Ingénieur Développement Logiciel Bio-informatique h/f

PathoQuest est une société spécialisée de prestation de service (CRO), spin-out de l'Institut Pasteur, qui propose des solutions innovantes pour le Contrôle Qualité des produits pharmaceutiques d'origine biologique. PathoQuest propose aux Biotech innovantes du monde entier un service expert complet de la réception des échantillons à la production des certificats d'analyse. Ses tests utilisent des protocoles propriétaires de traitement des échantillons, une plateforme de séquençage NGS (Next Generation Sequencing) et des pipelines d'analyses bio-informatiques spécialisés. Actuellement en phase de scale-up, nous comptons une cinquantaine de collaborateurs en France et aux Etats-Unis.

Nous recherchons actuellement un
Ingénieur Développement Logiciel h/f.

Rôle et activités

Sous la responsabilité directe du Head of IT, vous assurez le développement de logiciels pour l'activité d'analyse bio-informatique sur des données issues du séquençage à haut débit ainsi que pour la gestion/automatisation/optimisation des flux de données.

Vos activités sont les suivantes :

· Développer des systèmes pour les analyses bio-informatiques et la gestion des flux de données produites par les plateformes de séquençage de l'entreprise.

· Factoriser et automatiser les éléments technologiques communs aux différents pôles de développement de l'entreprise.

· Développer des modules fonctionnels communs mis à disposition de la R&D bio-informatique pour le développement des systèmes d'analyses en tenant compte des référentiels normatifs et réglementaires en vigueur.

· Développer de nouvelles fonctionnalités pour les systèmes d'analyses et de gestion des flux de données existants.

· Harmoniser les piles (stacks) techniques entre les différents systèmes d'analyses bio-informatiques.

· Participer à l'élaboration et l'évolution des processus et procédures de développement logiciel.

· Conseiller et accompagner les développeurs et bio-informaticiens pour le développement logiciel.

· Suivre la démarche qualité de l'entreprise lors des phases de conception et de développement des produits logiciels bio-informatiques, notamment en participant à la rédaction des documents associés (rapports de développement, spécifications fonctionnelles, cahier de tests).

· Participer aux activités de recherche et de développement de l'entreprise, permettant notamment de consolider les produits logiciels existants et d'apporter de nouvelles applications pour l'analyse des données de séquençage.

· Assurer l'évolution de la génération des rapports (mode de génération, automatisation, format…) associés aux analyses produites par la société en tenant compte des référentiels normatifs et réglementaires en vigueur.

· Assurer une veille technologique en bio-informatique et en développement logiciel.

Profil

Diplômé(e) d'un Master en Bio-informatique, vous avez 5 ans d'expérience minimum en développement de logiciel.

Vous avez les connaissances suivantes :

· Maitrise de plusieurs langages de programmation dont Python et Shell

· Maitrise des paradigmes de programmation impérative et orientée objet

· Maîtrise d'un gestionnaire de flux d'analyse (SnakeMake)

· Maitrise des écosystèmes Python (Conda, virtualenv)

· Maitrise des outils de gestion de sources (Git, GitLab, Bitbucket)

· Maitrise des technologies de conteneurisation (Docker)

· Maitrise d'analyses dans un environnement cloud type AWS

· Maîtrise des environnements Linux

·       Compréhension des enjeux techniques dans les domaines du séquençage à haut débit et de la bio-informatique

· Connaissance du développement des applications Web

· Connaissance du paradigme de programmation fonctionnelle

· Connaissance du langage SQL

· Connaissance de la gestion d'infrastructures avec Terraform serait un plus

· Une expérience avec les processus de validation logicielle en environnement réglementé (CSV) est considérée comme un atout.

· Niveau d'Anglais avancé

Savoir-faire

· Architecturer un logiciel et ses sources

· Développer un logiciel/une application/système de façon modulaire

· Faire l'intégration logicielle de SOUP externes ou de logiciel interne

· Conteneuriser des applications et services

· Optimiser les ressources pour le traitement des données (diminuer la complexité en temps et en espace)

· Développer des tests unitaires et fonctionnels

· Réaliser la rédaction documentaire liée au développement logiciel : commentaires de code, spécifications fonctionnelles, techniques, plans de test, rapports.

Savoir-être

·      Avoir de bonnes qualités relationnelles et de communication ainsi que le goût du travail d'équipe

·      Avoir de la rigueur et de l'autonomie pour gérer tous les aspects d'un projet (délai, coût, qualité…).

·      Avoir l'esprit d'anticipation de manière à limiter les risques de dérive du projet.

. Curiosité, remise en question et capacité d'adaptation

·      Rigueur, précision et méthode

·      Capacité à vulgariser le domaine auprès des collaborateurs des autres services de la société

Localisation

·      Ce poste est basé à Paris (13e arrondissement) en France.

Rémunération

·      En fonction de l'expérience du candidat

Les avantages du projet

·      Environnement en pleine croissance, scale-up dynamique, innovante et ambitieuse

·      Une entreprise à la pointe de la génétique, de la bio-informatique et de la biologie moléculaire

·      Portefeuille de clients attrayant et d'envergure mondiale

Nous remercions les personnes intéressées par ce poste et qui répondent aux critères ci-dessus de nous faire parvenir leur curriculum vitae à l'adresse

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