Ingénieur-e en bio-informatique

il y a 1 jour

Colmar, Grand Est, France Inrae Temps plein


Vos missions en quelques mots

Dans le cadre de ses activités liées au séquençage haut-débit (HTS), l'IFV pôle Alsace au travers du LPA Vitivirobiome, recrute un(e) ingénieur(e) bio-informatique, basé(e) à Colmar dans les locaux de l'INRAE. La personne recrutée aura la responsabilité d'analyser des données de transcriptomiques, amplicon Seq, principalement pour obtenir des informations sur le virome de la vigne. La personne travaillera en étroite interaction avec l'équipe de virologie et de génomique de la vigne de l'IFV/INRAE.Missions - Maintenance et évolution d'un pipeline Nextflow existant pour l'assemblage de génomes viraux à partir de données RNA-seq- Développement d'analyses en R et Python (traitement, statistiques, visualisation, rapports).- Conception, développement/versioning, documentation et maintenance de pipelines bio-informatiques dans un environnement Linux- Lancement et supervision des analyses sur cluster de calcul sous SLURM- Mise en place et application d'un plan de gestion de données- Validation de la qualité des données et de l'intégrité des fichiers, traçabilité et sauvegarde des fichiers, au travers de la création de bases de données



Profil recherché

- Bac +5 (ou expérience équivalente) en bio-informatique- Expérience sur des traitements de données de séquençage haut-débit. Une expérience en assemblage de génome viraux est un atout. Expérience préalable à naviguer sur les bases de données publiques majeurs SRA, ENA souhaitée- Expérience avec des systèmes de workflows reproductibles (Nextflow, Snakemake ou équivalent).- Aisance pour travailler sur cluster de calcul Linux (scripting Bash, Slurm, gestions des jobs et ressources, logs, …) avec une expérience sur l'utilisation de conteneurs (Singularity/Apptainer, Docker).- Expérience en bonnes pratiques de développement informatique (Git, versioning)- Maitrise d'au moins un langage de programmation de haut niveau Python ou R (Python est un plus).- Connaissances de base de l'anglais scientifique pour une recherche bibliographique et documentation officielle efficiente



Niveau d'études minimum requis
  • Niveau
    Niveau 6 Licence/diplômes équivalents


  • Ingénieur-e en bio-informatique

    il y a 1 semaine

    Colmar, Grand Est, France INRAE Temps plein

    68000 ColmarRETOUR À LA LISTE DES RÉSULTATSPrésentation INRAEL'Institut français de la vigne et du vin (IFV) est un institut technique qui rassemble 170 collaboratrices et collaborateurs dans les principales régions viticoles françaises. Sa mission est d'apporter par son activité de recherche appliquée des solutions et des références techniques à...

  • Ingénieur-e en bio-informatique

    il y a 2 semaines

    Colmar, Grand Est, France Choisir le Service Public Temps plein

    Informations générales Organisme de rattachement Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE)   Référence INRAE-OT Date de début de diffusion /11/2025 Date de parution /12/2025 Date de fin de diffusion /01/2026 VersantFonction Publique de l'Etat CatégorieCatégorie A (cadre) Nature de...

  • Ingénieur-e en bio-informatique

    il y a 2 heures

    Colmar, Grand Est, France Choisir le Service Public Temps plein

    Informations générales Organisme de rattachement Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE)   Référence INRAE-OT Date de début de diffusion /11/2025 Date de parution /12/2025 Date de fin de diffusion /01/2026 VersantFonction Publique de l'Etat CatégorieCatégorie A (cadre) Nature de...

  • Ingénieur Bio-informatique

    il y a 2 semaines

    Colmar, Grand Est, France IFVV Temps plein

    CDD 12 moisColmar (68)Publiée le 24/11/2025Description du posteViticultureRecherche / R & DIT / Web / DataDans le cadre de ses activités liées au séquençage haut-débit (HTS), l'IFV pôle Alsace au travers du LPA Vitivirobiome, recrute un(e) ingénieur(e) bio-informatique, basé(e) à Colmar dans les locaux de l'INRAE. La personne recrutée aura la...

  • Ingénieur Automatisme ou Informatique Industrielle

    il y a 5 jours

    Colmar, Grand Est, France Lonza Temps plein

    Lonza est un des partenaires mondiaux privilégiés des marchés pharmaceutiques, de la biotechnologie et de la nutrition. Nous œuvrons pour un monde plus sain en permettant à nos clients de développer des médicaments contribuant au traitement d'un large éventail de maladies.Nous combinons des avancées technologiques, des processus de fabrication de...

  • Ingénieur(e) contrôle-commande et robotique

    il y a 2 semaines

    Colmar, Grand Est, France Liebherr Group Temps plein

    Le groupe « Contrôle Systèmes Pelle » du Bureau d'études recherche un ingénieur pour développer et maintenir les lois de contrôle des pelles minières hydrauliques et concevoir les solutions d'automatisation de demain.Les missions sont les suivantes :Comprendre et synthétiser les besoins et contraintes exprimés par les Product Managers et les...

  • Responsable Systèmes et Réseaux

    il y a 1 semaine

    Colmar, Grand Est, France E. LECLERC Temps plein

    Mieux nous connaîtreLa centrale d'achats SCAPALSACE, située à Colmar approvisionne plus d'une centaine de points de vente (hypermarchés, drives, etc.) de l'enseigne E.LECLERC répartis sur le grand est de la France et emploie 580 salariés.Nous avons actuellement 5 plateformes logistiques en activité, basées à Colmar etNiederhergheim (à 15km de...

  • Ingénieur d'Études et Développement .Net

    il y a 2 semaines

    Colmar, Grand Est, France ENCHANTE Recrutement Temps plein

    Nous recherchons un Ingénieur d'étude et développement .NET (H/F) qui aime travailler avec soin, tout en gardant le goût du défi technique.Nous vous proposons de contribuer à des projets stratégiques pour un client final de renommée mondiale, reconnu pour la précision et la qualité de ses solutions. Vous évoluerez dans un environnement technique...

  • Technicien support informatique H/F

    il y a 1 semaine

    Colmar, Grand Est, France PROMETHEE-RH Temps plein

    Notre client, un acteur incontournable du monde agricole alsacien, recherche un :Technicien Support Informatique H/FChargé de veiller au bon fonctionnement de l'infrastructure informatique et à son développement, vous rejoindrez le service Informatique du Groupe. C'est un poste qui, en fonction du profil, est susceptible d'évoluer vers la fonction...

  • Assistant Contrôle de Gestion

    il y a 1 semaine

    Colmar, Grand Est, France E. LECLERC Temps plein

    Mieux nous connaîtreLa centrale d'achats SCAPALSACE, située à Colmar , approvisionne plus d'une centaine de points de vente (hypermarchés, drives, etc.) de l'enseigne E.LECLERC répartis sur le Grand Est de la France et emploie 580 salariés.Nous disposons actuellement de 5 plateformes logistiques, basées à Colmar et Niederhergheim (à 15 km de...