Postdoc en analyse metagenomique

il y a 3 jours

Toulouse, Occitanie, France Choisir le Service Public Temps plein


Informations générales

Organisme de rattachement

CNRS  

Référence

UMR5100-OLAREN-006  

Date de début de diffusion

/01/2026

Date de parution

/01/2026

Date de fin de diffusion

/02/2026

Versant

Fonction Publique de l'Etat


Catégorie

Catégorie A (cadre)


Nature de l'emploi

Emploi ouvert uniquement aux contractuels


Domaine / Métier

Recherche - Chercheuse / Chercheur


Statut du poste

Vacant


Intitulé du poste

Postdoc en analyse metagenomique (H/F)


Descriptif de l'employeur

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l'Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d'éthique, de déontologie et d'intégrité scientifique.


Description du poste

Missions :
Le/la candidat(e) aura pour mission principale d'analyser des jeux de données métagénomiques afin d'étudier la diversité, l'abondance et la dynamique des éléments génétiques mobiles (EGM) dans différents environnements, et d'identifier les facteurs écologiques et environnementaux influençant leur propagation.
Activités :
-Assemblage et analyse de jeux de données métagénomiques publics à l'aide d'outils bioinformatiques existants
-Identification, annotation et caractérisation des éléments génétiques mobiles (plasmides, transposons, intégrons et phages)
-Analyse de l'abondance et de la prévalence des éléments génétiques mobiles dans différents environnements et conditions écologiques
-Réalisation d'analyses statistiques et de corrélation entre les éléments génétiques mobiles et des paramètres environnementaux issus des métadonnées (diversité bactérienne, structure spatiale, présence d'antibiotiques, de métaux lourds et de toxines)
-Étude du lien entre compétition bactérienne (diversité α) et dynamique des éléments génétiques mobiles
-Integration des resultats computationelles et experimentaux (taux de conjugaison,etc..)
-Interprétation des résultats
-Rédaction de rapports et de publications scientifiques
-Présentation des travaux au sein de l'équipe et lors de réunions scientifiques
Contexte de travail :
Le CBI est un centre de recherche multidisciplinaire dynamique et moderne situé à Toulouse, dans le sud-ouest de la France, sur le campus principal de l'Université Toulouse III-Paul Sabatier. Le CBI compte actuellement 400 scientifiques travaillant sur les aspects fondamentaux de la structure et de la fonction des systèmes biologiques complexes. La recherche au CBI couvre toutes les échelles, des molécules individuelles aux groupes d'animaux, et combine un large éventail de domaines tels que la biologie structurale, la biochimie et la biophysique, la génétique, la génomique et l'épigénétique, ainsi que la biologie cellulaire, la biologie du développement, la neurobiologie, le comportement collectif des animaux, et la biologie computationnelle et des systèmes. L'IBC abrite 9 groupes de microbiologie reconnus pour leurs recherches en biologie et physiologie des bactéries, y compris l'organisation et l'évolution des génomes microbiens, l'assemblage et la dynamique des machineries moléculaires, les comportements collectifs bactériens, l'adaptation et les réponses au stress.

Toulouse offre un environnement dynamique et stimulant, avec une importante population étudiante, des instituts de recherche de renommée internationale et une forte culture de l'innovation. Associée à une excellente qualité de vie, une scène culturelle riche et un accès facile à la nature (plages, océan et montagnes), c'est une ville particulièrement attractive pour y vivre et travailler.


Conditions particulières d'exercice

Le Centre national de la recherche scientifique est l'une des plus importantes institutions publiques au monde : femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l'Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l'international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l'innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.


Descriptif du profil recherché

Competences :
Compétences essentielles
Expérience en analyses métagénomiques, incluant le contrôle qualité, l'assemblage, le binning et l'annotation, à partir de collections de données publiques
Expérience en analyses génomiques comparatives et en phylogénomique
Expérience dans l'analyse des communautés microbiennes et des éléments génétiques mobiles associés
Maîtrise des environnements Linux/Unix et des outils en ligne de commande, ainsi que des langages de script ou de programmation (par exemple Python, R, Bash) pour l'analyse de données et les statistiques
Capacité à formuler des questions de recherche originales
Excellentes capacités d'organisation et de communication
Excellente maîtrise de l'anglais, à l'oral comme à l'crit

Compétences souhaitables
Formation ou expérience en écologie microbienne ou en interactions hôte–microbe
Expérience dans l'intégration de données expérimentales et computationnelles
Contraintes et risques :
La personne recrutée devra faire preuve d'un haut degré d'autonomie, en assurant la responsabilité complète de ses projets, de l'analyse des données à l'interprétation et à la diffusion des résultats, tout en s'impliquant activement au sein de l'équipe de recherche


Temps plein

Oui


Rémunération contractuels (en € brut/an)

3041€ - 4216€


Localisation du poste

Europe, France, Occitanie, Haute Garonne (31)


Géolocalisation du poste


TOULOUSE


Lieu d'affectation (sans géolocalisation)

31062 TOULOUSE (France)

Critères candidat
Niveau d'études / Diplôme

Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents


Spécialisation

Formations générales


Langues

Français (Seuil)

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