Postdoc en analyse metagenomique

Le/la candidat(e) aura pour mission principale d’analyser des jeux de données métagénomiques afin d’étudier la diversité, l’abondance et la dynamique des éléments génétiques mobiles (EGM) dans différents environnements, et d’identifier les facteurs écologiques et environnementaux influençant leur propagation. Activités -Assemblage et analyse de jeux de données métagénomiques publics à l’aide d’outils bioinformatiques existants -Identification, annotation et caractérisation des éléments génétiques mobiles (plasmides, transposons, intégrons et phages) -Analyse de l’abondance et de la prévalence des éléments génétiques mobiles dans différents environnements et conditions écologiques -Réalisation d’analyses statistiques et de corrélation entre les éléments génétiques mobiles et des paramètres environnementaux issus des métadonnées (diversité bactérienne, structure spatiale, présence d’antibiotiques, de métaux lourds et de toxines) -Étude du lien entre compétition bactérienne (diversité α) et dynamique des éléments génétiques mobiles -Integration des resultats computationelles et experimentaux (taux de conjugaison,etc..) -Interprétation des résultats -Rédaction de rapports et de publications scientifiques -Présentation des travaux au sein de l’équipe et lors de réunions scientifiques Compétences Compétences essentielles Expérience en analyses métagénomiques, incluant le contrôle qualité, l’assemblage, le binning et l’annotation, à partir de collections de données publiques Expérience en analyses génomiques comparatives et en phylogénomique Expérience dans l’analyse des communautés microbiennes et des éléments génétiques mobiles associés Maîtrise des environnements Linux/Unix et des outils en ligne de commande, ainsi que des langages de script ou de programmation (par exemple Python, R, Bash) pour l’analyse de données et les statistiques Capacité à formuler des questions de recherche originales Excellentes capacités d’organisation et de communication Excellente maîtrise de l’anglais, à l’oral comme à l’écrit Compétences souhaitables Formation ou expérience en écologie microbienne ou en interactions hôte–microbe Expérience dans l’intégration de données expérimentales et computationnelles Contexte de travail Le CBI est un centre de recherche multidisciplinaire dynamique et moderne situé à Toulouse, dans le sud-ouest de la France, sur le campus principal de l'Université Toulouse III-Paul Sabatier. Le CBI compte actuellement 400 scientifiques travaillant sur les aspects fondamentaux de la structure et de la fonction des systèmes biologiques complexes. La recherche au CBI couvre toutes les échelles, des molécules individuelles aux groupes d'animaux, et combine un large éventail de domaines tels que la biologie structurale, la biochimie et la biophysique, la génétique, la génomique et l'épigénétique, ainsi que la biologie cellulaire, la biologie du développement, la neurobiologie, le comportement collectif des animaux, et la biologie computationnelle et des systèmes. L'IBC abrite 9 groupes de microbiologie reconnus pour leurs recherches en biologie et physiologie des bactéries, y compris l'organisation et l'évolution des génomes microbiens, l'assemblage et la dynamique des machineries moléculaires, les comportements collectifs bactériens, l'adaptation et les réponses au stress. Toulouse offre un environnement dynamique et stimulant, avec une importante population étudiante, des instituts de recherche de renommée internationale et une forte culture de l’innovation. Associée à une excellente qualité de vie, une scène culturelle riche et un accès facile à la nature (plages, océan et montagnes), c’est une ville particulièrement attractive pour y vivre et travailler. Le CBI est un centre de recherche multidisciplinaire dynamique et moderne situé à Toulouse, dans le sud-ouest de la France, sur le campus principal de l'Université Toulouse III-Paul Sabatier. Le CBI compte actuellement 400 scientifiques travaillant sur les aspects fondamentaux de la structure et de la fonction des systèmes biologiques complexes. La recherche au CBI couvre toutes les échelles, des molécules individuelles aux groupes d'animaux, et combine un large éventail de domaines tels que la biologie structurale, la biochimie et la biophysique, la génétique, la génomique et l'épigénétique, ainsi que la biologie cellulaire, la biologie du développement, la neurobiologie, le comportement collectif des animaux, et la biologie computationnelle et des systèmes. L'IBC abrite 9 groupes de microbiologie reconnus pour leurs recherches en biologie et physiologie des bactéries, y compris l'organisation et l'évolution des génomes microbiens, l'assemblage et la dynamique des machineries moléculaires, les comportements collectifs bactériens, l'adaptation et les réponses au stress. Toulouse offre un environnement dynamique et stimulant, avec une importante population étudiante, des instituts de recherche de renommée internationale et une forte culture de l’innovation. Associée à une excellente qualité de vie, une scène culturelle riche et un accès facile à la nature (plages, océan et montagnes), c’est une ville particulièrement attractive pour y vivre et travailler. Contraintes et risques La personne recrutée devra faire preuve d’un haut degré d’autonomie, en assurant la responsabilité complète de ses projets, de l’analyse des données à l’interprétation et à la diffusion des résultats, tout en s’impliquant activement au sein de l’équipe de recherche La personne recrutée devra faire preuve d’un haut degré d’autonomie, en assurant la responsabilité complète de ses projets, de l’analyse des données à l’interprétation et à la diffusion des résultats, tout en s’impliquant activement au sein de l’équipe de recherche