Ingénieur-e de recherche en bio-informatique appliquée à la santé des sols

Informations générales

Organisme de rattachement

Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE)  

Référence

INRAE-OT

Date de début de diffusion

/12/2025

Date de parution

/12/2025

Date de fin de diffusion

/01/2026

Versant

Fonction Publique de l'Etat

Catégorie

Catégorie A (cadre)

Nature de l'emploi

Emploi ouvert uniquement aux contractuels

Domaine / Métier

Recherche - Experte / Expert en biologie - SVT

Statut du poste

Vacant

Intitulé du poste

Ingénieur-e de recherche en bio-informatique appliquée à la santé des sols

Descriptif de l'employeur

L'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l'animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Description du poste

Les travaux seront réalisés au sein de l'équipe BIOCOM de l'UMR Agroécologie de l'INRAE de Dijon ). L'équipe BIOCOM se compose actuellement de 7 chercheurs permanents, 2 personnels techniques et de 5 scientifiques non permanents (2 Post-doc, 2 Ingénieurs d'étude et 1 Assistant Ingénieur). Le projet de recherche de l'équipe BIOCOM s'inscrit dans le champ disciplinaire de l'écologie microbienne et plus particulièrement dans la compréhension de l'écologie des communautés microbiennes et de leur rôle dans le fonctionnement biologique des sols, principalement au sein des milieux agricoles.Le présent contrat s'inscrit dans une étude menée conjointement par l'INRAE et l'ANSES, pleinement en lien avec les problématiques actuelles soulevées par le concept One-Health : les aspergilloses multi-résistantes aux composés azolés. Ces dernières décennies, on note en effet une augmentation généralisée de l'incidence de ces résistances dans de nombreux pays, tout particulièrement en Europe. Le développement de ces résistances est le résultat de l'utilisation de produits fongicides de la famille des azoles, d'une part, dans le domaine médical, et, d'autre part, dans celui de la lutte contre des champignons pathogènes des plantes cultivés et dans celui de la protection du bois. D'un point de vue santé publique, ces résistances peuvent conduire à des syndromes pulmonaires, des troubles allergiques, voire à des aspergilloses pulmonaires angio-invasive aiguës et chroniques ou bronchopulmonaires chroniques avec une morbidité et une mortalité élevée.Le présent projet propose d'améliorer nos connaissances sur la présence de populations résistantes d'Aspergillus fumigatus dans les sols agricoles ; afin d'évaluer leur potentiel rôle de réservoir dans ces maladies respiratoires émergentes.Les missions liées au présent poste se déclinent en trois points :Effectuer un screening bio-informatique des populations d'Aspergilus fumigatus dans des jeux de données déjà disponibles (métabarcoding et métagénomique de communautés microbiennes de sols agricoles à des échelles nationales et territoriales) ;Compléter ce streaming bio-informatique par un screening moléculaire (qPCR) de ces populations et de leur résistance dans des échantillons de sols issus de réseaux de surveillance nationaux et territoriaux ;Construire, en fonction des résultats du screening, ainsi qu'à dire d'experts, un plan d'échantillonnage permettant une description plus précise de la dispersion du champignon et de ses souches résistantes dans l'environnement.Ces différentes phases seront à développer en collaboration avec les chercheurs, ingénieurs et techniciens de l'équipe et d'un comité de pilotage associant vétérinaires, médecins, experts de l'anses et écologues.

Descriptif du profil recherché

Le(a) candidat(e) possédera de solides bases scientifiques afin de pouvoir entreprendre les travaux proposés. Le candidat recherché devra avoir des compétences de base en bioinformatique et en bio-statistiques et des connaissances dans les domaines de la microbiologie, la biologie moléculaire, l'agronomie et/ou de l'écologie. Il (elle) devra être diplômé(e) d'une thèse dans un ou plusieurs de ces domaines scientifiques. Le(a) candidat(e) devra également faire preuve d'autonomie, d'initiative et d'une bonne capacité à travailler en équipe.Expérience appréciée : Non obligatoireAptitudes recherchées :Travail en équipeAutonomie scientifiqueBon niveau d'anglaisBon niveau de rédaction d'articles scientifiques

Localisation du poste

Europe, France, Bourgogne-Franche-Comté

Géolocalisation du poste

21000 Dijon

Lieu d'affectation (sans géolocalisation)

21000 Dijon

Critères candidat
Niveau d'études / Diplôme

Niveau 7 Master/diplômes équivalents

Date de vacance de l'emploi

12/12/2025

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