Ingénieur.e de recherche en écologie microbienne

Retour à la liste des résultatsPrésentation INRAEL'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l'animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.Environnement de travail, missions et activitésVous serez accueilli(e) au sein de l'équipe 'Rooti' (pour Root interactions) de l'UMR 'Ecophysiologie et Génomique fonctionnelle de la Vigne' (EGFV) ainsi que dans l'UMR 'Santé et Agroécologie au Vignoble' (SAVE) sur le site INRAE de Nouvelle Aquitaine-Bordeaux (Villenave d'Ornon). Les UMR EGFV et SAVE collaborent sur l'étude du microbiome de la vigne et ont pour objectif commun d'identifier les traits de la plante en lien avec les biomarqueurs microbiens de l'état de santé des écosystèmes viticoles.Vous interviendrez dans le programme de recherche PARSADA GetUp, qui a pour objectif de développer des stratégies de biocontrôle du mildiou, basées sur la gestion du microbiote de la vigne ). Vous étudierez l'effet du génotype de porte-greffe sur la présence de microorganismes potentiellement protecteurs contre le mildiou, dans les compartiments racinaires (rhizosphère et racines) et aériens (bois et feuilles) (AR6 du projet). Les prélèvements seront réalisés en 2026 sur la parcelle GreffAdapt cultivée sur le site de l'UE 'Vigne & Vin Bordeaux'. Une quinzaine de porte-greffes et trois cépages ont été sélectionnés afin d'étudier lacomposition des microbiomesdes différents compartiments via différentes approches (metabarcoding,dPCRetpuces Fluidigm). A partir de ce premier jeu de données, une deuxième série de prélèvements et d'analyses sera effectuée en 2027 sur une sélection de combinaisons cépage/porte-greffe favorisant des associations avec des microorganismes candidats de biocontrôle, afin de confirmer les résultats. La puce Néovigen sera utilisée pour évaluer l'expression des gènes de défense de la plante en fonction des porte-greffes et des microbiotes associés (https://bc2grape-), dans l'objectif d'identifier les processus moléculaires impliqués. Vous participerez également à l'AR1 en analysant les communautés de champignons mycorhiziens à arbuscules, par des approches de type metabarcoding, dans des racines de plants prélevés dans des parcelles contrastées en termes de symptômes de mildiou, issues de cinq régions viticoles.Vous valoriserez vos résultats sous forme de communications scientifiques et techniques. Vous participerez à des actions de transfert vers la profession via la contribution à des articles de vulgarisation des résultats scientifiques. Vous contribuerez à l'encadrement d'un.e qui sera recruté.e sur cette thématique.Vous serez plus particulièrement en charge de :Formuler des hypothèses de recherche pouvant être testées avec les jeux de données déjà acquis ;Effectuer un suivi expérimental et des campagnes de prélèvements sur les différentes parcelles ;Encadrer un.e et réaliser les analyses moléculaires au laboratoire ;Réaliser les analyses bioinformatiques et biostatistiques des jeux de données préliminaires et ceux obtenus lors des expérimentations en cours, permettant de tester les hypothèses ;Rédiger les publications correspondantes ;Communiquer les résultats obtenus dans les réunions de projet et des conférences ;Contribuer à la vie scientifique des deux équipes, en participant aux animations et en partageant vos connaissances et vos compétences ;travail en laboratoire, travail sur écran ; déplacements en Champagne, Val de Loire, Cognac ; prélèvements sur le terrainFormations et compétences recherchéesDoctorat/Ingénieur grandes écolesFormation recommandée : Thèse en écologie microbienne, ou en interaction plante-microorganismes.Connaissances souhaitées : Connaissances sur le microbiome des plantes et ses méthodesd'analyse (metabarcoding) ; biostatistiques.Expérience appréciée : Programmation R, analyse metabarcoding, utilisation d'une infrastructure de calcul type HPC et git/gitlab pour la gestion de projet d'analyse.Aptitudes recherchées : Rigueur, motivation, esprit d'équipe et bon relationnel. Permis B.Votre qualité de vie à INRAEEn rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;d'activités sportives et culturelles ;d'une restauration collective.Modalités pour postulerJ'envoie mon CV et ma lettre de motivationLes personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l'obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l'exercice de leurs fonctions, qu'elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu'elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : sitefonction