Technicien-ne en phytopathologie et écologie microbienne

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe MISTRAL de l’unité de Pathologie Végétale d’INRAE Avignon. Ce poste sera encadré par Marc Bardin (DR INRAE) et Clémentine Lepinay (CR INRAE), dont les expertises complémentaires portent sur l’évaluation de stratégies alternatives de protection contre les maladies fongiques de la tomate et la caractérisation du microbiote associé aux plantes. Vous travaillerez en collaboration avec un-e post-doctorant-e dédié-e au projet BIOSPHAERE.

Face aux défis actuels auxquels est confrontée l’agriculture, le développement de biosolutions innovantes constitue un levier stratégique essentiel pour favoriser des systèmes de production plus durables. Le biocontrôle, qui repose entre autres sur l’utilisation d’agents microbiens ou de substances d’origine microbienne, végétale ou minérale, représente une alternative prometteuse aux pesticides chimiques.

Votre poste s’inscrit dans le cadre du projet BIOSPHAERE qui a pour ambition de développer de nouvelles solutions de biocontrôle. Les biosolutions développées seront évaluées pour leur efficacité contre des insectes ravageurs, des bactéries et des champignons phytopathogènes de la tomate. Ce projet collaboratif réunit des partenaires académiques et industriels autour de la conception, de la caractérisation et de la validation de substances actives innovantes, notamment des enzymes, des lipopeptides et des métabolites naturels d’origine microbienne. 

Votre poste contribuera plus précisément au développement de nouvelles solutions de biocontrôle pour la protection de la tomate contre Oidium neolycopersici, Botrytis cinerea et Passalora fulva.

Vos missions seront :

• Conduire des essais sur plantes en conditions contrôlées pour évaluer l’efficacité de biosolutions 
• Mettre en œuvre des expérimentations (tests in vitro, in planta et observations microscopiques) visant à caractériser les modes d’action des substances actives retenues
• Mettre en place et suivre des essais en conditions semi-commerciales (tunnels de culture) pour valider les biosolutions les plus prometteuses et identifier les facteurs influençant leur efficacité
• Réaliser des prélèvements et effectuer des analyses de biologie moléculaire pour identifier les communautés microbiennes associées aux plantes et évaluer l’impact des biosolutions sur ces communautés 

Vous intègrerez un environnement expérimental favorable au sein de l’unité Pathologie Végétale, bénéficiant d’un accès à des infrastructures et plateformes en microbiologie, microscopie, biologie moléculaire, ainsi que des dispositifs expérimentaux permettant l’évaluation des biosolutions, depuis des conditions contrôlées jusqu’à des conditions de production semi-commerciales.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

Vous serez amené-e à mettre en œuvre diverses techniques :

• Microbiologie (préparation de milieux de culture et de suspensions, repiquage de souches bactériennes et fongiques, dénombrements)
  • Phénotypage sur plante (inoculation de plantes, notation de symptômes, suivi de la croissance des plantes)
    • Biologie moléculaire (extractions d'ADN et d’ARN, gels d'électrophorèse, PCR, qPCR)

Vous serez en charge des activités suivantes :

• S’approprier, adapter et mettre en œuvre des protocoles expérimentaux, y compris en anglais
  • Gérer des échantillons (prélèvements en conditions contrôlées et sur le terrain, stockage, traçabilité)
    • Planifier les expérimentations en interaction avec les utilisateurs des équipements et laboratoires
      • Appliquer la réglementation (hygiène et sécurité, biosécurité) 
      • Gérer les stocks et les commandes liées aux expérimentations
      • Tenir un cahier de laboratoire
      • Saisir les données
      • Rassembler et mettre en forme les résultats
      • Communiquer oralement sur son travail lors de réunions d’équipe

Formation recommandée : Une formation en biologie est souhaitée, incluant des connaissances théoriques et techniques en microbiologie, biologie moléculaire et biologie végétale ; ainsi que des bases en matière d'hygiène et de sécurité à respecter dans les laboratoires de microbiologie et de biologie moléculaire.

Les compétences recherchées sont :

- Bonne pratique de la microbiologie et de la mycologie : techniques d’asepsie, préparation de milieux de culture, repiquage de souches, production d’inoculum, dénombrements ;

- Connaissance de base et pratique de la biologie moléculaire : extraction d'ADN et/ou ARN, PCR, gel d'électrophorèse ;

- Notions en biologie végétale ;

- Maîtrise des outils informatiques courants (pack office) ;

- Anglais technique pour comprendre des protocoles et documents scientifiques (niveau A2 à B1)

- Rigueur et minutie dans la réalisation des expérimentations

- Sens de l'organisation, adaptabilité, autonomie

- Aptitude au travail en équipe, qualités relationnelles et capacité de communication

- Sens de l'éthique et transparence dans la conduite et le rendu des travaux