Thèse - Influence Du Microbiote Sur La Diversité

**Description de l'offre**:
Cette thèse se fera dans le cadre d’une collaboration entre le Laboratoire Santé Environnement Microbiologie (LSEM) de l’unité Microbiologie Santé Aliment Environnement (MASAE) de l’Ifremer et l’unité des Virus Entériques (VE) du Laboratoire de Sécurité des Aliments (LSAl) de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses).

Au sein de l’unité MASAE (Microbiologie, Aliment, Santé, Environnement), le Laboratoire Santé, Environnement et Microbiologie (LSEM) développe des activités de recherche relatives aux micro-organismes pathogènes pour l'homme (essentiellement virus et bactéries) dans le continuum terre-mer et les coquillages, pour en comprendre les mécanismes de transfert, persistance, ou émergence au sein de l’environnement littoral. La recherche effectuée au LSEM, située à l’interface de la santé humaine et de la qualité microbiologique du littoral s’appuie sur ses activités de Laboratoire National de Référence pour la microbiologie des coquillages, et de surveillance de la qualité sanitaire du littoral (le LSEM coordonne le REMI, réseau pour la surveillance microbiologique des zones de production de coquillages).

L’unité des Virus Entériques localisée sur le site de Maisons-Alfort (94) du LSAl, s’intéresse aux virus transmissibles par voie alimentaire. Ses activités de recherche qui visent à améliorer la sécurité alimentaire vis-à-vis du risque viral s’articulent autour de deux axes de recherche : le développement de méthodes de détection des virus entériques dans l’eau et les aliments et l’étude du cycle viral infectieux pour contribuer à l’évaluation du risque viral. Nommée Laboratoire National de Référence pour la détection des « _virus d’origine alimentaire dans les denrées alimentaires d’origine animale hors coquillages _», l’unité VE exerce également des activités de référence en participant notamment aux validations des méthodes de détection des virus entériques dans les aliments et aux investigations de Toxi-Infections Alimentaires Collectives (TIAC) suspectées d’origine virale.

**Résumé de la thèse**:
Les norovirus sont une importante cause de gastroentérite virale chez l’Homme. Ils peuvent contaminer des aliments pendant la production, lorsque de l’eau contaminée est utilisée pour l’irrigation (cas des salades et baies rouges) ou l’élevage (cas des coquillages filtreurs). Les coquillages et les végétaux frais sont ainsi les aliments les plus souvent associés aux toxi-infections alimentaires à norovirus dans le monde. Cette contamination a plusieurs caractéristiques importantes : sa grande diversité, liée à la diversité des virus présents dans les rejets; et sa persistance, due à la stabilité des particules virales. La matrice aliment, et son microbiote, pourraient également influencer ces deux paramètres, notamment à travers l’expression documentée par les huîtres, les salades, et certaines bactéries, de molécules pouvant lier les norovirus humains.

Ce projet de thèse ambitionne d’étudier cette influence de la matrice alimentaire sur la diversité et la persistance des norovirus humains infectieux, en tirant partie de développements méthodologiques récents dans les deux laboratoires d’accueil. La diversité de la contamination virale, et son lien avec la composition du microbiote alimentaire bactérien, seront analysés en combinant la PCR microfluidique à haut-débit, du métabarcoding viral et bactérien, et des approches statistiques. La persistance des norovirus humains dans deux matrices alimentaires (huîtres et salades) sera modélisée à l’aide d’un virus de substitution cultivé sur un système analytique haut-débit en temps réel, et confirmée avec des norovirus humains à l’aide d’entéroïdes, des cellules souches intestinales humaines. L’impact de traitements industriels (purification des huîtres, chloration des salades) et l’influence du microbiote seront évalués en parallèle.

Ce projet permettra ainsi de mieux comprendre les interactions entre norovirus et aliments, et contribuera à proposer des mesures pour maîtriser les risques sanitaires posés par ces virus.

**Mots clés** : norovirus, aliments, microbiote, sécurité alimentaire, persistance, traitement antimicrobien

**Champ relationnel**
- En interne : le laboratoire LSEM et l’unité MASAE à l’Ifremer, l’unité VE et le LSAl à l’ANSES, unité ERALIM de l’ANSES.
- En externe : partenaires impliqués dans les projets de recherche nationaux ou internationaux des laboratoires d’accueil.

**Profil recherché**
- **_ Formation :_** Master 2 Recherche ou école d’ingénieur en agroalimentaire avec une formation en microbiologie des aliments
- **_ Expérience _**dans un laboratoire de recherche requise avec une connaissance des bonnes pratiques de manipulation