Post-doctorant-e en Biologie Synthétique Et Microbiologie

33140 VILLENAVE D'ORNON _

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**Présentation INRAE**:
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

**Environnement de travail, missions et activités**:
Un poste de post-doctorant-e est à pourvoir à INRAE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement) dans le cadre du projet TARGET. Ce projet est financé par le programme « EXPLOR’AE - recherche à haut risque » de l’INRAE, et rassemble des expertises en microbiologie, culturomique, ingénierie génétique, biologie des systèmes et modélisation computationnelle afin de développer une nouvelle approche pour cultiver des bactéries non cultivées, en utilisant les phytoplasmes comme modèle. Le projet s’étend sur quatre ans et le contrat postdoctoral est proposé pour une durée initiale de 23 mois, avec une possibilité de renouvellement pour deux années supplémentaires (24 mois).

**Contexte du projet**

Depuis la fin du XIXe siècle, les microbiologistes ont développé des milieux et des techniques de culture pour étudier des micro-organismes tels que les bactéries, les archées, les levures et les champignons filamenteux. Cependant, seule une faible fraction des espèces bactériennes est actuellement cultivable en laboratoire, ce qui constitue un obstacle majeur à leur étude. Bien que les progrès en métagénomique aient permis d’explorer la diversité microbienne, le séquençage du génome n’a pas permis de comprendre pourquoi de nombreuses bactéries restent non cultivables. Cette lacune limite les avancées dans de nombreux domaines, notamment la lutte contre les maladies, la découverte d’antibiotiques, la production de biomolécules, la gestion des microbiotes et la bioremédiation.

Chez les bactéries associées à des hôtes eucaryotes, la compréhension de leurs interactions métaboliques avec ces hôtes ouvre de nouvelles perspectives pour concevoir des milieux de culture adaptés. Le projet TARGET vise à répondre à la problématique de non-cultivabilité bactérienne en utilisant le phytoplasme de la Flavescence Dorée, une bactérie phytopathogène, comme preuve de concept. En combinant biologie des systèmes, ingénierie génomique et culturomique, ce projet ambitionne de développer des stratégies innovantes pour la culture bactérienne.

**Rôle et responsabilités**

Le ou la chercheur-se postdoctoral-e recruté-e contribuera au WP2 du projet TARGET, qui vise à comprendre la réponse métabolique du phytoplasme en lien avec ses hôtes insectes et végétaux. À l’aide d’approches transcriptomiques et métabolomiques ciblées et non ciblées, la personne recrutée analysera le métabolisme du phytoplasme dans les environnements intracellulaires de ses hôtes. Ce travail impliquera une étroite collaboration entre modélisateurs et microbiologistes expérimentaux, à l’interface entre données et biologie expérimentale. Plus précisément, la personne recrutée devra:

- Développer et valider des approches méthodologiques permettant de distinguer les réponses métaboliques bactériennes de celles de leurs hôtes.
- Réaliser des analyses transcriptomiques pour étudier l’expression des gènes bactériens dans différents environnements intracellulaires d’hôtes.
- Effectuer des analyses métabolomiques ciblées et non ciblées basées sur la LC-MS afin d’identifier les métabolites clés dans les tissus infectés et sains.
- Développer et appliquer des techniques d’imagerie métabolique (MALDI, DESI-MS) pour cartographier spatialement les métabolites dans les environnements hôtes.
- Intégrer les données transcriptomiques et métabolomiques afin d’inférer les interactions métaboliques entre le phytoplasme et ses hôtes.
- Contribuer aux activités de modélisation métabolique en fournissant des données permettant d’affiner un modèle métabolique (WP1) et d’orienter la formulation d’un milieu de culture adapté (WP3).
- Participer à des études biochimiques ciblées incluant la quantification par RT-qPCR d’enzymes clés, l’analyse de réactions métaboliques et l’expression hétérologue de protéines pour la caractérisation enzymatique.
- Collaborer avec les bioinformaticiens pour affiner les modèles.
- Participer à la rédaction d’articles scientifiques et à la communication des résultats (réunions d’équipe, séminaires, colloques).

**Environnement de recherche**

La personne recrutée rejoindra les équipes Mollicutes et Métabolisme, toutes deux membres de l’UMR INRAE BFP (Biologie du Fruit et Pathologie