Bio Informaticien Expert

Le groupe de Bio informatique Clinique Exploratoire au sein de l’Institut Hospitalo-Universitaire de médecine de précision PRISM à Gustave Roussy recherche un(e) Bio Informaticien(ne) expérimenté(e) et animé(e) par la volonté d’analyser des données dans un contexte de recherche clinique. L’IHU PRISM est un programme multidisciplinaire et transversal visant à mieux comprendre la biologie de chaque cancer afin de réduire la mortalité. Dans ce rôle clé, vous apporterez votre expertise en analyse de données multiomiques pour répondre à des questions de recherche clinique à partir de larges cohortes de patients atteints de cancer. Vous contribuerez à fournir une vision unifiée et contextualisée cliniquement de données multiomiques générées par les programmes de recherche clinique de l’Institut. Vous jouerez un rôle essentiel pour répondre aux dernières questions de recherche translationnelle en oncologie et favoriserez les collaborations avec les équipes de recherche afin de développer des analyses avancées et des outils d’IA dédiés à la médecine translationnelle. Notre approche consiste à gérer et développer une plateforme d’analyse de données intégrée, mettant en œuvre les méthodes bioinformatiques et data science les plus récentes.

Vous exercerez les missions suivantes:

- Apporter une expertise en analyse de données pour aider les équipes de programmes cliniques à atteindre leurs objectifs de recherche.
- Analyser des données multiomiques complexes afin de répondre à des questions de recherche clinique spécifiques, en appliquant une large gamme de méthodologies et de ressources.
- Travailler en étroite collaboration avec les équipes cliniques tout au long du processus de découverte, les aidant à interpréter les résultats et à orienter leurs décisions de recherche.
- Développer des méthodes innovantes pour présenter des résultats clairs et documentés aux équipes, en utilisant les technologies de rendu de résultats les plus récentes (p. ex. quarto, markdown)..
- Développer et mettre en œuvre une stratégie d’analyse spatial-transcriptomique pour caractériser pleinement les échantillons de patients, en évaluant et appliquant les approches d’analyse les plus récentes.
- Collaborer avec l’équipe de Bioinformatique Clinique Exploratoire pour intégrer des méthodes validées dans les workflows de la plateforme.
- Fournir une expertise permettant d’orienter la conception expérimentale et l’approche analytique.
- Travailler de manière autonome à toutes les étapes du workflow d’analyse de données.
- Contribuer au développement des compétences de l’équipe en mentorant et en partageant votre expertise et votre expérience.
- Assurer une veille technologique et scientifique pour rester informé-e des évolutions en bioinformatique et dans les domaines de recherche plus larges.
- Participer et contribuer aux réunions, ateliers et séminaires de Gustave Roussy.
- Publier le cas échéant.

**Profil**:
Vous devez être titulaire d’un doctorat avec une solide expérience en bio informatique, mathématiques, statistiques ou recherche biomédicale à forte composante informatique.

Le-La titulaire du poste devra incarner et démontrer les valeurs fondamentales suivantes : ouverture, dynamisme, imagination, esprit collégial, ainsi que:
Qualifications, expériences et compétences essentielles:

- Diplôme dans une discipline pertinente avec une forte composante analytique (p. ex. bioinformatique, statistiques, biologie moléculaire, mathématiques).
- Expérience dans l’analyse de différents types de données de séquençage haut-débit en environnement de recherche.
- Excellentes compétences en R et/ou Python, avec une connaissance des packages et ressources disponibles.
- Bonne compréhension théorique des méthodologies bioinformatiques et data science appliquées aux données omiques.
- Expérience avec les technologies spatial-transcriptomiques et single-cell.
- Bonnes compétences en Linux et HPC.
- Expérience dans la présentation et la communication des résultats d’analyse à des groupes de recherche.
- Capacité à travailler de manière autonome au long du workflow d’analyse.
- Expérience dans le mentorat et le partage d’expertise.
- Capacité à organiser et prioriser la charge de travail.
- Connaissances en biologie moléculaire et cellulaire.
- Maitrise de l’anglais.

Qualifications, expériences et compétences souhaitées:

- Familiarité avec la biologie du cancer.
- Compétences informatiques appliquées au big data, développement logiciel et technologies web.
- Expérience dans la création et le déploiement de pipelines (p. ex. Nextflow) pour la data science.

Compréhension des processus et de la gestion du développement logiciel.

**Notre offre**:
CDI de chantier de 5 ans - Statut Cadre au forfait

**Localisation du poste**:
**Lieu**:
villejuif

**Niveau d'études min. requis**:
5- Doctorat