie, le numérique, l'agroalimentaire, les agricultures, la santé et l'environnement.**
Bien plus qu'un établissement d'enseignement supérieur et de recherche, JUNIA est aujourd’hui un **acteur économique et social engagé.** Elle forme des **ingénieurs responsables,** et des acteurs du monde de demain (au travers de son offre de formation JUNIA XP) capables de mobiliser des savoirs scientifiques pour répondre aux enjeux complexes de la société.

Reposant sur une **pédagogie active et collaborative**, JUNIA valorise les projets collectifs et des connexions fortes avec le monde de l'entreprise. Cette approche, enrichie par une **vie associative dynamique**, joue un rôle central dans la formation d'ingénieurs et de talents compétents, ouverts sur le monde et porteurs de valeurs humanistes.

**Ce qui nous caractérise**:
Une polyvalence des missions, un contact étroit avec les étudiants, une recherche appliquée et transdisciplinaire, une forte proximité avec les entreprises et une implication dans l’innovation pédagogique.

**Chiffres clés**:
**4 000 étudiants**/ **35 000 diplômés**/ **400 salariés** permanents JUNIA / **3 campus** (Lille, Châteauroux, Bordeaux) / **40 domaines** de spécialisations / **65 nationalités** (étudiants et professeurs) / **5 laboratoires**de recherche publics régionaux en cotutelle

Junia recrute **un.e Doctorant H/F en phytopathologie et imagerie spectrale**

**Titre de la thèse**
Détection présymptomatique et quantification des maladies fongiques foliaires du blé par imagerie spectrale pour optimiser le positionnement des produits de biocontrôle.

**Description du projet de thèse**:
Le positionnement optimal des produits de biocontrôle (au bon moment et au bon endroit) sur les cultures agricoles est un facteur clé pour améliorer leur efficacité de protection contre les maladies causées par les agents phytopathogènes. Il existe un certain nombre d’outils d’aide à la décision (OAD) permettant de bien positionner les produits destinés à lutter contre les maladies des plantes, mais leur prédiction repose essentiellement sur les conditions agrométéorologiques. L’objectif principal de ce projet de thèse est de développer des systèmes automatisés de phénotypage des plantes cultivées pour détecter les présymptomes des maladies fongiques au champ. Les travaux se focaliseront sur la culture de blé et en particulier sur la rouille jaune causée par Puccinia striiformis et la septoriose causée par Zymoseptoria tritici, deux maladies majeures pour cette céréale. Les travaux seront menés au champ, mais aussi en conditions contrôlées, sur différentes variétés de blé de niveau de résistance différents et en conditions « traité » ou « non traité » avec des produits de biocontrôle. La détection présymptomatique des maladies sera investiguée avec des caméras multimodales (RGB, multispectrale, hyperspectrale) à l'échelle de la plante (détection proximale) et à l’aide de divers algorithmes (apprentissage profond ou deep learning, apprentissage automatique ou machine learning) permettant in fine d’alimenter de futurs OAD avec les résultats obtenus.
La thèse sera rattachée à l’UMR-Transfrontalière INRAE 1158 BioEcoAgro et sera menée en cotutelle entre JUNIA-Université de Lille (Lille, France) et Gembloux Agro-Bio Tech - Université de Liège (Gembloux, Belgique), avec une présence de 18 mois dans chaque établissement et un démarrage à JUNIA-Lille. Elle s’intègre dans le projet Européen Interreg FWVL « Trans-e-Bio » faisant partie du portefeuille de projets « Biocontrol 4.0 » fédérant 46 partenaires français, wallons et flamands.

**Vos missions**:

- Réaliser une veille bibliographique sur le sujet de thèse.
- Réaliser les expérimentations en conditions contrôlées (chambres de culture, serre) et au champ.
- Analyse des données à l’aide de logiciels de statistique et de modélisation.
- Organisation de réunions régulières avec les encadrants sur l’avancement des travaux.
- Synthèse des résultats et leurs communications lors des réunions de projet (réunions des groupes de travail et comité d’accompagnement) et lors des événements scientifiques (conférences nationales et internationales).
- Rédaction de publications scientifiques, du manuscrit de thèse et soutenance de la thèse.

**Profil**:

- Titulaire d’un Bac+5 (Master ou Ingénieur) dans au moins l’un des domaines liés à la thèse (phytopathologie, biocontrôle, biologie végétale, agronomie, etc.).
- Attrait pour l’agriculture de précision (des capteurs à l’analyse de données) et les notions d’épidémiologie.
- Appétence pour les expérimentations au champ et en conditions contrôlées.
- Bonne qualité rédactionnelle et de communication orale.
- Capacité d’organisation, rigueur, autonomie, esp