Chargé-e de Recherche en épigénomique

33140 VILLENAVE D'ORNON _

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**Présentation d'INRAE**:
INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche rassemblant une communauté de 12 000 personnes, réparties dans 272 unités de recherche, de service et d'expérimentation implantées sur 18 centres sur toute la France.

Institut de recherche finalisée, il est le premier organisme de recherche mondial spécialisé sur l’ensemble « agriculture-alimentation-environnement ». INRAE a pour ambition d’être un acteur clé des transitions nécessaires pour répondre aux grands enjeux mondiaux.

Face à l’augmentation de la population et au défi de la sécurité alimentaire, au dérèglement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, l’institut a un rôle majeur pour construire des solutions et accompagner la nécessaire accélération des transitions agricoles, alimentaires et environnementales.

**Environnement de travail, missions et activités**: Vous exercerez votre activité au sein de l'UMR EGFV (INRAE, Université de Bordeaux, Bordeaux Sciences Agro) forte de 46 permanents et d'une quinzaine de non-permanents, qui est située à l'Institut des Sciences de la Vigne et du Vin sur le campus INRAE de Bordeaux (Villenave d'Ornon). L'unité de recherche est structurée en quatre thèmes (ROOTi, ADAPT, QUALyGrapE, GENEPI) dont les études portent sur l'adaptation de la vigne à son environnement dans le contexte du changement climatique, aux échelles de la plante au vignoble.

Vous serez intégré-e aux activités du thème GENEPI qui portent sur l'étude des interactions complexes entre les génomes et les épigénomes. Les objectifs de GENEPI sont d'étudier la contribution relative des épigénomes versus génomes aux variations phénotypiques de la vigne, plante greffée, et de valoriser la mémoire épigénétique dans une logique d'agroécologie.
Dans ce contexte, vous développerez un projet de recherche en épigénétique avec pour objectif d'étudier le dialogue épigénétique entre les partenaires de la greffe. Vous vous attacherez à évaluer les conséquences de la greffe sur le paysage épigénétique du greffon et du porte greffe. Vous étudierez les mécanismes qui sous-tendent le dialogue épigénétique entre les partenaires de la greffe et l'influence de leur génotype sur ce dialogue. Vous évaluerez l'importance des échanges épigénétiques dans la plante greffée sur l'expression des traits adaptatifs de la vigne à l'environnement. Enfin, vous vous intéresserez à la mémoire épigénétique de la plante greffée et à ses conséquences phénotypiques au cours du temps (mémoire trans-annuelle) et lors de multiplication végétative (mémoire intergénérationnelle).
Pour atteindre ces objectifs, vous combinerez l'intégration de données « omiques » (épigénomique, la transcriptomique, la métabolomique, petits ARN) à la caractérisation phénotypique des plantes greffées.
A votre arrivée, vous serez intégré(e) dans les projets en cours et vous aurez rapidement pour mission de développer des travaux novateurs pour l'étude du développement de la vigne, plante greffée, et de ses interactions complexes avec l'environnement. Pour ce faire, vous serez encouragé-e à collaborer avec les scientifiques des autres thèmes de recherche de l'UMR.
- **Formations et compétences recherchées**:
**Doctorat ou équivalent**

Biologiste moléculaire et/ou généticien de formation avec des compétences solides en bio-informatique et de bonnes connaissances en physiologie végétale, vous aurez une connaissance approfondie des concepts lié à l‘étude des processus épigénétiques et une expérience pratique des problématiques liées à cette discipline.
La maitrise des approches de bio-informatiques nécessaires à l'analyse des épigénomes, en particulier des méthylomes, et à l'intégration des données (métabolomiques, transcriptomiques, petits ARNs) est un point essentiel. Vous aurez également à utiliser la richesse générée par le séquençage des génomes de nombreuses espèces/variétés de vigne à cet effet, afin d'établir des liens fonctionnels entre diversité allélique des gènes impliqués dans le contrôle épigénétique et plasticité épigénétique des partenaires de la greffe en lien avec les contraintes environnementales.
Vous disposerez d'une expérience éprouvée de la gestion et de la réalisation du travail expérimental en serre et en laboratoire, et de préférence une expérience du travail sur plantes pérennes à multiplication végétative. En interaction avec les membres de l'équipe, vous devrez structurer et organiser les plans d'expériences nécessaires à l'étude des processus et de la mémoire épigénétiques lors des interactions greffon/porte-greffe sur une plante pérenne afin de déterminer l'importance de la diversité génétique sur le dialogue épigénétique entre les partenaires de la greffe, les conséquences de l'interaction génotype x environnement sur ce processus et les conséquences phénotypiques qui en