Post-doctorat en génomique évolutive de chromosomes sexuels de champignons
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Vos missions en quelques mots
Missions :
Post-doctorat en génomique évolutive pour analyser l’évolution des chromosomes sexuels de champignons par des approches de génomique évolutive, au sein du laboratoire Ecologie, Société et Evolution de l’université Paris Saclay.
Activités :
-Analyses de chromosomes sexuels à partir de jeux de données haut-débit de génomes entiers Illumina, PacBio et MinION (SNP, variants structuraux, éléments transposables)
-Analyses de génomique évolutive (phylogénomique, orthologie, sélection, synténie)
-Participation à la génération de données (participation à la gestion des souches, la culture, l’extraction d’ADN, le séquençage MinION, l’étude de la viabilité et fertilité des souches, la récolte de souches)
-Rédaction de publications
-Veille en bioinformatique et génomique évolutive
-Assurer une traçabilité et fiabilité des résultats
- Participer à la formation des nouveaux membres de l'équipe aux méthodes utilisées et aux bonnes pratiques de laboratoire
Contexte de travail :
L’unité Ecologie, Société et Evolution (ESE) est une unité mixte de recherche CNRS, AgroParisTEch et Université Paris Saclay, qui conduit des recherches en écologie et évolution qui visent à étudier l’origine et la dynamique de la biodiversité ainsi que l’évolution et le fonctionnement des écosystèmes. L’unité est localisée sur le campus scientifique de l’université Paris-Saclay au sein de l’IDEEV (Institut Diversité Ecologie et Evolution du Vivant) et compte 125 personnes et dispose d’une serre, de laboratoires de biologie moléculaire et de culture in vitro.
Le post-doc travaillera au sein de l’équipe “Génétique et écologie évolutives”, dans le groupe de Tatiana Giraud composé d’1 DR, 1 CR, 2 MdC, 3 doctorantes, 1 IR et 1 IE. Le poste se place au sein d’un projet ERC visant à comprendre l’évolution des chromosomes sexuels de champignons. Le CDD est pour 12 mois initialement mais est prolongeable éventuellement jusque 3 ans.
Profil recherché
Competences :
-Maîtrise des analyses bioinformatiques sur des données de séquençage à haut-débit
-Maîtrise d'au moins un langage de programmation machine (C ,C++, java), un langage de script (python, perl), du logiciel R et d’un interpréteur shell Unix
-Connaissances générales en biologie, statistiques, et connaissances approfondies en biologie de l’évolution et génomique évolutive, et particulièrement sur l’évolution des chromosomes sexuels
-Maîtrise des outils de représentation des données (par exemple réaliser des représentations graphiques en utilisant le langage R)
-Maîtrise des analyses de génomique évolutive (phylogénomique, orthologie, synténie, détection de sélection, SNP, variants structuraux, éléments transposables)
- Maîtrise des dépôts de pipelines d’analyses dans les banques publiques telles que GitHub
-Maitrise de l'anglais (oral et écrit).
- Capacité d'organisation et de planification.
- Rigueur et autonomie.
- Capacité d’initiative
- Aptitude à travailler en équipe et à s'inscrire dans des projets collectifs
- Assurer la traçabilité des données traitées et la reproductibilité des analyses réalisées
-Capacité à transmettre ses connaissances techniques et son savoir-faire
-Capacité à adapter ses compétences aux évolutions permanentes de son domaine
-Capacité à diffuser ses résultats scientifiques par écrit et par oral
-Capacité à rédiger des articles scientifiques
Contraintes et risques :
Pas de risques au-delà de ceux classiques de travail dans un bureau et laboratoire de culture in vitro et de biologie moléculaire
Niveau d'études minimum requis
- Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
- Spécialisation Formations générales
Langues
- Français Seuil
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GIF SUR YVETTE - Europe, France, Île-de-France, Essonne (91), Île-de-France Choisir le Service Public Temps pleinInformations générales Organisme de rattachement CNRS Référence UMR8079-TATGIR-024 Date de début de diffusion ...
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91190 GIF SUR YVETTE (France), Île-de-France CNRS Temps pleinVos missions en quelques mots Sujet de thèse :Les chromosomes sexuels possèdent souvent de grandes régions sans recombinaison, qui se sont étendues progressivement au cours du temps. L’absence de recombinaison limite l'efficacité de la sélection naturelle, entraînant une dégénérescence génomique, un phénomène bien documenté chez les...
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GIF SUR YVETTE - Europe, France, Île-de-France, Essonne (91), Île-de-France Choisir le Service Public Temps pleinInformations générales Organisme de rattachement CNRS Référence UMR8079-TATGIR-025 Date de début de diffusion ...
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Postdoc (H/F) en biologie moléculaire et biochimie
Il y a 2 semaines
GIF SUR YVETTE - Europe, France, Île-de-France, Essonne (91), Île-de-France Choisir le Service Public Temps pleinInformations générales Organisme de rattachement CNRS Référence UMR9198-CHROUL1-158 Date de début de diffusion ...
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Gif-sur-Yvette (91), A8, France CNRS Temps plein## **L'offre en un coup d'oeil** ### **L'unité** Écologie Société Evolution ### **Type de Contrat** Chercheur en contrat CDD ### **Temps de Travail** Complet ### **Lieu de Travail** 91190 GIF SUR YVETTE ### **Durée du contrat** 12 mois ### **Date d'Embauche** 01/10/2026 ### **Rémuneration** Entre 3131,32 et 3569,85€ par mois Date...
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Doctorat en génomique évolutive de chromosomes sexuels de champignons
Il y a 2 semaines
Gif-sur-Yvette, Île-de-, IDF, France ICMN Temps pleinNouveau **Écologie Société Evolution** GIF SUR YVETTE - Essonne - CDD Doctorant - 36 mois - BAC+5 This offer is available in English version Cette offre est ouverte aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur handicapé ou travailleuse handicapée. L'offre en un coup d'oeil L'unité ...
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Doctorat en génomique évolutive de chromosomes sexuels de champignons
Il y a 2 semaines
Gif-sur-Yvette (91), A8, France CNRS Temps plein## **L'offre en un coup d'oeil** ### **L'unité** Écologie Société Evolution ### **Type de Contrat** CDD Doctorant ### **Temps de Travail** Complet ### **Lieu de Travail** 91190 GIF SUR YVETTE ### **Durée du contrat** 36 mois ### **Date d'Embauche** 01/10/2026 ### **Rémuneration** La rémunération est d'un minimum de 2300,00 €...
