Doctorant (H/F) en Pathologie Végétale Et Biocontrôle

Depuis 1885, **JUNIA, affiliée à l'Université Catholique de Lille**, forme des ingénieurs prêts à relever les grandes transitions et les défis de demain. Grâce à ses programmes emblématiques HEI, ISA et ISEN, JUNIA développe une expertise pluridisciplinaire couvrant **l'industrie, le numérique, l'agroalimentaire, les agricultures, la santé et l'environnement.**
Bien plus qu'un établissement d'enseignement supérieur et de recherche, JUNIA est aujourd’hui un **acteur économique et social engagé.** Elle forme des **ingénieurs responsables,** et des acteurs du monde de demain (au travers de son offre de formation JUNIA XP) capables de mobiliser des savoirs scientifiques pour répondre aux enjeux complexes de la société.

Reposant sur une **pédagogie active et collaborative**, JUNIA valorise les projets collectifs et des connexions fortes avec le monde de l'entreprise. Cette approche, enrichie par une **vie associative dynamique**, joue un rôle central dans la formation d'ingénieurs et de talents compétents, ouverts sur le monde et porteurs de valeurs humanistes.

**Ce qui nous caractérise**:
Une polyvalence des missions, un contact étroit avec les étudiants, une recherche appliquée et transdisciplinaire, une forte proximité avec les entreprises et une implication dans l’innovation pédagogique.

**Chiffres clés**:
**4 000 étudiants**/ **35 000 diplômés**/ **400 salariés** permanents JUNIA / **3 campus** (Lille, Châteauroux, Bordeaux) / **40 domaines** de spécialisations / **65 nationalités** (étudiants et professeurs) / **5 laboratoires**de recherche publics régionaux en cotutelle

Junia recrute **un.e Doctorant H/F en pathologie végétale et biocontrôle**

**Titre de la thèse**:
Caractérisation du risque infectieux de l’inoculum des agents phytopathogènes en vue d’une optimisation des outils d’aide à la décision

**Description du projet de thèse**:
Le biocontrôle est considéré comme un levier d’avenir pour réduire la dépendance des systèmes agricoles aux produits phytosanitaires conventionnels et pour accélérer la transition agroécologique. Pour optimiser le positionnement des produits de biocontrôle au champ, il existe aujourd’hui des outils d’aide à la décision (OAD), mais ces derniers reposent essentiellement sur des paramètres météorologiques et partiellement sur des critères agronomiques. Ce projet de thèse vise à intégrer la composante de l’inoculum fongique (spores des champignons phytopathogènes) dans la prédiction du risque de maladie, afin d’augmenter la précision et la fiabilité des OAD. Le premier volet de la thèse consistera à déterminer la concentration mínimale de spores (seuil mínimal de spores) capable de provoquer les symptômes visuels sur la plante, avec la prise en compte de l’effet souche (génotype de l’agent pathogène) et de l’effet cultivar (niveau de résistance de la plante hôte). L’objectif étant d’identifier le seuil de quantité de spores (« charge fongique ») pouvant être considérées comme étant suffisante pour déclencher la maladie. Par la suite, l’effet de traitements de biocontrôle sur ces interactions souche-cultivar sera évalué, afin de mesurer l’effet de la pression d’inoculum (quantité de spores) sur l’efficacité de protection des produits de biocontrôle. Ces travaux seront menés avec des approches phénotypiques (chambres de culture, serre), cytologiques (microscopie), moléculaires (transcriptomique, métabolomique) et physiques (Li-cor, caméra thermique, imagerie spectrale). Enfin, une démarche d’intégration des résultats obtenus dans les arbres de décision des OAD basés sur les données météorologiques et agronomiques sera abordée.
La thèse sera rattachée à l’UMR-Transfrontalière INRAE 1158 BioEcoAgro et sera adossée au projet Européen Interreg FWVL « Trans-e-Bio » faisant partie du portefeuille de projets « Biocontrol 4.0 » fédérant 46 partenaires franco-belges travaillant sur le biocontrôle. Elle sera inscrite à l’Université de Lille (école doctorale SMRE - ED104).

**Vos missions**:

- Réaliser une veuille bibliographique sur le sujet de thèse.
- Réaliser les travaux expérimentaux au laboratoire, en chambres de culture et en serre.
- Analyse des données à l’aide de logiciels de statistique et de modélisation.
- Organisation de réunions régulières avec les encadrants sur l’avancement des travaux.
- Synthèse des résultats et leurs communications dans des événements scientifiques.
- Rédaction de publications scientifiques et du manuscrit de thèse et soutenance de la thèse.

**Profil**:

- Titulaire d’un Bac+5 (Master ou Ingénieur) dans au moins l’un des domaines liés à la thèse (phytopathologie, biocontrôle, biologie végétale, agronomie, etc.).
- Attrait pour les interactions plante-pathogène et les notions d’épidémiologie.
- Appétence pour les travaux au laboratoire et les expérimentations en conditions contrôlées.
- Analyse des données à l’aide de logiciels de statistique et de modélisation.
- Bonne qualité rédactionnelle et de communication orale.
- Capacité d’organisation et